Франсоа Бозизе суспендовао је устав и именовао нову владу састављену од већине опозиционих партија. Именовање Абела Гумбе за потпредседника подигло је имиџ Бозизеове нове администрације. Бозизе је формирао национални транзициони савет широког спектра да би написао нови устав и изјавио да намерава да поднесе оставку и кандидује се за функцију када се усвоји нови устав.
Бушов рат у Централноафричкој Републици почео је 2004. године када су анти-Бозизеове групе подузеле оружје против његове администрације. Током маја 2005, Бозизе је победио на председничким изборима који су искључили Патасеа, а борба између владе и побуњеника настављена је 2006. Бозизеова администрација је тражила француску војну помоћ у новембру 2006. да им помогне да се одупру побуњеницима који су преузели контролу над градовима у северним провинцијама земље . Иако су први јавни детаљи споразума били фокусирани на логистику и обавештајне податке, француска подршка је на крају укључивала нападе авиона Мираж на положаје побуњеника.
Споразум из Сиртеа, потписан у фебруару, и Мировни споразум Бирао, потписан у априлу 2007., позивају на прекид непријатељстава, смјештај бораца ФДПЦ-а и њихову интеграцију са ФАЦА-ом, ослобађање политичких затвореника, интеграцију ФДПЦ-а у владу , амнестију за УФДР, признање као политичке партије и интеграцију њених бораца у националну војску. Неколико организација се борило, али су друге потписале пакт или сличне споразуме са владом (нпр. УФР 15. децембра 2008). ЦПЈП, једина значајна организација која у то време није потписала споразум, наставила је са радом и потписала мировни споразум са владом 25. августа 2012. године.
Бозизе је поново изабран 2011. године на изборима који се углавном сматрају намештеним.
Селека, алијанса побуњеничких организација, преузела је контролу над градовима у северним и централним регионима земље у новембру 2012. Ове странке су на крају преговарале о мировном споразуму са Бозизеовом администрацијом у јануару 2013, укључујући владу која дели власт, али је споразум пропао, а побуњеници су преузели контролу над главним градом у марту 2013, приморавши Бозизеа да побегне из земље.
За председника је изабран Мишел Ђотодија, а у мају 2013. премијер Николас Тиангаје затражио је мировну мисију УН од Савета безбедности УН, а 31. маја је бивши председник Бозизе оптужен за злочине против човечности и подстицање на геноцид.
Током јуна–августа 2013. безбедносна ситуација се није побољшала, а било је извештаја о преко 200,000 интерно расељених лица (ИРЛ), као ио кршењу људских права и новом насиљу између присталица Селеке и Бозизеа.
Француски председник Франсоа Оланд позвао је Савет безбедности Уједињених нација и Афричку унију да појачају напоре за стабилизацију нације. Речено је да је Селекина влада поломљена. Ђотодија је званично распустио Селеку у септембру 2013, али су многи побуњеници одбили да се разоружају и удаљили се даље од владине власти.
Насиље се погоршало крајем године, што је изазвало међународну забринутост због „геноцида“, а борбе су углавном биле резултат осветничких напада на цивиле од стране Селекиних углавном муслиманских војника и хришћанских милиција познатих као „анти-балака“.
Мајкл Ђотодија и његов премијер Николас Тиенгаје поднели су оставке 11. јануара 2014. у оквиру споразума постигнутог на регионалној конференцији у суседном Чаду. Национални прелазни савет изабрао је Кетрин Самба-Панзу за привремену председницу, а она је ступила на дужност 23. јануара. Постала је прва жена председница Централне Африке. Мари-Нолле Коиара постала је прва жена министар одбране од независности у јануару 2015.
Генерални секретар Уједињених нација Бан Ки-моон је 18. фебруара 2014. затражио да Савет безбедности УН брзо пошаље 3,000 војника у нацију да се боре против онога што је окарактерисао као намерно гађање и масовно убијање невиних људи. Генерални секретар је представио стратегију у шест тачака, која је укључивала распоређивање 3,000 мировних снага као допуна 6,000 војника Афричке уније и 2,000 француских снага које су тренутно у земљи.
Након посредовања Конга, званичници Селеке и антибалаке потписали су споразум о прекиду ватре у Бразавилу 23. јула 2014.
14. децембра 2015. командант побуњеника Селека прогласио је Републику Логоне независном.