François Bozizé a suspendat constituția și a numit un nou guvern format din majoritatea partidelor de opoziție. Numirea lui Abel Goumba în funcția de vicepreședinte a sporit imaginea noii administrații a lui Bozizé. Bozizé a format un Consiliu Național de Tranziție cu o bază largă pentru a scrie o nouă constituție și și-a declarat intenția de a demisiona și de a candida la funcții odată ce noua constituție a fost adoptată.
Războiul Bush din Republica Centrafricană a început în 2004, când grupurile anti-Bozizé au luat arme împotriva administrației sale. Pe tot parcursul anului 2005, Bozizé a câștigat alegerile prezidențiale care l-au exclus pe Patassé, iar lupta dintre guvern și rebeli a continuat în 2006. Administrația lui Bozizé a căutat asistență militară franceză în noiembrie 2006 pentru a-i ajuta să reziste insurgenților care au preluat controlul orașelor din provinciile din nordul țării. . Deși primele detalii publice ale acordului s-au concentrat pe logistică și informații, sprijinul francez a inclus în cele din urmă atacuri ale aeronavelor Mirage asupra pozițiilor rebele.
Acordul de la Syrte, semnat în februarie, și Acordul de pace de la Birao, semnat în aprilie 2007, au cerut încetarea ostilităților, încadrarea luptătorilor FDPC și integrarea acestora în FACA, eliberarea prizonierilor politici, integrarea FDPC în guvern. , o amnistie pentru UFDR, recunoașterea ca partid politic și integrarea luptătorilor săi în armata națională. Mai multe organizații au continuat lupta, dar altele au semnat pactul sau acorduri similare cu guvernul (de exemplu, UFR la 15 decembrie 2008). CPJP, singura organizație semnificativă care nu a semnat un acord în acel moment, și-a menținut operațiunile și a semnat un acord de pace cu guvernul la 25 august 2012.
Bozizé a fost reales în 2011 în cadrul unor alegeri considerate în mare parte fraudate.
Séléka, o alianță de organizații rebele, a preluat controlul asupra orașelor din regiunile de nord și centrale ale țării în noiembrie 2012. Aceste părți au negociat în cele din urmă un acord de pace cu administrația lui Bozizé în ianuarie 2013, inclusiv un guvern de împărțire a puterii, dar acordul a eșuat, iar rebelii au preluat controlul capitalei în martie 2013, forțându-l pe Bozizé să fugă din țară.
Michel Djotodia a fost ales președinte, iar în mai 2013, premierul Nicolas Tiangaye a solicitat o misiune ONU de menținere a păcii de la Consiliul de Securitate al ONU, iar pe 31 mai, fostul președinte Bozizé a fost acuzat de crime împotriva umanității și instigare la genocid.
În perioada iunie-august 2013, situația de securitate nu s-a îmbunătățit și au existat rapoarte cu privire la peste 200,000 de persoane strămutate în interior (IDP), precum și încălcări ale drepturilor omului și violențe noi între susținătorii Séléka și Bozizé.
Președintele francez François Hollande a cerut Consiliului de Securitate al Națiunilor Unite și Uniunii Africane să-și intensifice eforturile pentru stabilizarea națiunii. S-a spus că guvernul Séléka este fracturat. Djotodia a dizolvat oficial Seleka în septembrie 2013, dar mulți rebeli au refuzat să dezarmeze și s-au îndepărtat mai mult de autoritatea guvernamentală.
Violența s-a deteriorat spre sfârșitul anului, stârnind preocupări internaționale de „genocid”, iar lupta a fost în mare parte rezultatul atacurilor de răzbunare asupra civililor de către soldații în principal musulmani ai Seleka și milițiile creștine cunoscute sub numele de „anti-balaka”.
Michael Djotodia și premierul său, Nicolas Tiengaye, și-au dat demisia pe 11 ianuarie 2014, ca parte a unui acord încheiat la o conferință regională din Ciadul vecin. Consiliul Național de Tranziție a ales-o pe Catherine Samba-Panza ca președinte temporară, iar aceasta a preluat mandatul pe 23 ianuarie. Ea a devenit prima femeie președinte din Africa Centrală. Marie-Nolle Koyara a devenit prima femeie ministru al apărării de la obținerea independenței în ianuarie 2015.
La 18 februarie 2014, secretarul general al Națiunilor Unite, Ban Ki-moon, a cerut Consiliului de Securitate al ONU să trimită rapid 3,000 de soldați în națiune pentru a lupta împotriva ceea ce el a caracterizat drept țintirea intenționată și sacrificarea în masă a oamenilor nevinovați. Secretarul general a prezentat o strategie în șase puncte, care a inclus desfășurarea a 3,000 de trupe de menținere a păcii pentru a suplimenta cei 6,000 de soldați ai Uniunii Africane și 2,000 de forțe franceze aflate în prezent în națiune.
În urma eforturilor de mediere congoleze, oficialii Séléka și anti-balaka au semnat un acord de încetare a focului la Brazzaville pe 23 iulie 2014.
La 14 decembrie 2015, comandantul rebelului Séléka a proclamat independentă Republica Logone.