Због политичке нестабилности и недостатака у поступању са својим колонијама, посебно Индокином и Алжиром, Француска Четврта република је пала 1958. Француски народ је подржао успостављање Пете републике, а француски председник Шарл де Гол је то јасно рекао 8. августа 1958. , да ће француске колоније морати да бирају између веће аутономије у новој француској заједници или тренутне независности на гласању 28. септембра 1958. Остале колоније су изабрале прву, али је Гвинеја одлучно гласала за независност, коју је предводио Ахмед Секу Туре, чији је демократски Партија Гвинеје (ПДГ) је освојила 56 од 60 места на територијалним изборима 1957. Французи су убрзо отишли, а Гвинеја се прогласила сувереном и независном републиком 2. октобра 1958, са Секу Туреом као председником.
Гвинеја се брзо удружила са Совјетским Савезом након одласка Француске и прихватила комунистичку политику. Гвинеја је, с друге стране, нагињала кинеском облику социјализма, а партнерство је било кратког века. Упркос томе, капиталистичке нације као што су Сједињене Државе наставиле су да пружају помоћ и инвестиције земљи. Чак се и односи са Француском побољшали; трговина је порасла након избора Валерија Жискара д'Естена за председника Француске, а две нације су размениле званичне посете.
Туре је прогласио ПДГ за једину легитимну странку 1960. Влада и ПДГ су се спојиле наредне 24 године. Туре је био неоспоран четири седмогодишња мандата као председник, а бирачи су добијали јединствену листу кандидата ПДГ за Народну скупштину сваких пет година. Туре је убрзо постао поларизирајући лидер, заговарајући хибридни афрички социјализам код куће и панафрички у иностранству, а његова администрација је постала нетолерантна према критикама, затварајући стотине и гушећи штампу.
Током овог периода, гвинејска влада је национализовала територију, сменила француске и традиционалне вође и прекинула односе са француском владом и предузећима. Економско стање Гвинеје постало је неизвесно као и њен дипломатски став, колебајући се између подршке Совјетском Савезу и (до краја 1970-их) подршке Сједињеним Државама. Туреова влада је напала стварне и замишљене противнике, терајући хиљаде политичких противника у егзил, наводећи планове и завере против њега у земљи и иностранству.
Године 1970. трупе гвинејске опозиције у иностранству помогле су португалским војницима из суседне португалске Гвинеје у операцији Зелено море, упаду у Гвинеју. Португалска војска је покушала да убије или ухапси Секуа Туреа због његове подршке ПАИГЦ-у, герилској групи која делује у Португалској Гвинеји, између осталог. Португалске трупе су се повукле након што су оствариле већину својих циљева након вишедневних интензивних борби. Учесталост интерних хапшења и погубљења порасла је током владавине Секуа Туреа.
Споменик у знак сећања на војни тријумф над португалским нападом 1970. Једини циљ који португалски напад није успео да постигне било је хватање Ахмеда Секуа Туреа.
Секу Туре је умро 26. марта 1984. у Сједињеним Државама после операције на срцу, а наследио га је премијер Луис Лансана Беавоги, који је требало да буде привремени председник до одржавања нових избора.
Дана 3. априла 1984. ПДГ је требало да изабере новог лидера. Тај појединац би по уставу био једини кандидат за председника. Пуковници Лансана Конте и Дијара Траоре, међутим, преузели су контролу у бескрвном пучу само неколико сати пре конференције. Траоре је био премијер до децембра, када је Конте преузео функцију председника.
Конте је брзо осудио стање људских права претходног режима, ослободио 250 политичких затвореника и позвао још 200,000 људи да се врате из егзила. Такође је јасно ставио до знања да напушта социјализам, иако то није допринело смањењу сиромаштва, а нација није показивала никакве назнаке да напредује ка демократији.
Конте је 1992. године прогласио враћање цивилне владе, са председничким изборима 1993. и парламентарним изборима 1995. (на којима је његова странка – Партија јединства и напретка – освојила 71 од 114 места.) Контеова власт је остала јака упркос његовој моћи. исповедао приврженост демократији. Алфа Конде, опозициони лидер, затворен је у септембру 2001. због угрожавања националне безбедности, али је пуштен осам месеци касније. Након тога одлази у изгнанство у Француску.
Конте је планирао и победио на референдуму за продужење председничког мандата 2001. године, а свој трећи мандат започео је 2003. када је опозиција бојкотовала биралишта. Конте је избегао осумњичени покушај убиства у јануару 2005. док се ретко појављивао у јавности у Конакрију, главном граду Гвинеје. Његови клеветници су га називали „уморним тиранином“ чија је смрт била неизбежна, док су његове присталице мислиле да побеђује у рату против неистомишљеника. Гвинеја се и даље суочава са значајним изазовима и, према Форин Полиси, на ивици је да постане пропала држава.
Када су побуњеници прешли границе са Либеријом и Сијера Леонеом 2000. године, Гвинеја се умешала у нестабилност која је дуго мучила остатак западне Африке, и неко време се чинило да је нација на ивици грађанског рата. Конте је тврдио да су суседни лидери завидели природним богатствима Гвинеје, али су ове оптужбе оштро одбачене. Гвинеја је 2003. пристала на споразуме са својим суседима о борби против побуњеника. Протести против администрације избили су 2007. године, а кулминирали су именовањем новог премијера.