Popoarele pigmei au fost primele care s-au stabilit în regiune. Pe măsură ce se deplasau, triburile bantu i-au înlocuit și asimilat în principal.
Primii europeni au venit în secolul al XV-lea. În Gabon, în secolul al XVIII-lea a apărut o monarhie vorbitoare de myeni cunoscută sub numele de Orungu.
Bartholomew Roberts, un pirat galez cunoscut sub numele de Black Bart, a pierit pe mare în largul coastei Capului Lopez la 10 februarie 1722. Din 1719 până în 1722, a atacat nave de-a lungul coastelor Americii și Africii de Vest.
În 1875, prima expediție în regiunea Gabon-Congo a fost condusă de aventurierul francez Pierre Savorgnan de Brazza. El a înființat Franceville și, ulterior, a servit ca guvernator colonial. Când Franța a cucerit oficial Gabonul în 1885, multe triburi bantu locuiau în regiunea care este astăzi Gabon.
Gabon s-a alăturat celor patru regiuni din Africa Ecuatorială Franceză în 1910, formând o federație care a durat până în 1959. La 17 august 1960, aceste regiuni și-au câștigat independența. Léon M'ba a fost primul președinte al Gabonului, ales în 1961, alături de Omar Bongo Ondimba ca vicepreședinte.
După ascensiunea lui M'ba la putere, presa a fost reprimată, mitingurile politice au fost scoase în afara legii, libertatea de exprimare a fost restrânsă, alte partide politice au fost îndepărtate progresiv de la putere, iar Constituția a fost modificată urmând liniile franceze pentru a conferi puterea Președinției, care M'ba a luat. Când M'ba a dizolvat Adunarea Națională pentru a stabili un partid unic în ianuarie 1964, o lovitură de stat a armatei a încercat să-l destituie și să restabilească democrația parlamentară. În 24 de ore, parașutiștii francezi au sosit pentru a-l readuce pe M'ba la putere.
În ciuda demonstrațiilor masive și a revoltelor, lovitura de stat s-a încheiat după câteva zile de luptă și opoziția a fost închisă. Până astăzi, trupele franceze sunt staționate la Camp de Gaulle, la marginea orașului Gabon. Bongo a preluat funcția de președinte când M'Ba a murit în 1967.
Bongo a proclamat Gabon un stat cu partid unic în martie 1968, dizolvând BDG și fondând Parti Democratique Gabonais (PDG). El a salutat toți gabonezii să se alăture, indiferent de fidelitatea lor politică din trecut. Bongo a folosit PDG ca un vehicul pentru a îneca conflictele regionale și tribale care au divizat anterior politica gaboneză pentru a crea o mișcare națională unificată în favoarea obiectivelor de dezvoltare ale guvernului. În februarie 1975, Bongo a fost ales președinte; în aprilie 1975, vicepreşedinţia a fost desfiinţată şi înlocuită cu prim-ministrul, care nu avea drepturi de succesiune automată. Bongo a fost reales pentru un mandat de 7 ani ca președinte în decembrie 1979 și noiembrie 1986.
Studenții și muncitorii au organizat proteste și greve violente la începutul anilor 1990, alimentate de nemulțumirea economică și de dorința de reformă politică. Bongo a lucrat cu angajații sector cu sector ca răspuns la plângerile acestora, făcând reduceri substanțiale de salariu. El a mai spus că va deschide PDG și va organiza o conferință politică națională în martie-aprilie 1990 pentru a dezbate viitoarea structură politică a Gabonului. La întâlnire au participat PDG și 74 de grupuri politice. Guvernarea PDG și susținătorii săi au fost împărțiți în două coaliții libere, Frontul Unit al Asociațiilor și Partidelor de Opoziție, care includea Morena Fundamental separatist și Partidul Progresului Gabonez.
Conferința din aprilie 1990 a aprobat schimbări politice semnificative, inclusiv înființarea unui Senat național, descentralizarea procesului bugetar, libertatea de întrunire și de presă și eliminarea necesității unei vize de plecare. Bongo a demisionat din funcția de președinte al PDG într-un efort de a conduce tranziția sistemului politic la democrația multipartidă și a fost formată o administrație de tranziție condusă de un nou prim-ministru, Casimir Oye-Mba. Administrația rezultată, cunoscută sub numele de Gruparea Social Democrată din Gabon (RSDG), a fost mai mică decât cea anterioară și includea membri ai diferitelor grupuri de opoziție în cabinetul său. În mai 1990, RSDG a elaborat o constituție temporară care includea o carte de bază a drepturilor și o justiție independentă, dar ia conferit președintelui puteri administrative largi. Acest document a intrat în vigoare în martie 1991, după o examinare suplimentară de către o comisie constituțională și Adunarea Națională.
