Kushtetuta malteze shpall katolicizmin si fe zyrtare, pavarësisht nga mbrojtja e vendosur për lirinë fetare.
Katolicizmi Romak është feja më e përhapur në Maltë. Kushtetuta malteze e përcakton katolicizmin si fe zyrtare, e cila gjithashtu përfaqësohet në shumë aspekte të kulturës malteze.
Në Maltë, Gozo dhe Comino ka rreth 360 kisha, ose një për çdo 1,000 banorë. Kisha e famullisë (maltisht: "il-parroa" ose "il-knisja parrokkjali") është qendra arkitekturore dhe gjeografike e çdo qyteti dhe fshati maltez, si dhe burimi i krenarisë qytetare. Kjo krenari komunale shfaqet në festat lokale të fshatit, të cilat festojnë shenjtin mbrojtës të çdo famullie me banda marshimi, procesione fetare, mesha të veçanta, mjete piroteknike (veçanërisht petarda) dhe festa të tjera.
Malta është Selia Apostolike; Veprat e Apostujve flasin për mbytjen e anijes së Shën Palit në ishullin "Melite", të cilin shumë studiues të Biblës e identifikojnë si Malta, në udhëtimin e tij nga Jerusalemi në Romë për t'u gjykuar, një ngjarje që ndodhi rreth vitit 60 pas Krishtit. Shën Pali kaloi tre muaj në ishull në udhëtimin e tij për në Romë, siç tregohet në Veprat e Apostujve, duke shëruar të sëmurët, përfshirë babanë e Publiusit, "njeriut kryesor të ishullit". Kjo histori është e lidhur me një sërë traditash të ndryshme. Mbytja e anijes besohet të ketë ndodhur në atë që tani njihet si Gjiri i Shën Palit. Shën Publius, një shenjtor maltez, thuhet se është bërë peshkopi i parë i Maltës dhe një shpellë në Rabat, e njohur tani si "Shpella e Shën Palit" (dhe në afërsi të së cilës ka dëshmi të varrimeve dhe ritualeve të krishtera nga shekulli III pas Krishtit. është zbuluar), është një nga vendet më të hershme të njohura të adhurimit të krishterë të ishullit.
Katakombet në vende të ndryshme në të gjithë Maltën, veçanërisht Katakombet e Shën Palit dhe Katakombet e Shën Agatha-s pranë Rabatit, pak përtej mureve të Mdina-s, ofrojnë dëshmi të mëtejshme të aktiviteteve dhe besimeve të krishtera gjatë kohës së persekutimit romak. Këto të fundit ishin veçanërisht të afreskuara mirë midis viteve 1200 dhe 1480, por turqit pushtues dëmtuan disa prej tyre në vitet 1550. Ka gjithashtu një numër kishash shpellore, të tilla si shpella në Melliea, e cila është një faltore e Lindjes së Zojës dhe tradita thotë se Shën Luka pikturoi një portret të Madonës atje. Ka qenë një vend pelegrinazhi që në mesjetë.
Sipas Akteve të Këshillit të Kalqedonit, një farë Akacius ishte peshkop i Maltës në vitin 451 pas Krishtit (Melitenus Episcopus). Dihet gjithashtu se një Konstandin i caktuar, Episcopus Melitenensis, mori pjesë në Koncilin e Pestë Ekumenik në vitin 501 pas Krishtit. Papa Gregori I shkarkoi Tucillusin, Miletinae civitatis episcopus, në 588 pas Krishtit, dhe kleri dhe populli i Maltës zgjodhën Trajanin si pasues të tij në 599 pas Krishtit. Para pushtimit të ishujve, peshkopi i fundit i dokumentuar i Maltës ishte një grek i quajtur Manas, i cili më pas u burgos në Palermo.
Sipas historianit maltez Giovanni Francesco Abela, maltezët ruajtën besimin e tyre të krishterë pavarësisht nga pushtimi Fatimid pas konvertimit të tyre në krishterim nga duart e Shën Palit. Malta përshkruhet në veprat e Abela si një "mbrojtje e kulturës së krishterë evropiane kundër zgjerimit të Islamit mesdhetar". Në shekujt 12 dhe 13, imigrimi në Maltë nga Italia forcoi popullsinë vendase të krishterë që mirëpriti Roger I të Siçilisë.
