30 vitet e ardhshme u shënuan nga trazira politike. Në një grusht shteti të armatosur më 3 gusht 1975, Presidenti Ahmed Abdallah u rrëzua dhe u zëvendësua nga anëtari i Frontit të Bashkuar Kombëtar të Komoreve (FNUK), Princi Said Mohamed Jaffar. Në janar 1976, Jaffar u rrëzua në favor të Ali Soilih, ministrit të tij të Mbrojtjes.
Në dy referendume të mbajtura në atë kohë, njerëzit e Mayotte vendosën kundër pavarësisë nga Franca. E para, më 22 dhjetor 1974, mori 63.8 për qind mbështetje për mbajtjen e marrëdhënieve me Francën dhe e dyta, në shkurt 1976, mori 99.4 për qind. Presidenti Soilih, i cili qeveriste tre ishujt e mbijetuar, zbatoi një sërë masash socialiste dhe izolacioniste që tensionuan lidhjet me Francën. Bob Denard u kthye më 13 maj 1978, me mbështetjen e qeverive franceze, rodeziane dhe të Afrikës së Jugut, për të rrëzuar Presidentin Soilih dhe për të rivendosur Abdallah. Gjatë mbretërimit të shkurtër të Soilih, ai iu nënshtrua shtatë përpjekjeve të tjera për grusht shteti përpara se të rrëzohej dhe të vritej.
Presidenca e Abdallah, ndryshe nga ajo e Soilih, karakterizohej nga kontrolli autoritar dhe përkushtimi më i madh ndaj Islamit tradicional, dhe kombi u riemërua Republika Federale Islamike e Komoreve (République Fédérale Islamique des Comores; ). Nga frika e një grushti shteti, Abdallah mbeti president deri në vitin 1989, kur ai lëshoi një deklaratë duke urdhëruar Gardën Presidenciale, të komanduar nga Bob Denard, të çarmatoste forcat e armatosura. Abdallah thuhet se u qëllua për vdekje në zyrën e tij nga një oficer ushtarak i zemëruar menjëherë pas nënshkrimit të dekretit, por raportet e mëvonshme thonë se një raketë antitank u qëllua në dhomën e tij të gjumit dhe e vrau atë. Pavarësisht se Denard ka mbetur i plagosur, besohet se vrasësi i Abdallah ka qenë një ushtar nën komandën e tij.
Bob Denard u transportua me avion në Afrikën e Jugut nga parashutistët francezë disa ditë më vonë. Presidenti u bë më pas Said Mohamed Djohar, gjysmëvëllai i madh i Soilih, i cili sundoi deri në shtator 1995, kur Bob Denard u kthye dhe provoi një grusht shteti. Denard u detyrua të dorëzohej kur Franca ndërhyri me parashutistë. Djohar u deportua në Reunion nga francezët dhe Mohamed Taki Abdoulkarim, i cili u mbështet nga Parisi, u zgjodh president. Ai ishte lideri i vendit nga viti 1996 deri në vdekjen e tij në nëntor 1998, gjatë një periudhe të shënuar nga trazirat e punës, shtypja e qeverisë dhe luftërat separatiste. Presidenti i përkohshëm Tadjidine Ben Said Massounde mori detyrën si pasues i tij.
Në një përpjekje për të rimarrë sovranitetin francez, ishujt Anjouan dhe Mohéli shpallën pavarësinë nga Komoret në 1997. Megjithatë, Franca u kthye kundër kërkesës së tyre, duke rezultuar në përleshje të dhunshme midis forcave federale dhe kryengritësve. Koloneli Azali Assoumani, Shefi i Shtabit të Ushtrisë, përmbysi Presidentin e Përkohshëm Massounde në një grusht shteti pa gjak në prill 1999, duke pretenduar një udhëheqje të dobët përballë krizës. Që nga pavarësia në 1975, Komoret kanë parë 18 grusht shteti ose tentativë për grusht shteti.
Dështimi i Azalit për të konsoliduar autoritetin dhe për të rivendosur kontrollin mbi ishujt tërhoqi dënimin në mbarë botën. Bashkimi Afrikan, i udhëhequr nga presidenti i Afrikës së Jugut, Thabo Mbeki, vendosi ndëshkime ndaj Anzhuanit për të ndihmuar në procesin e ndërmjetësimit dhe pajtimit. Emri zyrtar i vendit u ndryshua në Unioni i Komoros dhe u krijua një sistem i ri i autonomisë politike për secilin ishull, si dhe një administratë bashkimi për tre ishujt.
Azali qëndroi mënjanë në 2002 për të konkurruar për President të Komoreve në një zgjedhje demokratike, të cilat ai i fitoi. Si një diktator ushtarak që fillimisht kishte ardhur në pushtet me forcë dhe nuk ishte gjithmonë demokratik gjatë kohës që ishte në qeveri, Azali udhëhoqi Komoret përmes rishikimeve kushtetuese që lejuan zgjedhje të reja, pavarësisht nga kritikat e vazhdueshme ndërkombëtare. Në fillim të vitit 2005 u miratua një legjislacion i Loi des Compétences, i cili specifikon detyrat e çdo njësie qeveritare, dhe tani është duke u zbatuar. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, një klerik mysliman sunit i quajtur "Ayatollah" për vitet e tij të studimit për Islamin në Iran, fitoi zgjedhjet e vitit 2006. Azali pranoi rezultatet e zgjedhjeve, duke mundësuar transferimin e parë paqësor dhe demokratik të pushtetit të arkipelagut.
Koloneli Mohammed Bacar, një ish-xhandar i arsimuar në Francë, mori kontrollin në Anzhuan në 2001. Në qershor 2007, ai mbajti një referendum për të afirmuar udhëheqjen e tij, të cilën qeveria federale e Komores dhe Bashkimi Afrikan e dënuan si jokushtetuese. Qindra trupa nga Bashkimi Afrikan dhe Komoret pushtuan Anzhuanin e mbajtur nga rebelët më 25 mars 2008, për kënaqësinë e popullsisë vendase: qindra, nëse jo mijëra, njerëz u torturuan nën sundimin e Bacar. Disa rebelë u vranë ose u plagosën, por nuk ka numra zyrtarë. Të paktën 11 persona u plagosën nga sulmi. Një numër zyrtarësh janë burgosur. Bacar u arratis në Mayotte, një enklavë franceze e Oqeanit Indian, me një skaf për të kërkuar strehim. Në Komore shpërthyen demonstratat antifranceze.
Më shumë se 20 grusht shteti ose tentativa për grusht shteti kanë ndodhur në Komore që nga pavarësia nga Franca.
Më 26 maj 2011, ish-zëvendëspresidenti Ikililou Dhoinine u betua si President pas zgjedhjeve në fund të vitit 2010. Dhoinine, një anëtar i partisë qeverisëse, u mbështet në zgjedhje nga Presidenti Ahmed Abdallah Mohamed Sambi. Dhoinine, një farmacist me profesion, është Presidenti i parë i Komoreve, me prejardhje nga ishulli Mohéli.