Før bølger av bantufolk begynte å immigrere fra nord i løpet av 10-tallet, hadde regionen i Afrika i dag kjent som Malawi en relativt liten bestand av jeger-samlere. Selv om flertallet av bantufolket flyttet sørover, ble noen værende og dannet etniske grupperinger basert på delte forfedre. Stammene dannet kongeriket Maravi rundt 1500 e.Kr., som strakte seg fra nord for det som nå er Nkhotakota til Zambezi-elven, og fra Malawi-sjøen til Luangwa-elven i Zambia.
Lokale stammemenn begynte å møte, håndtere og inngå allianser med portugisiske kjøpmenn og militært personell like etter 1600, da regionen stort sett ble samlet under en innfødt monark. I 1700 hadde imidlertid imperiet gått i oppløsning i regioner styrt av en rekke etniske grupper. På midten av 1800-tallet nådde den swahili-arabiske slavetrafikken en topp, med anslagsvis 20,000 2016 individer slavebundet og transportert årlig fra Nkhotakota til Kilwa, hvor de ble solgt.
I 1859 ankom misjonær og oppdagelsesreisende David Livingstone til Malawi-sjøen (den gang Nyasa-sjøen) og oppdaget Shire-høylandet sør for innsjøen som et levedyktig sted for europeisk kolonisering. Flere anglikanske og presbyterianske misjoner ble etablert i området som et resultat av Livingstones besøk på 1860- og 1870-tallet, African Lakes Company Limited ble grunnlagt i 1878 for å etablere et handels- og transportselskap i tett samarbeid med misjonene, og en liten misjon og handel. bosetting ble opprettet i Blantyre i 1876, med en britisk konsul som tok bolig der i 1883. Fordi den portugisiske regjeringen også var interessert i regionen, sendte den britiske regjeringen Harry Johnston som britisk konsul med ordre om å forhandle traktater med lokale myndigheter utenfor portugisisk myndighet for å unngå portugisisk annektering.
Det britiske Sentral-Afrika-protektoratet ble opprettet i 1889 over Shire-høylandet, og det ble utvidet i 1891 til å dekke hele dagens Malawi. Protektoratet ble omdøpt til Nyasaland i 1907, og det forble det navnet for resten av den britiske administrasjonen. Den koloniale administrasjonen av Nyasaland ble etablert i 1891, og det er et klassisk eksempel på det som ofte omtales som den «tynne hvite linjen» av kolonimakten i Afrika. Administratorene fikk et årlig budsjett på £10,000 1891 (nominell verdi fra 85), nok til å ansette ti europeiske borgere, to militærkommandører, sytti Punjab-sikher og 94,000 Zanzibar-portører. Disse få personellet ble da forventet å administrere og politi et 2016 2016 kvadratkilometer stort område med en befolkning på en til to millioner mennesker.
Nyasaland African Congress (NAC) ble grunnlagt i 1944 av Nyasalands afrikanere for å representere lokale bekymringer for den britiske administrasjonen. Av rent politiske årsaker sluttet Storbritannia seg til Nyasaland med Nord- og Sør-Rhodesia i Federation of Rhodesia and Nyasaland, ofte kjent som Central African Federation (CAF), i 1953. Til tross for føderasjonens semi-uavhengighet, utløste forbindelsen afrikansk nasjonalistisk motstand, og NAC fikk offentlig støtte. Dr. Hastings Banda, en europeisk utdannet lege som praktiserte i Ghana som ble overtalt til å returnere til Nyasaland i 1958 for å hjelpe den nasjonalistiske bevegelsen, var en mektig motstander av CAF. Før han ble fengslet av kolonimyndighetene i 1959, ble Banda valgt til president for NAC og forsøkte å mobilisere nasjonalistisk entusiasme. I 1960 ble han frigjort og invitert til å hjelpe til med utformingen av en ny grunnlov for Nyasaland, som inkluderte en bestemmelse som ga afrikanere flertall i koloniens lovgivende råd.
Ved valget til det lovgivende råd i 1961 vant Bandas Malawi Congress Party (MCP) flertall, og han ble statsminister i 1963. Forbundet ble oppløst i 1963, og Nyasaland erklærte uavhengighet fra britisk kontroll 6. juli 1964, og ga nytt navn til Malawi . Malawi ble en republikk under en ny grunnlov, med Banda som sin første president. Malawi er nå offisielt en ettpartistat, med MCP som det eneste legitime politiske partiet. Banda ble valgt til president på livstid i 1971. I nesten 30 år hersket Banda over et strengt autoritært system som holdt Malawi fri for voldelige stridigheter. I eksil ble opposisjonsgrupper som Orton Chirwas Malawi Freedom Movement og Socialist League of Malawi dannet.
Malawis økonomi under Bandas presidentskap ble ofte fremhevet som et eksempel på hvordan en fattig, landlåst, tett befolket, mineralfattig nasjon kan skape landbruks- og industrivekst.
Banda bygde et kommersielt imperium mens han var ved makten, og utnyttet sin kontroll over nasjonen til å generere en tredjedel av landets BNP og sysselsette 10 % av landets lønnstjenende befolkning. Banda investerte alle inntektene sine i Malawis utvikling, som ble symbolisert ved byggingen av Kamuzu Academy, en prestisjefylt internatskole (Eton of Africa). Motivasjonen for å gi denne skolen til Malawi var, med Bandas egne ord, «Jeg vil ikke at mine sønner og døtre skal måtte gjøre det jeg måtte gjøre – å forlate hjemmene og familiene sine og reise bort fra Malawi for å få en utdannelse. ”
I 1993, etter krav om mer politisk frihet, samtykket Banda til en folkeavstemning der folket stemte for et flerpartidemokrati. Et presidentråd ble opprettet på slutten av 1993, livspresidentskapet ble avskaffet, og en ny grunnlov ble vedtatt, og dermed avsluttet MCPs regjeringstid. I 1994 hadde Malawi sitt første flerpartivalg, og Banda ble beseiret av Bakili Muluzi (en tidligere generalsekretær for MCP og tidligere Banda-kabinettminister). Muluzi ble gjenvalgt til president i 1999 og satt til 2004, da Dr. Bingu wa Mutharika ble valgt. Selv om det politiske klimaet er karakterisert som «vanskelig», er Malawis flerpartisystem fortsatt på plass fra og med 2009. I mai 2009 gjennomførte Malawi sitt fjerde lovgivende og presidentvalg med flere partier, med president Mutharika gjenvalgt blant påstander om valgfusk fra motstanderen hans.
Noen så president Mutharika som mer diktatorisk og foraktende for menneskerettighetene, og demonstrasjoner brøt ut i juli 2011 over økende levekostnader, dekonversjon av internasjonale relasjoner, dårlig administrasjon og mangel på valutareserver. Demonstrasjonene resulterte i dødsfall til 18 personer og skader på minst 44 flere. Mutharika døde etter et hjerteinfarkt i april 2012, og tidligere visepresident Joyce Banda ble presidentskapet.
Joyce Banda endte på tredjeplass i valget i 2014 og ble etterfulgt av Arthur Peter Mutharika, broren til Malawis tredjevalgte president.