Nagasaki je glavno in največje mesto prefekture Nagasaki na japonskem otoku Kjušu. Bilo je središče portugalskega in nizozemskega vpliva od 16. do 19. stoletja, cerkve in krščanska mesta v Nagasakiju pa so predlagali za vključitev na Unescov seznam svetovne dediščine. Med prvo kitajsko-japonsko vojno in rusko-japonsko vojno je bilo v Nagasakiju veliko oporišče japonske cesarske mornarice. Njegovo ime pomeni "dolg rt".
Med drugo svetovno vojno so ameriške atomske bombe na Hirošimo in Nagasaki naredile Nagasaki drugo in do danes edino mesto na svetu, ki je bilo napadeno z jedrskim orožjem.
Od 1. januarja 2009 je mesto ocenjeno na 446,007 prebivalcev in gostoto prebivalstva 1,100 ljudi na kvadratni kilometer. Celotna površina kopnega je 406.35 km2.