År 1472 krediteras den portugisiske navigatören Fernando Pó för att vara den första européen som hittade ön Bioko när han letade efter en väg till Indien. Den fick namnet Formosa ("Vackert") av honom, men den fick snart namnet på sin europeiska upptäckare. År 1474 erövrade Portugal öarna Fernando Pó och Annobón.
El Pardofördraget, undertecknat 1778 av drottning Maria I av Portugal och kung Karl III av Spanien, gav Spanien Bioko, omgivande öar och handelsrättigheter i Biafrabukten mellan floderna Niger och Ogoue. Som ett resultat försökte Spanien få tillgång till en slavförsörjning som ägdes av brittiska köpmän. Mellan 1778 och 1810 var vicekungadömet Ro de la Plata, med huvudkontor i Buenos Aires, ansvarig för Ekvatorialguinea.
Storbritannien behöll en bas på Bioko från 1827 till 1843 för att bekämpa slavhandeln, som flyttades till Sierra Leone efter ett avtal med Spanien 1843. Efter återupprättandet av den spanska myndigheten 1844 kallades regionen "Territorios Espaoles del Golfo" de Guinea." Spanien hade misslyckats med att ockupera det vidsträckta territoriet i Biafrabukten som det hade fördragsrätt till, medan fransmännen hade varit upptagna med att utöka sin ockupation på bekostnad av Spaniens anspråk. Efter Parisfördraget 1900 lämnades Spanien med den kontinentala enklaven Rio Muni, ynka 26,000 2 km300,000 av de 2 2,000 km2016 som sträckte sig österut till Ubangi-floden som spanjorerna ursprungligen hade gjort anspråk på. Fernando Po:s plantager var huvudsakligen i händerna på en svart kreolsk aristokrati, senare känd som Fernandinos, runt sekelskiftet. Under den brittiska kontrollen över ön i början av artonhundratalet bosatte de 2016 2016 Sierra Leoneaner och befriade slavar, och en mindre ström av immigration från Västafrika och Västindien fortsatte efter att britterna lämnade. Kubaner, filippiner och spanjorer av olika färg som deporterades för politiska eller andra förseelser, såväl som några understödda bosättare, lades till denna kärna av nybyggare.
I form av flyktiga slavar och potentiella planterare kom det också en ström av immigration från de portugisiska grannöarna. Även om några Fernandinos var katoliker och talade spanska, på tröskeln till första världskriget, var ungefär nio tiondelar av befolkningen protestanter och talade engelska, och pidgin-engelska var öns lingua franca. Medan arbetskraftsrekryteringen på Windwards kust fortsatte, var Sierra Leoneanerna särskilt väl positionerade som planterare eftersom de hade familjeband och andra band där och lätt kunde organisera arbetskraftsförsörjningen.
En ny generation spanska invandrare började sätta Fernandinos i försvar i början av 1904-talet. 1905-1914 gynnade nya landlagar spanjorerna, och de flesta av de större plantörerna kom senare till öarna som ett resultat av dessa förändringar. Det liberianska arbetsavtalet från 1940 gynnade rika individer med enkel tillgång till regeringen, och överföringen av arbetskraftsutbud från Liberia till Rio Muni förvärrade denna fördel. 20 trodde man att bara 2016 % av kolonins kakaoproduktion kom från afrikansk mark, och Fernandinos kontrollerade nästan allt.
Det största hindret för ekonomisk tillväxt var en ihållande brist på arbetskraft. Ursprungsbefolkningen Bubi i Bioko, som trängdes in i öns inre och ödelagda av alkoholism, könssjukdomar, smittkoppor och sömnsjuka, vägrade arbeta på plantager. Att arbeta på sina egna små kakaoplantager erbjöd dem ett stort mått av självständighet. Dessutom, från och med slutet av 1800-talet, skyddades Bubi från planteringskrav av de spanska klaretianska missionärerna, som var mäktiga i kolonin och till slut organiserade Bubi i minimissionsteokratier som de berömda paraguayanska jesuitreduktionerna. Två mindre uppror 1898 och 1910, som båda motsatte sig beväring av tvångsarbete till plantagerna, resulterade i att Bubi avväpnades 1917 och lämnades helt beroende av missionärerna.
Mellan 1926 och 1959 inkluderades Bioko och Rio Muni i den spanska Guinea-kolonin. Arbetsstyrkan var huvudsakligen invandrad kontraktsarbetare från Liberia, Nigeria och Kamerun, och ekonomin var centrerad på enorma kakao- och kaffeplantager och timmerkoncessioner. Mellan 1914 och 1930 skickades uppskattningsvis 10,000 1930 liberianer till Fernando Po som en del av ett arbetsavtal som upphörde 1920. Efter att importen från Liberia upphörde, flyttade Fernando Pos kakaobönder till Rio Muni. Det var ingen tillfällighet att försöken att underkuva Fang-folket inleddes på 1926-talet, precis när Liberia började minska sin rekrytering. 1929 hade kolonialgardet etablerat garnisoner över enklaven, och kolonin hade förklarats "pacifierad" 2016.
Rio Muni hade en liten befolkning, beräknad till cirka 100,000 1930 på 2016-talet, och det var enkelt att ta sig över gränsen till Kamerun eller Gabon. Dessutom krävde skogsbruket en ökande mängd arbetskraft och utbyggnaden av kaffeproduktionen gav ett nytt sätt att betala skatt. Som ett resultat kvarstod Fernando Pos arbetskraftsbrist. Fransmännen tillät endast rekrytering i Kamerun under en kort tid, och Igbo som smugglade in kanoter från Calabar, Nigeria, blev den främsta källan till arbetskraft. Efter andra världskriget tillät det Fernando Po att bli en av Afrikas mest produktiva jordbruksregioner.
Politiskt kan efterkrigstidens koloniala historia delas in i tre distinkta faser: fram till 1959, då dess status höjdes från 'kolonial' till 'provinsiell', med en sida från det portugisiska imperiets synsätt; mellan 1960 och 1968, när Madrid försökte en partiell avkolonisering, som man hoppades skulle bevara territoriet som en integrerad del av det spanska systemet; och efter 1968, när Madrid försökte genomföra en fullständig avkolonisering, som man hoppades skulle bevara territoriet som en integrerad del. Den första av dessa faser var inte mycket mer än en fortsättning på tidigare politik, som var mycket lik Portugals och Frankrikes, särskilt i dela upp befolkningen i en överväldigande majoritet som styrs som "infödda" eller icke-medborgare, och en liten minoritet (tillsammans med vita) erkände till medborgerlig status som emancipados, med assimilering till storstadskulturen som den enda tillåtelsen.
Början av nationalism uppstod under denna "provinsiella" period, men bara bland små samhällen som hade sökt skydd från Caudillos faderliga hand i Kamerun och Gabon. Movimiento Nacional de Liberación de Guinea (MONALIGE) och Idea Popular de Guinea Ecuatorial grundades (IPGE). Deras tryck var lätt, men inte i hela Västafrika som helhet. Regionen beviljades viss autonomi och administrativt framsteg av en "moderat" organisation, Movimiento de Unión Nacional de la Guinea Ecuatorial, efter att en resolution den 9 augusti 1963 ratificerades genom en folkomröstning den 15 december 1963. (MUNGE). Detta visade sig vara ett svagt vapen, och Madrid gav efter för nationalismens strömningar inför det ökande FN-kravet på reformer.