Për shekuj, Kisha në Maltë i nënshtrohej Dioqezës së Palermos, me përjashtim të rasteve kur ishte nën Karlin e Anzhuit, i cili zgjodhi peshkopët për Maltën, siç bënë spanjollët dhe, më pas, kalorësit në raste të rralla. Që nga viti 1808, të gjithë peshkopët maltezë kanë shërbyer. Malta u bë vendi i përkushtuar katolik që është sot si pasojë e epokës normane dhe spanjolle, si dhe autoritetit të kalorësve. Vlen të përmendet se Zyra e Inkuizitorit të Maltës pati një qëndrim të gjatë në ishull pas themelimit të tij në 1530: Inkuizitori i fundit u largua nga Ishujt në 1798, kur Kalorësit iu dorëzuan trupave të Napoleon Bonapartit. Disa familje malteze u shpërngulën në Korfuz nën Republikën e Venecias. Pasardhësit e tyre përbëjnë rreth dy të tretat e 4,000 katolikëve që aktualisht banojnë në ishull.
Shenjtorët mbrojtës të Maltës janë Shën Pali, Shën Publius dhe Shën Agatha. Edhe pse nuk është një shenjt mbrojtës, Shën Gjergji Preca (San ose Preca) vlerësohet shumë si shenjtori i dytë maltez që u shenjtërua pas Shën Publius Maltës, shenjtori i parë i njohur i Maltës (kanonizuar në vitin 1634). Më 3 qershor 2007, Papa Benedikti XVI e shpalli të shenjtë. Përveç kësaj, një numër maltesh janë shpallur të bekuar, veçanërisht Maria Adeodata Pisani dhe Nazju Falzon, të cilët u lumtuan nga Papa Gjon Pali II në 2001.
Malta është shtëpia e një numri urdhrash fetarë katolikë romakë, duke përfshirë jezuitët, françeskanët, dominikanët dhe motrat e vogla të të varfërve.
Shumica e kongregacioneve të kishave lokale protestante nuk janë malteze; kongregacionet e tyre janë tërhequr nga pensionistët e shumtë britanikë që banojnë në ishull, si dhe turistë nga shumë vende të tjera. Ka rreth 600 Dëshmitarë të Jehovait në zonë. Secila prej Kishave të Jezu Krishtit të Shenjtorëve të Ditëve të Mëvonshme (Kisha LDS), Kisha Baptiste e Biblës dhe Bashkësia e Kishave Ungjillore ka rreth 60 anëtarë. Kisha të tjera emërtimesh përfshijnë Kishën Skoceze të Shën Andrew në Valeta (një kongregacion i përzier prezbiterian dhe metodist) dhe Katedralja Anglikane e Shën Palit, si dhe një kishë Adventiste e Ditës së Shtatë në Birkirkara. Në vitin 1983, një kongregacion i Kishës së Re Apostolike u krijua në Guardamangia.
Popullsia hebreje e Maltës arriti kulmin nën kontrollin norman në mesjetë. Malta dhe Siçilia u aneksuan nga aragonezët në 1479 dhe Dekreti i Alhambras i vitit 1492 i detyroi të gjithë hebrenjtë të largoheshin nga kombi, duke i lejuar ata të merrnin vetëm disa gjëra me vete. Disa qindra hebrenj maltezë mund të jenë konvertuar në krishterim për të qëndruar në komb gjatë asaj kohe. Tani ka vetëm një kongregacion hebre.
Zen Budizmi dhe Besimi Bahá' kanë të dyja rreth 40 ndjekës.
Xhamia Mariam Al-Batool është e vetmja xhami myslimane në qytet. Sapo u krijua një shkollë fillore myslimane. Nga rreth 3,000 myslimanë në Maltë, afërsisht 2,250 janë emigrantë, 600 janë qytetarë të natyralizuar dhe 150 janë maltezë nga lindja.