Наредних 30 година обележили су политички преокрети. У оружаном пучу 3. августа 1975. председник Ахмед Абдалах је свргнут и замењен чланом Уједињеног националног фронта Коморских острва (ФНУК), принцом Саидом Мохамедом Џафаром. Јануара 1976. Јаффар је свргнут у корист Алија Соилиха, његовог министра одбране.
На два референдума одржана у то време, грађани Мајота су се одлучили против независности од Француске. Први, 22. децембра 1974. године, добио је 63.8 одсто подршке за одржавање односа са Француском, а други, фебруара 1976, добио је невероватних 99.4 одсто. Председник Соилих, који је управљао три преживела острва, применио је низ социјалистичких и изолационистичких мера које су затегле везе са Француском. Боб Денард се вратио 13. маја 1978, уз подршку француске, родезијске и јужноафричке владе, да свргне председника Соилиха и врати Абдалаха. Током Соилихове кратке владавине, био је подвргнут још седам покушаја државног удара пре него што је свргнут и убијен.
Абдалахово председништво, за разлику од Соилиховог, карактерисала је ауторитарна контрола и већа приврженост традиционалном исламу, а нација је преименована у Савезну исламску Републику Комори (Републикуе Федерале Исламикуе дес Цоморес; ). У страху од државног удара, Абдалах је остао председник до 1989. године, када је издао проглас којим наређује председничкој гарди, којом је командовао Боб Денард, да разоружа оружане снаге. Абдалаха је наводно убио у својој канцеларији љутити војни официр убрзо након што је декрет потписан, али каснији извештаји кажу да је противтенковска ракета испаљена у његову спаваћу собу и убила га. Упркос чињеници да је Денард рањен, верује се да је Абдалахов убица био војник под његовом командом.
Неколико дана касније француски падобранци су Боба Денарда превезли у Јужну Африку. Председник је касније постао Саид Мохамед Ђохар, Соилихов старији полубрат, који је владао до септембра 1995, када се Боб Денард вратио и покушао још један државни удар. Денард је био приморан да се преда када је Француска интервенисала са падобранцима. Ђохара су Французи депортовали на Реунион, а за председника је изабран Мохамед Таки Абдулкарим, кога је подржавао Париз. Био је лидер земље од 1996. до своје смрти у новембру 1998. године, током периода обележеног радничким немирима, репресијом владе и сепаратистичким ратовима. Привремени председник Таџидин Бен Саид Масунде преузео је дужност његовог наследника.
У настојању да поврате француски суверенитет, острва Анжуан и Мохели су 1997. године прогласила независност од Комора. Међутим, Француска се окренула против њиховог захтева, што је резултирало насилним сукобима између савезних снага и побуњеника. Пуковник Азали Асумани, начелник генералштаба, свргнуо је привременог председника Масунда у бескрвном државном удару у априлу 1999, тврдећи да је лоше вођство пред кризом. Од стицања независности 1975. године, Комори су доживели 18 државних удара или покушаја пуча.
Азалијев неуспех да учврсти власт и поврати контролу над острвима изазвао је осуду широм света. Афричка унија, коју предводи јужноафрички председник Тхабо Мбеки, казнила је Анжуан како би помогла у процесу посредовања и помирења. Формално име земље је промењено у Унија Коморских острва, а успостављен је нови систем политичке аутономије за свако острво, као и администрација синдиката за три острва.
Азали је стао по страни 2002. да би се такмичио за председника Коморских острва на демократским изборима, на којима је победио. Као војни диктатор који је први дошао на власт силом и није увек био демократски док је био на власти, Азали је водио Коморе кроз уставне ревизије које су омогућиле нове изборе, упркос континуираним међународним критикама. Закон о надлежностима, који прецизира дужности сваког владиног субјекта, усвојен је почетком 2005. године и сада се примењује. Ахмед Абдалах Мохамед Самби, сунитски муслимански свештеник који је назван „ајатолах” због својих година студирања ислама у Ирану, победио је на изборима 2006. Азали је прихватио резултате избора, омогућивши први миран и демократски пренос власти на архипелагу.
Пуковник Мохамед Бакар, бивши жандарм школован у Француској, преузео је контролу у Анжуану 2001. У јуну 2007. одржао је референдум да афирмише своје вођство, које су савезна влада Коморских острва и Афричка унија осудиле као неуставно. Стотине трупа из Афричке уније и Коморских острва извршиле су инвазију на Анжуан који су држали побуњеници 25. марта 2008, на радост локалног становништва: стотине, ако не и хиљаде, људи су мучени под Бачаровом владавином. Неки побуњеници су убијени или рањени, али званични бројеви нису доступни. Најмање 11 особа је повређено у нападу. Један број званичника је затворен. Бацар је побегао у Мајот, француску енклаву у Индијском океану, глисером да потражи уточиште. На Коморима су избиле антифранцуске демонстрације.
Више од 20 државних удара или покушаја пуча догодило се на Коморима од независности од Француске.
Дана 26. маја 2011. године, бивши потпредседник Икилилоу Дхоинине положио је заклетву као председник након избора крајем 2010. Дхоинина, члана владајуће странке, на изборима је подржао председник Ахмед Абдаллах Мохамед Самби. Дхоинине, фармацеут по професији, први је председник Коморских острва, пореклом са острва Мохели.