François Bozizé je suspendiral ustavo in imenoval novo vlado, sestavljeno iz večine opozicijskih strank. Imenovanje Abela Goumba za podpredsednika je okrepilo podobo Bozizéjeve nove administracije. Bozizé je ustanovil široko zastavljen nacionalni svet za prehod, da bi napisal novo ustavo, in izjavil, da namerava odstopiti in kandidirati, ko bo nova ustava sprejeta.
Busheva vojna v Srednjeafriški republiki se je začela leta 2004, ko so skupine proti Bozizéju napadle njegovo administracijo. Maja 2005 je Bozizé zmagal na predsedniških volitvah, ki so izključile Patasséja, boj med vlado in uporniki pa se je nadaljeval leta 2006. Bozizéjeva administracija je novembra 2006 zaprosila za francosko vojaško pomoč, da bi se jim pomagala upreti upornikom, ki so prevzeli nadzor nad mesti v severnih provincah države. . Čeprav so se prve javne podrobnosti sporazuma osredotočale na logistiko in obveščevalne podatke, je francoska podpora nazadnje vključevala napade letal Mirage na položaje upornikov.
Sporazum iz Syrte, podpisan februarja, in mirovni sporazum Birao, podpisan aprila 2007, sta pozivala k prekinitvi sovražnosti, nastanitvi borcev FDPC in njihovi vključitvi v FACA, izpustitvi političnih zapornikov, vključitvi FDPC v vlado , amnestija za UFDR, priznanje kot politične stranke in vključitev njenih borcev v nacionalno vojsko. Več organizacij se je borilo naprej, druge pa so podpisale pakt ali podobne sporazume z vlado (npr. UFR 15. decembra 2008). CPJP, edina pomembna organizacija, ki takrat ni podpisala sporazuma, je ohranila svoje delovanje in 25. avgusta 2012 z vlado podpisala mirovni sporazum.
Bozizé je bil ponovno izvoljen leta 2011 na volitvah, ki so bile večinoma ocenjene kot prirejene.
Séléka, zavezništvo uporniških organizacij, je novembra 2012 prevzelo nadzor nad mesti v severnih in osrednjih regijah države. Te strani so se januarja 2013 nazadnje pogajale o mirovnem sporazumu z Bozizéjevo administracijo, vključno z vlado za delitev oblasti, vendar je sporazum padel v vodo. in uporniki so prevzeli nadzor nad prestolnico marca 2013, zaradi česar je Bozizé moral pobegniti iz države.
Michel Djotodia je bil izvoljen za predsednika, maja 2013 pa je premier Nicolas Tiangaye od Varnostnega sveta ZN zahteval mirovno misijo ZN, 31. maja pa je bil nekdanji predsednik Bozizé obtožen zločinov proti človeštvu in spodbujanja k genocidu.
Med junijem in avgustom 2013 se varnostne razmere niso izboljšale in poročali so o več kot 200,000 notranje razseljenih osebah ter o kršitvah človekovih pravic in novem nasilju med podporniki Séléke in Bozizéja.
Francoski predsednik François Hollande je Varnostni svet Združenih narodov in Afriško unijo pozval, naj okrepita prizadevanja za stabilizacijo države. Vlada Séléke naj bi bila razbita. Djotodia je uradno razpustil Seleko septembra 2013, vendar se številni uporniki niso hoteli razorožiti in so se oddaljili od vladne oblasti.
Nasilje se je proti koncu leta poslabšalo, kar je povzročilo mednarodno zaskrbljenost glede »genocida«, spopadi pa so bili večinoma posledica povračilnih napadov na civiliste s strani pretežno muslimanskih vojakov Seleke in krščanskih milic, znanih kot »anti-balaka«.
Michael Djotodia in njegov premier Nicolas Tiengaye sta odstopila 11. januarja 2014 kot del dogovora, doseženega na regionalni konferenci v sosednjem Čadu. Nacionalni prehodni svet je za začasno predsednico izbral Catherine Samba-Panza, ki je funkcijo prevzela 23. januarja. Postala je prva predsednica Srednje Afrike. Marie-Nolle Koyara je januarja 2015 postala prva obrambna ministrica po osamosvojitvi.
18. februarja 2014 je generalni sekretar Združenih narodov Ban Ki-moon zahteval, da Varnostni svet ZN hitro pošlje 3,000 vojakov v državo za boj proti temu, kar je označil kot namerno ciljanje in množični poboj nedolžnih ljudi. Generalni sekretar je predstavil strategijo v šestih točkah, ki je vključevala napotitev 3,000 mirovnikov kot dopolnitev 6,000 vojakov Afriške unije in 2,000 francoskih sil, ki so trenutno v državi.
Po kongovskem posredovanju so Séléka in uradniki proti balaki 23. julija 2014 v Brazzavillu podpisali sporazum o prekinitvi ognja.
14. decembra 2015 je poveljnik upornikov Séléka razglasil neodvisno republiko Logone.