Mali je bil prej član treh zahodnoafriških imperijev, ki so obvladovali transsaharsko trgovino: imperij Gane, imperij Mali (po katerem se je Mali imenoval) in imperij Songhai. V njegovem zlatem obdobju so cvetele matematika, astronomija, literatura in umetnost. Na svojem vrhuncu leta 1300 je imperij Mali obsegal ozemlje, ki je bilo skoraj dvakrat večje od današnje Francije, in se je raztezalo vse do zahodne obale Afrike. Med bojem za Afriko v poznem devetnajstem stoletju je Francija prevzela nadzor nad Malijem, vključno s francoskim Sudanom. Francoski Sudan (prej znan kot Sudanska republika) se je leta 1959 združil s Senegalom in leta 1960 postal Malijska federacija. Po izstopu Senegala iz federacije je Sudanska republika razglasila neodvisnost kot Republika Mali. Po dolgem obdobju enostrankarskega nadzora je državni udar leta 1991 privedel do oblikovanja nove ustave in nastanka Malija kot demokratične večstrankarske države.
Januarja 2012 je na severu Malija izbruhnil oborožen spopad, ki so ga do aprila prevzeli tuareški uporniki in razglasili neodvisnost nove države Azavad. Krizo je zaostril vojaški udar marca in kasnejši spopad med Tuaregi in islamističnimi uporniki. Januarja 2013 je francoska vojska začela operacijo Serval kot odgovor na islamistično napredovanje ozemlja. Mesec dni pozneje so malijski in francoski vojaki ponovno zavzeli večino severa. Predsedniške volitve so bile izvedene 28. julija 2013, drugi krog 11. avgusta, parlamentarne volitve pa 24. novembra in 15. decembra 2013.