Cu toate acestea, opoziția față de PDG a persistat după întâlnirea din aprilie 1990, iar două tentative de lovitură de stat au fost descoperite și dejucate în septembrie 1990. În ciuda protestelor antiguvernamentale după moartea neașteptată a unui lider al opoziției, PDG a câștigat o majoritate puternică în prima Națională multipartidă. Alegeri pentru Adunare în aproape 30 de ani în septembrie-octombrie 1990.
După realegerea președintelui Omar Bongo cu 51% din voturi în decembrie 1993, candidații opoziției au refuzat să accepte rezultatele. În urma unor tulburări civile grave, guvernul și grupurile de opoziție au convenit să lucreze spre o soluție politică. Aceste discuții au dus la Acordurile de la Paris, care au fost semnate în noiembrie 1994 și au inclus mulți lideri de opoziție într-un guvern de unitate națională. Cu toate acestea, acest aranjament s-a prăbușit rapid, iar alegerile parlamentare și municipale din 1996 și 1997 au pregătit scena pentru o revenire la politica partizană. PDG a obținut o victorie răsunătoare la alegerile parlamentare, dar primarii din opoziție au fost aleși în multe orașe mari, inclusiv în Libreville, la alegerile municipale din 1997.
În decembrie 1998, președintele Omar Bongo a fost reales cu majorități uriașe de voturi, în ciuda opoziției divizate. În ciuda numeroaselor presupuse anomalii, câțiva observatori străini au descris rezultatele ca fiind reprezentative și nu a existat niciun fel de tulburări violente care au precedat alegerile din 1993. PDG și independenții asociați au controlat aproape în întregime Adunarea Națională după alegeri parlamentare pașnice, dar greșite din 2001–2002, care au fost boicotate de o serie de partide minore de opoziție și condamnate sever pentru vicii administrative. Președintele Omar Bongo a fost reales în noiembrie 2005 pentru un al șaselea mandat. A fost reales confortabil, deși oponenții susțin că alegerile au fost afectate de nereguli. În urma anunțării victoriei sale, au avut loc câteva incidente de violență, dar Gabonul a rămas calm în general.
În decembrie 2006, au avut loc noi alegeri pentru Adunarea Naţională. Curtea Constituțională a anulat multe locuri care fuseseră contestate din cauza neregulilor de vot, dar PDG și-a păstrat controlul asupra Adunării Naționale la scrutinul de la începutul anului 2007.
Președintele Omar Bongo a murit în urma unui stop cardiac la 8 iunie 2009, într-un spital spaniol din Barcelona, semnalând începutul unei noi ere în politica gaboneză. Rose Francine Rogombé, președinte al Senatului, a fost numită președinte interimar la 10 iunie 2009, în conformitate cu constituția revizuită. La 30 august 2009, au avut loc primele alegeri competitive din istoria Gabonului fără Omar Bongo ca candidat, cu 18 candidați la președinte. Au existat câteva demonstrații minore în perioada premergătoare alegerilor, dar nicio întrerupere majoră. După o revizuire de trei săptămâni de către Curtea Constituțională, fiul lui Omar Bongo, șeful partidului de guvernare Ali Bongo Ondimba, a fost proclamat oficial câștigător; inaugurarea sa a avut loc la 16 octombrie 2009.
Mulți candidați din opoziție au susținut fraudă electorală, iar prima difuzare a rezultatelor alegerilor a declanșat demonstrații neobișnuit de violente în Port-Gentil, al doilea oraș ca mărime al țării și un bastion de lungă durată al rezistenței la administrația PDG. Locuitorii din Port-Gentil s-au repezit în stradă, incendiind o serie de afaceri și case, inclusiv consulatul francez și o închisoare locală. Doar patru persoane au fost ucise în revolte, potrivit cifrelor oficiale, dar liderii opoziției și locali spun că au fost mult mai mulți. Pentru a ajuta poliția aflată în dificultate, jandarmi și militari au fost trimiși la Port-Gentil și a fost impus un stațion de acces pentru mai bine de trei luni.
În iunie 2010, au fost organizate alegeri parțiale legislative. Pentru prima dată, a participat o coaliție de partide nou formată, Uniunea Națională (ONU). Dezertorii PDG care au părăsit partidul după moartea lui Omar Bongo reprezintă majoritatea ONU. PDG a câștigat trei din cele cinci locuri aprig luptate, în timp ce ONU a câștigat două; ambele părți au pretins victoria.