Nel 1472, il navigatore portoghese Fernando Pó è considerato il primo europeo a trovare l'isola di Bioko mentre cercava una rotta per l'India. Da lui fu battezzato Formosa ("Bello"), ma presto gli fu dato il nome del suo scopritore europeo. Nel 1474, il Portogallo conquistò le isole di Fernando Pó e Annobón.
Il Trattato di El Pardo, firmato nel 1778 dalla regina Maria I del Portogallo e dal re Carlo III di Spagna, conferì alla Spagna Bioko, le isole circostanti e i diritti commerciali nella baia del Biafra tra i fiumi Niger e Ogoue. Di conseguenza, la Spagna ha tentato di acquisire l'accesso a una fornitura di schiavi di proprietà di mercanti britannici. Tra il 1778 e il 1810, il Vicereame del Ro de la Plata, con sede a Buenos Aires, fu a capo della Guinea Equatoriale.
Il Regno Unito mantenne una base a Bioko dal 1827 al 1843 per combattere la tratta degli schiavi, che fu trasferita in Sierra Leone dopo un accordo con la Spagna nel 1843. Dopo il ripristino dell'autorità spagnola nel 1844, la regione fu soprannominata "Territorios Espaoles del Golfo della Guinea”. La Spagna non era riuscita ad occupare il vasto territorio nella Baia del Biafra su cui aveva i diritti del Trattato, mentre i francesi erano stati impegnati ad estendere la loro occupazione a spese della rivendicazione della Spagna. Dopo il Trattato di Parigi nel 1900, la Spagna rimase con l'enclave continentale del Rio Muni, una misera 26,000 km2 dei 300,000 km2 che si estendevano a est fino al fiume Ubangi che gli spagnoli avevano originariamente rivendicato. Le piantagioni di Fernando Po erano principalmente nelle mani di un'aristocrazia creola nera, successivamente nota come Fernandinos, intorno alla fine del secolo. Durante il controllo britannico dell'isola all'inizio del diciannovesimo secolo, stabilirono 2,000 sierraleonesi e liberarono schiavi, e un flusso minore di immigrazione dall'Africa occidentale e dalle Indie occidentali persistette dopo che gli inglesi se ne andarono. A questo nucleo di coloni furono aggiunti cubani, filippini e spagnoli di diversi colori deportati per reati politici o di altro tipo, così come alcuni coloni aiutati.
Sotto forma di schiavi fuggitivi e potenziali piantatori, c'era anche un rivolo di immigrazione dalle vicine isole portoghesi. Sebbene alcuni Fernandino fossero cattolici e parlassero spagnolo, alla vigilia della prima guerra mondiale, circa nove decimi della popolazione erano protestanti e parlavano inglese e l'inglese pidgin era la lingua franca dell'isola. Mentre il reclutamento di manodopera sulla costa di Windward continuava, i sierraleonesi erano particolarmente ben posizionati come piantatori poiché avevano legami familiari e altri lì e potevano organizzare prontamente l'offerta di manodopera.
Una nuova generazione di immigrati spagnoli iniziò a mettere i Fernandino sulla difensiva all'inizio del XX secolo. Nel 1904-1905, le nuove leggi sulla terra favorirono gli spagnoli e la maggior parte dei piantatori più grandi successivamente giunse nelle isole come risultato di questi cambiamenti. Il contratto di lavoro liberiano del 1914 favoriva i ricchi con un facile accesso al governo e il trasferimento dell'offerta di manodopera dalla Liberia a Rio Muni ha esacerbato questo vantaggio. Nel 1940 si credeva che solo il 20% della produzione di cacao della colonia provenisse dalla terra africana, con Fernandinos che controllava quasi tutto.
