Het internationale busstation en de nieuwe kern van het zakendistrict liggen beide dicht bij de nieuw gebouwde internationale luchthaven José Joaqun de Olmedo, die werd verkozen tot de beste luchthaven van Zuid-Amerika. Vluchten naar New York, Miami, Houston, Buenos Aires, Caracas, Madrid, Amsterdam, Lima, Bogota, Panama City, San José, San Salvador, enz. zijn beschikbaar vanaf deze luchthaven. Er zijn ook nieuwe vluchten vier keer per week naar Cali en twee keer per week naar Medelln, Colombia. Niet elke vlucht heeft een non-stop been. De kosten van een taxi van een hotel in de noordelijke buitenwijken naar het centrum, waar de meeste attracties zijn, mogen niet hoger zijn dan $ 3. Er wordt nu een nieuwe internationale luchthaven gebouwd op ongeveer 20 minuten van Guayaquil, dicht bij Daular.
De goedkoopste plek om vanaf te vliegen als je de Galapagos-eilanden wilt bezoeken, is Guayaquil. U kunt met drie verschillende luchtvaartmaatschappijen tussen het Ecuadoraanse vasteland en de Galapagos-eilanden reizen. Vluchten van LAN-ECUADOR, Aerogal en TAME zijn elke dag non-stop. Het is goedkoper om vanuit Guayaquil te vertrekken dan vanuit Quito omdat het dichterbij is en de meeste Quito-vliegtuigen stoppen op de luchthaven van Guayaquil om bij te tanken en passagiers op te halen. Neem schoenen mee als je de eilanden bezoekt; taxi's zijn daar niet beschikbaar. Onderzoek de grenzen. Lopen is overal verplicht.
Guayaquil heeft onlangs zijn internationale luchthavengelden verhoogd, die nu precies $ 29.75 bedragen. (januari 2010). De luchthaven van Quito is ongeveer $ 15 duurder.
De grootste haven van Ecuador ligt in Guayaquil. Vanaf hier kunt u naar de Galápagos-eilanden en andere plaatsen gaan.
Cruz del Sur exploiteert internationale busdiensten van en naar Peru.
Binnen de stad is het lokale bussysteem verwarrend, maar de lokale bevolking zal je helpen om te komen waar je heen wilt. Het is ook de goedkoopste manier om door de stad te reizen, aangezien er geen metrosysteem is. Voor vrouwen is het het veiligst als je voorin naast de chauffeur zit, maar wees niet bang, de bus is een veilige manier om door Guayaquil te reizen.
Het busstation van Guayaquil is goed georganiseerd, maar let toch goed op je spullen. Er zijn frequente verbindingen naar bijna elke bestemming in Ecuador. Houd je spullen dicht bij je tijdens de controlepunten om middernacht. De politie zal kostbaarheden stelen wanneer de mannen de bus verlaten om te worden gecontroleerd op wapens; dit gebeurt op nachtbussen rond Ecuador.
Je claxon is je beste maatje als je aan het rijden bent. Wees voorzichtig, want er zijn veel agressieve chauffeurs in de stad, maar als je constant op je hoede bent, kom je nergens. Service bij tankstations is compleet.
Net buiten de luchthaven kunt u een auto huren voor ongeveer $ 35 per dag. Een van de meest betaalbare maar gerenommeerde bedrijven is Carmax.