Regiunea din jurul Djibouti a fost populată încă din perioada neolitică. Lingviștii cred că în această perioadă, primii oameni vorbitori de afroasiatic au migrat în zonă din presupusul urheimat („patria originală”) a familiei din Valea Nilului sau Orientul Apropiat. Alții cred că familia de limbi afroasiatice a apărut in situ în Corn, cu oameni răspândindu-se de acolo.
La Asa Koma, o regiune interioară a lacului din Câmpia Gobaad, a fost descoperită ceramică care datează de la mijlocul mileniului doi. Ceramica de pe site prezintă modele geometrice punctate și incizie care sunt comparabile cu ceramica de faza 1 a culturii Sabir din Ma'layba din sudul Arabiei. La Asa Koma au fost găsite și oase de vacă fără coarne lungi, ceea ce indică faptul că vitele domestice au existat acum aproximativ 3,500 de ani. La Dorra și Balho, există artă rupestre suplimentară care înfățișează antilope și o girafă.
O serie de stele antropomorfe și falice pot fi găsite și între orașul Djibouti și Loyada. Construcțiile sunt legate de morminte dreptunghiulare mărginite de plăci verticale, care au fost descoperite și în centrul Etiopiei. Stelele din Djibouti-Loyada sunt de o antichitate necunoscută, iar unele dintre ele au un semn în formă de T.
Se crede că Djibouti este cel mai probabil loc al regiunii cunoscute de egiptenii antici ca Punt (sau Ta Netjeru, care înseamnă „Țara lui Dumnezeu”), împreună cu nordul Somaliei, Eritreea și coasta Mării Roșii a Sudanului. Țara Punt a fost menționată inițial în secolul 25 î.Hr. Puntitii erau un popor care avea legături strânse cu Egiptul Antic sub domnia faraonului Sahure din dinastia a V-a și a reginei Hatshepsut din dinastia a optsprezecea. Regele Parahu și regina Ati au guvernat Țara Punt în timpul perioadei, conform picturilor templului de la Deir el-Bahari.
Grupurile etnice somaleze și afar din zonă au fost printre primii oameni de pe continent care au adoptat islamul după ce au făcut comerț cu Peninsula Arabă vecină timp de mai bine de 1,000 de ani.
În Cornul Africii, Sultanatul Ifat era o țară medievală. Dinastia Walashma a fondat-o în 1285 și avea sediul la Zeila. Ifat a început operațiunile în Djibouti și nordul Somaliei, apoi s-a mutat spre sud, în Munții Ahmar. În 1285, sultanul său Umar Walashma (sau, conform unei alte relatări, fiul său Ali) a capturat Sultanatul Shewa. Expediția militară a sultanului Umar, potrivit lui Tadesse Tamrat, a fost o încercare de a unifica exploatațiile musulmane din Corn, similară efortului împăratului Yekuno Amlak de a uni în același timp regatele creștine din munții. Aceste două state s-au ciocnit în cele din urmă peste Shewa și alte regiuni sudice. A izbucnit o bătălie lungă, deși sultanatele musulmane ale perioadei nu erau bine coordonate. În 1332, împăratul Amda Seyon I al Etiopiei a distrus Ifat și s-a retras din Shewa.
Zona de la nord de Golful Tadjoura a fost cunoscută ca Obock din 1862 până în 1894 și a fost guvernată de sultani somalezi și afar, conducători locali cu care Franța a negociat mai multe tratate între 1883 și 1887 pentru a-și stabili o prezență în regiune. Léonce Lagarde a stabilit un guvern francez permanent în Djibouti în 1894, redenumind teritoriul Somalilandul francez. A durat din 1896 până în 1967, când a fost înființat Teritoriul Français des Afars et des Issas (TFAI) („Teritoriul francez al Afarilor și Issas”).
Djibouti a organizat un referendum în 1958, în ajunul independenței Somaliei vecine în 1960, pentru a stabili dacă să se alăture Republicii Somalie sau să rămână în Franța. Referendumul a avut ca rezultat un vot afirmativ al marii comunități etnice Afar, precum și al locuitorilor europeni, indicând faptul că relația țării cu Franța ar trebui menținută. Au fost făcute și acuzații de manipulare masivă a voturilor. Cea mai mare parte a celor care au votat nu au fost somalezi care l-au susținut pe Mahmoud Harbi, vicepreședintele Consiliului Guvernului, în propunerea sa pentru o Somalie unificată. Harbi a murit doi ani mai târziu într-un accident de avion.
Un al doilea referendum a fost organizat în 1967 pentru a decide viitorul zonei. Constatările preliminare au indicat că legătura cu Franța ar trebui menținută, deși cu o aderență mai slăbită. Votul a fost, de asemenea, împărțit pe linii etnice, majoritatea somalezilor rezidenți votând pentru independență în scopul unificării definitive cu Somalia, în timp ce Afarii au optat să rămână cu Franța. Referendumul a fost din nou afectat de acuzații de manipulare a voturilor de către guvernul francez. Fosta Côte française des Somalis (Somallanda franceză) a fost redenumită Territoire français des Afars et des Issas la scurt timp după vot.
Un al treilea referendum a fost organizat în 1977. Retragerea din Franța a fost aprobată printr-o alunecare de teren a 98.8% dintre alegători, marcând oficial independența Djiboutiului. Hassan Gouled Aptidon, un politician somalez care a pledat pentru un vot da la referendumul din 1958, a devenit primul președinte al țării (1977–1999).
Djibouti s-a alăturat Organizației Unității Africane (acum Uniunea Africană), Ligii Arabe și Națiunilor Unite în primul său an. Țara în curs de dezvoltare a fost, de asemenea, membru fondator al Autorității Interguvernamentale pentru Dezvoltare, o organizație de dezvoltare regională, în 1986.
Tensiunile legate de reprezentarea guvernamentală între Mitingul Poporului pentru Progres (PRP) din Djibouti și Frontul de opoziție pentru restaurarea unității și democrației (FRUD) au dus la un război violent la începutul anilor 1990. În 2000, impasul a fost întrerupt printr-un acord de împărțire a puterii.