Poporul San au fost ocupanții indigeni ai ceea ce este acum Lesotho. Exemple de artă rupestre pot fi văzute în munții zonei.
În 1822, regele Moshoeshoe I a înființat actualul Lesotho, cunoscut atunci sub numele de Basutoland, ca un singur stat. Moshoeshoe, fiul lui Mokhachane, un șef minor de descendență Bakoteli, și-a înființat propriul clan și a devenit proeminent în jurul anului 1804. Între 1821 și 1823, el și adepții săi au locuit la Butha-ButheMountain, alăturându-se cu vechii dușmani în lupta împotriva Lifaqane, care a fost legat de domnia lui Shaka Zulu din 1818 până în 1828.
În urma preluării britanice a Coloniei Capului de la olandezii aliați francezi în 1795, dezvoltarea ulterioară a statului s-a bazat pe disputele dintre coloniștii britanici și olandezi care fugiseră din Colonia Capului și, ulterior, s-au conectat cu Suveranitatea râului Orange și ulterior Statul Liber Orange. Între 1837 și 1855, Moshoeshoe I i-a întâmpinat pe misionari de la Societatea Misionară Evanghelică din Paris, Thomas Arbousset, Eugène Casalis și Constant Gosselin, la Morija, unde au stabilit ortografia și au tipărit lucrări în limba sesotho. Casalis, care a servit ca traducător și a oferit consiliere pentru politică externă, a ajutat la stabilirea canalelor diplomatice și la achiziționarea de arme pentru a fi folosite împotriva invadatorilor europeni și a poporului Griqua.
Începând din mai-iunie 1838, trekboers din Colonia Capului au sosit la granițele de vest ale Basutolandului și au revendicat drepturi de teren, începând cu Jan de Winnaar, care s-a stabilit în regiunea Matlakeng. Pe măsură ce boeri s-au mutat în regiune, ei au încercat să colonizeze pământul dintre cele două râuri, chiar la nord de Caledon, spunând că poporul Sotho l-a abandonat. După aceea, Moshoeshoe a semnat un contract cu guvernatorul britanic al Coloniei Capului, Sir George Thomas Napier, care a anexat suveranitatea râului Orange, unde locuiseră mulți boeri. În 1848, acești boeri furioși au fost învinși într-un scurt conflict. O forță britanică a fost bătută de armata basotho la Kolonyama în 1851, declanșând un conflict umilitor pentru britanici. După ce a respins un alt asalt britanic în 1852, Moshoeshoe a făcut un apel la comandantul britanic, care a dus la o înțelegere diplomatică, înainte de a învinge Batlokoa în 1853.
Britanicii s-au retras din zonă în 1854, iar în 1858, Moshoeshoe a purtat o serie de bătălii împotriva boerilor în războiul Liber State-Basotho, pierzând o mare parte din zonele joase vestice. Conflictul anterior s-a încheiat în 1867, când Moshoeshoe a făcut o petiție reginei Victoria, care a consimțit să stabilească Basutoland un protectorat britanic în 1868. În 1869, britanicii au negociat un contract cu boeri la Aliwal North care a stabilit granițele Basutolandului și, ulterior, Lesotho-ul, reducând în esență Regatul lui Moshoeshoe la jumătate din dimensiunea anterioară prin predarea provinciilor vestice.
După cedarea în 1869, britanicii au mutat pentru prima dată sarcinile din capitala lui Moshoeshoe din Thaba Bosiu într-un lagăr de poliție de la frontiera de nord-vest, Maseru, până când Basutoland a fost administrat de Colonia Capului în 1871. Moshoeshoe a murit pe 11 martie 1870, aducând tradiționalul perioadă spre încheiere și introducerea epocii coloniale. A fost înmormântat la Thaba Bosiu. Între 1871 și 1884, în primii ani ai administrației britanice, Basutoland a fost tratat în mod similar cu alte zone care fuseseră dobândite cu forța, spre nemulțumirea Basotho-ului. Acest lucru a dus la Războiul Armelor din 1881. Statutul lui Basutoland ca protectorat a fost restabilit în 1884, cu Maseru restabilit ca capitală, deși a rămas supus controlului direct al unui guvernator, în ciuda autorității interne efective deținute de șefii tradiționali.
Basutoland și-a obținut independența față de Marea Britanie în 1966 și a devenit Regatul Lesotho.
Partidul Național Basotho (BNP) la guvernare a pierdut primele alegeri generale post-independență în ianuarie 1970, cu 23 de locuri în fața celor 36 ale Partidului Congresului Basutoland. Premierul Leabua Jonathan a refuzat să predea puterea Partidului Congresului Basotho (BCP), declarându-se. Tona Kholo (Sesotho pentru „prim-ministru”) și întemnițarea conducerii BCP.
BCP a lansat o revoltă și ulterior a primit antrenament în Libia pentru Armata de Eliberare din Lesotho (LLA) în timp ce se prezenta ca trupele Armatei de Eliberare a Poporului Azanian (APLA) ale Congresului Panafricanist (PAC). LLA, format din 178 de oameni, a fost salvat din baza lor din Tanzania prin ajutorul financiar al unui oficial maoist PAC în 1978, după ce a fost lipsit de arme și provizii de către facțiunea Sibeko a PAC, dar au început campania de gherilă cu doar câteva arme de foc învechite. . După ce armata principală a fost distrusă în nordul Lesotho-ului, insurgenții au efectuat atacuri intermitente, dar în general ineficiente. Când șeful BCP, Ntsu Mokhehle, s-a mutat la Pretoria, campania a fost grav afectată. La începutul anilor 1980, administrația lui Leabua Jonathan a intimidat și agresat mulți basotho care simpatizau cu PCB exilat. Familia lui Benjamin Masilo a fost agresată în septembrie 1981. Edgar Mahlomola Motuba a fost răpit și ucis câteva zile mai târziu.