Il più grande ostacolo alla crescita economica è stato una persistente carenza di manodopera. Gli indigeni Bubi di Bioko, spinti all'interno dell'isola e devastati dall'alcolismo, dalle malattie veneree, dal vaiolo e dalla malattia del sonno, si rifiutarono di lavorare nelle piantagioni. Lavorare nelle loro piccole piantagioni di cacao offriva loro una grande indipendenza. Inoltre, a partire dalla fine del 1800, i Bubi furono protetti dalle richieste dei piantatori dai missionari clarettiani spagnoli, che erano potenti nella colonia e alla fine organizzarono i Bubi in teocrazie di mini-missioni come le famose Riduzioni dei Gesuiti paraguaiani. Due insurrezioni minori nel 1898 e nel 1910, entrambe contrarie alla coscrizione dei lavori forzati per le piantagioni, portarono al disarmo dei Bubi nel 1917 e lasciarono completamente dipendenti dai missionari.
Tra il 1926 e il 1959, Bioko e Rio Muni furono incluse nella colonia spagnola della Guinea. La forza lavoro era costituita principalmente da lavoratori a contratto di immigrati provenienti da Liberia, Nigeria e Camerun, e l'economia era incentrata su enormi piantagioni di cacao e caffè e concessioni di legname. Tra il 1914 e il 1930, circa 10,000 liberiani furono inviati a Fernando Po come parte di un trattato sul lavoro conclusosi nel 1930. Dopo la cessazione delle importazioni liberiane, i coltivatori di cacao di Fernando Po si trasferirono a Rio Muni. Non è stato un caso che gli sforzi per soggiogare il popolo Fang siano stati avviati negli anni '1920, proprio mentre la Liberia stava iniziando a ridurre il suo reclutamento. Nel 1926, la guardia coloniale aveva stabilito guarnigioni in tutta l'enclave e la colonia era stata dichiarata "pacificata" nel 1929.
Rio Muni aveva una popolazione minuscola, stimata in circa 100,000 abitanti negli anni '1930, e attraversare il confine con il Camerun o il Gabon era semplice. Inoltre, le attività forestali richiedevano una quantità crescente di manodopera e l'espansione della produzione di caffè ha fornito un nuovo modo di pagare le tasse. Di conseguenza, la carenza di manodopera di Fernando Po è persistita. I francesi consentirono il reclutamento in Camerun solo per un breve periodo e Igbo contrabbandato in canoe da Calabar, in Nigeria, divenne la principale fonte di lavoro. Dopo la seconda guerra mondiale, ha permesso a Fernando Po di diventare una delle regioni agricole più prolifiche dell'Africa.
Politicamente, la storia coloniale del dopoguerra può essere suddivisa in tre fasi distinte: fino al 1959, quando il suo status è stato elevato da "coloniale" a "provinciale", prendendo una pagina dall'approccio dell'Impero portoghese; tra il 1960 e il 1968, quando Madrid tentò una parziale decolonizzazione, sperando di preservare il territorio come parte integrante del sistema spagnolo; e dopo il 1968, quando Madrid tentò una piena decolonizzazione, sperando di preservare il territorio come parte integrante. La prima di queste fasi fu poco più che una continuazione di politiche precedenti, molto simili a quelle di Portogallo e Francia, in particolare in dividendo la popolazione in una stragrande maggioranza governata come "nativi" o non cittadini, e una piccola minoranza (insieme ai bianchi) ammessa allo status civico come emancipados, con l'assimilazione alla cultura metropolitana come l'unico permesso.
Gli inizi del nazionalismo emersero durante questo periodo "provinciale", ma solo tra minuscole comunità che avevano cercato riparo dalla mano paterna del Caudillo in Camerun e Gabon. Vengono fondati il Movimiento Nacional de Liberación de Guinea (MONALIGE) e l'Idea Popular de Guinea Ecuatorial (IPGE). Le loro pressioni furono leggere, ma non in tutta l'Africa occidentale nel suo insieme. La regione ottenne una certa autonomia e avanzamento amministrativo da un'organizzazione “moderata”, il Movimiento de Unión Nacional de la Guinea Ecuatorial, dopo una risoluzione del 9 agosto 1963, ratificata con referendum il 15 dicembre 1963. (MUNGE). Questa si è rivelata un'arma debole e Madrid ha ceduto alle correnti del nazionalismo di fronte alla crescente richiesta di riforme delle Nazioni Unite.
