På høyden av det bruneiske riket kontrollerte sultan Bolkiah (som regjerte fra 1485 til 1528) majoriteten av Borneo, inkludert de moderne statene Sarawak og Sabah, Sulu-øygruppen nordøst for Borneo, Seludong (moderne Manila) og øyene i Borneos nordvestlige hjørne. Den spanske Magellan-ekspedisjonen besøkte kystriket i 1521, og den kjempet mot Spania i Castilla-krigen i 1578.
Det bruneiske riket begynte å forverres på det nittende århundre. Sultanatet ga James Brooke Sarawak (Kuching) og etablerte ham som en hvit Raja, mens Sabah ble gitt til Northern British Chatting Company of Borneo. Brunei ble et britisk protektorat i 1888, og i 1906 ble en britisk innbygger utnevnt til kolonialdirektør. I 1959, etter den japanske okkupasjonen under andre verdenskrig, ble det utarbeidet en ny grunnlov. I 1962, med bistand fra britene, ble en liten opprørshær mot monarkiet lagt ned.
1. januar 1984 oppnådde Brunei uavhengighet fra Storbritannia. Brunei ble en industrialisert nasjon gjennom 1990- og 2000-tallet, med en BNP-vekst på 56 prosent mellom 1999 og 2008. Han har samlet enorme olje- og naturgassreserver. Brunei rangerer på andreplass på Sørøst-Asias menneskelige utviklingsindeks, etter Singapore, og er klassifisert som et «utviklet land». Brunei er på sjetteplass i verden når det gjelder bruttonasjonalprodukt per innbygger i kjøpekraftsparitet, ifølge Det internasjonale pengefondet (IMF). Brunei var en av to nasjoner (den andre var Libya) i 2011 med en offentlig gjeld lik 0% av BNP. Brunei er også det sjette rikeste landet i 182 av Forbes, på grunn av sine olje- og gassreserver.