Din 1966 până în ianuarie 1970, BNP a guvernat țara. Ceea ce a urmat a fost o administrație de facto condusă de dr. Leabua Jonathan până în 1986, când a fost destituită de o lovitură de stat militară. Regele Moshoeshoe II, care anterior fusese un rege ceremonial, a primit puteri executive de către Consiliul Militar de Tranziție care a venit la putere. Cu toate acestea, regele a fost condus în exil în 1987, după ce a depus un memorandum de șase pagini care sublinia viziunea sa pentru constituția din Lesotho, care i-ar fi acordat puteri executive mai mari dacă guvernul militar ar fi fost de acord. Fiul său a fost încoronat rege Letsie al III-lea.
Generalul-maior Justin Metsing Lekhanya, șeful juntei militare, a fost demis în 1991 și înlocuit de generalul-maior Elias Phisoana Ramaema, care a predat controlul unei administrații ale BCP aleasă în mod democratic în 1993. Moshoeshoe II sa întors din exil ca cetățean obișnuit în 1992. În urma restabilirii guvernării democratice, regele Letsie al III-lea a încercat fără succes să convingă administrația BCP să-și restaureze tatăl (Moshoeshoe II) în funcția de șef al statului.
După ce administrația BCP nu a reușit să-și restaureze tatăl, Moshoeshoe II, conform constituției din Lesotho, Letsie III a lansat o lovitură de stat susținută de militari care a răsturnat guvernul BCP în august 1994. Noua administrație nu a fost pe deplin recunoscută de comunitatea internațională. Națiunile membre ale Comunității de Dezvoltare a Africii de Sud (SADC) negociază restabilirea guvernului BCP. Una dintre cerințele propuse de Letsie III a fost ca tatăl său să fie reinstalat în funcția de șef al statului. După negocieri îndelungate, guvernul BCP a fost restabilit, iar Letsie al III-lea a abdicat în favoarea tatălui său în 1995, dar a urcat din nou pe tron când Moshoeshoe II a murit la vârsta de cincizeci și șapte de ani într-un presupus accident rutier când mașina lui s-a prăbușit de un munte. drum la primele ore ale zilei de 15 ianuarie 1996. Potrivit autorităților, Moshoeshoe a plecat la ora 1 dimineața pentru a-și vedea animalele în Matsieng și se întorcea la Maseru prin Munții Maluti când vehiculul său a ieșit de pe șosea.
Guvernarea BCP s-a despărțit în 1997 din cauza dezacordurilor de conducere. Prim-ministrul Ntsu Mokhehle a înființat un nou partid, Congresul pentru Democrație din Lesotho (LCD), și a fost susținut de o majoritate a parlamentarilor, permițându-i să formeze o nouă administrație. Pakalitha Mosisili a preluat funcția de lider al partidului la moartea lui Mokhehle, iar LCD a câștigat alegerile generale din 1998. În ciuda faptului că alegerile au fost considerate libere și corecte de către observatorii locali și internaționali, precum și o comisie specială înființată de SADC, opoziția partidele politice au contestat rezultatele.
Protestele opoziției din națiune au crescut în intensitate, culminând cu un miting pașnic în afara palatului regal, în august 1998. Specificul exact al ceea ce s-a întâmplat în continuare sunt dezbătute aprins atât în Lesotho, cât și în Africa de Sud. În timp ce soldații din Forțele de Apărare Botswana au fost bineveniți, tensiunile cu personalul Forțelor Naționale de Apărare din Africa de Sud au fost mari, culminând cu violență. Revoltele sporadice au devenit mai frecvente atunci când soldații sud-africani au ridicat un steag sud-african deasupra Palatului Regal. Până la plecarea trupelor SADC, în mai 1999, cea mai mare parte a orașului lui Maseru era în ruine, în timp ce capitalele din sudul provinciei Mafeteng și Mohale's Hoek pierduseră mai mult de o treime din proprietățile comerciale. Mai mulți sud-africani și basotho au fost, de asemenea, uciși în conflict.
În decembrie 1998, a fost înființată o Autoritate Politică Interimară (IPA) cu sarcina de a evalua sistemul electoral al țării. Pentru a garanta reprezentarea opoziției în Adunarea Națională, IPA a dezvoltat un sistem electoral proporțional. Noua metodă a păstrat actualii 80 de membri aleși ai Adunării, dar a adăugat 40 de locuri proporționale. În mai 2002, alegerile au fost organizate în cadrul acestui nou sistem, iar LCD a câștigat din nou, cu 54 la sută din voturi. Cu toate acestea, pentru prima dată, partidele politice de opoziție au câștigat un număr substanțial de locuri, iar Lesotho a avut primele alegeri pașnice, în ciuda anomaliilor minore și a amenințărilor de violență din partea generalului-maior Lekhanya. Toate cele 40 de locuri proporționale sunt acum deținute de nouă partide de opoziție, BNP având cea mai mare pondere (21). Ecranul LCD controlează 79 din cele 80 de locuri de circumscripție. În ciuda faptului că deputații săi aleși sunt în Adunarea Națională, BNP a depus numeroase contestații legale la alegeri, inclusiv o renumărătoare, dar niciuna nu a avut succes.
La 30 august 2014, a avut loc o tentativă de lovitură de stat militară, care l-a determinat pe prim-ministrul în exercițiu să evadeze în Africa de Sud pentru o scurtă perioadă de timp.
