Регион око Џибутија био је насељен још од неолита. Лингвисти верују да су отприлике у то време први људи који су говорили афроазијски мигрирали у то подручје из породичног наводног урхеимата („првобитне домовине“) у долини Нила или на Блиском истоку. Други верују да је породица афроазијских језика настала ин ситу у Рогу, са људима који су се одатле ширили.
У Аса Коми, унутрашњости језера у равници Гобаад, откривена је грнчарија која датира из средине другог миленијума. Грнчарија са локалитета садржи тачкасте и урезане геометријске узорке који су упоредиви са керамиком фазе 1 културе Сабир из Малајбе у Јужној Арабији. Кости крава дугих рогова без грба такође су пронађене у Аса Коми, што указује да је припитомљена говеда постојала пре око 3,500 година. У Дори и Баљу, постоји додатна камена уметност која приказује антилопе и жирафу.
Одређени број антропоморфних и фаличких стела се такође може наћи између Џибути Ситија и Лојаде. Конструкције су повезане са правоугаоним гробницама оивиченим вертикалним плочама, које су такође откривене у централној Етиопији. Стеле у Џибути-Лојади су непознате старине, а неке од њих имају знак у облику слова Т.
Сматра се да је Џибути највероватније место у региону познатом старим Египћанима као Пунт (или Та Нетјеру, што значи „Божја земља“), заједно са северном Сомалијом, Еритрејом и обалом Црвеног мора Судана. Земља Пунт се првобитно помиње у 25. веку пре нове ере. Пунти су били народ који је имао јаке везе са Древним Египтом за време владавине фараона Сахуреа из Пете династије и краљице Хатшепсут из Осамнаесте династије. Краљ Параху и краљица Ати су управљали земљом Пунт током тог периода, према сликама храма у Деир ел-Бахарију.
Сомалијске и Афарске етничке групе у овој области биле су међу првим људима на континенту који су прихватили ислам након што су трговали са суседним Арапским полуострвом више од 1,000 година.
На Рогу Африке, Ифат Султанат је био средњовековна земља. Династија Валашма основала га је 1285. године, а седиште му је било у Зеили. Ифат је започео операције у Џибутију и северној Сомалији, а затим се преселио на југ у планине Ахмар. Године 1285, њен султан Умар Валашма (или, према другом извештају, његов син Али) заузео је Султанат Шева. Војна експедиција султана Омара, према Тадесе Тамрату, била је покушај уједињења муслиманских посједа у Рогу, слично настојању цара Јекуна Амлака да уједини хришћанска краљевства у висоравни у исто време. Ове две државе су се на крају сукобиле око Шеве и других јужних региона. Избила је дуга битка, иако муслимански султанати тог периода нису били добро координирани. Године 1332., етиопски цар Амда Сејон И уништио је Ифат и он се повукао из Шеве.
Подручје северно од залива Таџура било је познато као Обок од 1862. до 1894. године, а њиме су управљали сомалијски и афарски султани, локални владари са којима је Француска склопила неколико споразума између 1883. и 1887. како би успоставила присуство у региону. Леонс Лагард је успоставио сталну француску владу у Џибутију 1894. године, преименујући територију у Француски Сомалиланд. Трајао је од 1896. до 1967. године, када је основана Территоире Францаис дес Афарс ет дес Иссас (ТФАИ) („Француска територија Афара и Иса“).
Џибути је спровео референдум 1958. године, уочи независности суседне Сомалије 1960. године, како би одредио да ли да се придружи Републици Сомалији или да остане са Француском. Референдум је резултирао гласањем за велику етничку заједницу Афара, као и Европљани са пребивалиштем, што указује да треба одржати односе земље са Француском. Изнети су и наводи о масовној манипулацији гласањем. Већина оних који су гласали против били су Сомалијци који су подржали Махмуда Харбија, потпредседника Владиног савета, у његовом предлогу за уједињену Сомалију. Харби је погинуо две године касније у авионској несрећи.
Други референдум је спроведен 1967. како би се одлучила будућност ове области. Прелиминарни налази су указивали на то да везу са Француском треба одржати, иако лабавије. Гласање је такође подељено по етничким линијама, при чему је већина резидентних Сомалијаца гласала за независност са циљем коначног уједињења са Сомалијом, док су Афари одлучили да остану са Француском. Референдум је поново био оптерећен оптужбама за манипулацију гласањем од стране француске владе. Некадашња Цоте францаисе дес Сомалис (француски Сомалиланд) је убрзо након гласања преименована у Территоире францаис дес Афарс ет дес Иссас.
Трећи референдум одржан је 1977. Одвајање од Француске одобрило је 98.8% гласача, што је формално означило независност Џибутија. Хасан Гулед Аптидон, сомалијски политичар који се залагао за гласање за на референдуму 1958. године, постао је први председник земље (1977–1999).
Џибути се придружио Организацији афричког јединства (сада Афричка унија), Арапској лиги и Уједињеним нацијама у првој години. Нова земља је такође била један од оснивача Међувладине управе за развој, регионалне развојне организације, 1986. године.
Тензије око владиног представљања између владајућег Народног скупа за напредак у Џибутију (ПРП) и опозиционог Фронта за обнову јединства и демократије (ФРУД) довеле су до насилног рата почетком 1990-их. 2000. године, застој је прекинут споразумом о подели власти.