O terminal rodoviário internacional e o novo núcleo empresarial ficam próximos ao recém-construído Aeroporto Internacional José Joaqun de Olmedo, que foi escolhido como o melhor aeroporto da América do Sul. Voos para Nova York, Miami, Houston, Buenos Aires, Caracas, Madri, Amsterdã, Lima, Bogotá, Cidade do Panamá, San José, San Salvador, etc. estão disponíveis neste aeroporto. Há também novos voos quatro vezes por semana para Cali e duas vezes por semana para Medelln, Colômbia. Nem todo voo tem uma perna sem escalas. O custo de um táxi de um hotel nos subúrbios ao norte até o centro, onde estão a maioria das atrações, não deve ultrapassar US$ 3. Um novo aeroporto internacional está sendo planejado para ser construído a cerca de 20 minutos de Guayaquil, perto de Daular.
O local mais barato para voar se você quiser visitar as Ilhas Galápagos é Guayaquil. Você pode viajar entre o continente equatoriano e as Ilhas Galápagos em três companhias aéreas diferentes. Os voos da LAN-EQUADOR, Aerogal e TAME são diários sem escalas. Sair de Guayaquil é mais barato do que de Quito porque é mais perto e a maioria dos aviões de Quito param no aeroporto de Guayaquil para reabastecer e pegar passageiros. Leve sapatos se estiver visitando as ilhas; táxis não estão disponíveis lá. Examine os limites. Caminhar é necessário em todos os lugares.
Guayaquil recentemente elevou sua taxa de embarque internacional no aeroporto, que agora é precisamente de US$ 29.75. (janeiro de 2010). O aeroporto de Quito é cerca de US$ 15 mais caro.
O maior porto do Equador está localizado em Guayaquil. A partir daqui, você pode ir para as Ilhas Galápagos e outros lugares.
Cruz del Sur opera serviços de ônibus internacionais de e para o Peru.
Dentro da cidade, o sistema de ônibus local é confuso, mas os moradores locais o ajudarão a chegar onde você deseja ir. É também a maneira mais barata de se locomover pela cidade, pois não há sistema de metrô. Para as mulheres, é mais seguro sentar-se na frente perto do motorista, mas não se assuste, o ônibus é uma maneira segura de viajar por Guayaquil.
O terminal de ônibus de Guayaquil é bem organizado, mas fique de olho em seus pertences. Existem conexões frequentes para quase todos os destinos no Equador. Mantenha seus itens perto de você durante os pontos de verificação da meia-noite. A polícia roubará objetos de valor quando os homens saírem do ônibus para serem checados em busca de armas; isso ocorre em ônibus noturnos ao redor do Equador.
Sua buzina é sua melhor amiga se você estiver dirigindo. Tenha cuidado, pois há muitos motoristas agressivos na cidade, mas se você estiver constantemente em alerta, não irá a lugar nenhum. O serviço nos postos de gasolina está completo.
Do lado de fora do aeroporto, você pode alugar um carro por cerca de US$ 35 por dia. Uma das empresas mais acessíveis e respeitáveis é a Carmax.