Orang San adalah penduduk asli dari apa yang sekarang disebut Lesotho. Contoh seni cadas mereka dapat dilihat di pegunungan di daerah itu.
Pada tahun 1822, Raja Moshoeshoe I mendirikan Lesotho saat ini, yang saat itu dikenal sebagai Basutoland, sebagai satu negara bagian. Moshoeshoe, putra Mokhachane, seorang kepala suku kecil garis keturunan Bakoteli, mendirikan klannya sendiri dan menjadi terkenal sekitar tahun 1804. Antara tahun 1821 dan 1823, dia dan para pengikutnya tinggal di Gunung Butha-Butthe, bergabung dengan musuh lama dalam perang melawan Lifaqane, yang dihubungkan dengan pemerintahan Shaka Zulu dari tahun 1818 hingga 1828.
Menyusul pengambilalihan Cape Colony oleh Inggris dari sekutu Prancis Belanda pada tahun 1795, perkembangan negara selanjutnya didasarkan pada perselisihan antara penjajah Inggris dan Belanda yang melarikan diri dari Cape Colony dan kemudian dihubungkan dengan Kedaulatan Sungai Orange dan selanjutnya Negara Bebas Orange. Antara tahun 1837 dan 1855, Moshoeshoe I menyambut misionaris dari Paris Evangelical Missionary Society, Thomas Arbousset, Eugène Casalis, dan Constant Gosselin, ke Morija, di mana mereka mendirikan ortografi dan karya cetak dalam bahasa Sesotho. Casalis, yang melayani sebagai penerjemah dan memberikan penasihat kebijakan luar negeri, membantu dalam pembentukan saluran diplomatik dan perolehan senjata untuk digunakan melawan orang Eropa dan Griqua yang menyerang.
Mulai Mei–Juni 1838, trekboer dari Cape Colony tiba di batas barat Basutoland dan menuntut hak atas tanah, dimulai dengan Jan de Winnaar, yang didirikan di wilayah Matlakeng. Saat Boer tambahan pindah ke wilayah tersebut, mereka berusaha menjajah tanah di antara dua sungai, bahkan di utara Caledon, dengan mengatakan bahwa orang Sotho telah meninggalkannya. Setelah itu, Moshoeshoe menandatangani kontrak dengan Gubernur Koloni Tanjung Inggris, Sir George Thomas Napier, yang menganeksasi Kedaulatan Sungai Orange, tempat tinggal banyak Boer. Pada tahun 1848, Boer yang marah ini dikalahkan dalam konflik singkat. Pasukan Inggris dipukuli oleh tentara Basotho di Kolonyama pada tahun 1851, memicu konflik yang memalukan bagi Inggris. Setelah memukul mundur serangan Inggris lainnya pada tahun 1852, Moshoeshoe mengajukan permohonan kepada komandan Inggris, yang menghasilkan penyelesaian diplomatik, sebelum mengalahkan Batlokoa pada tahun 1853.
Inggris mundur dari daerah tersebut pada tahun 1854, dan pada tahun 1858, Moshoeshoe mengobarkan serangkaian pertempuran melawan Boer dalam Perang Negara Bebas–Basotho, kehilangan sebagian besar dataran rendah barat. Konflik sebelumnya berakhir pada tahun 1867 ketika Moshoeshoe mengajukan petisi kepada Ratu Victoria, yang setuju untuk mendirikan Basutoland sebagai protektorat Inggris pada tahun 1868. Pada tahun 1869, Inggris merundingkan kontrak dengan Boer di Aliwal Utara yang menetapkan perbatasan Basutoland, dan kemudian Lesotho, yang pada dasarnya mengurangi Kerajaan Moshoeshoe menjadi setengah dari ukuran sebelumnya dengan menyerahkan provinsi barat.
Setelah penyerahan pada tahun 1869, Inggris pertama kali memindahkan bea dari ibu kota Moshoeshoe di Thaba Bosiu ke kamp polisi di perbatasan barat laut, Maseru, sampai Basutoland dikelola oleh Cape Colony pada tahun 1871. Moshoeshoe meninggal pada tanggal 11 Maret 1870, membawa tradisi periode untuk menutup dan mengantarkan era kolonial. Dia dimakamkan di Thaba Bosiu. Antara tahun 1871 hingga 1884, selama tahun-tahun awal pemerintahan Inggris, Basutoland ditangani serupa dengan daerah lain yang telah diperoleh secara paksa, yang membuat Basotho tidak senang. Ini mengakibatkan Perang Gun 1881. Status Basutoland sebagai protektorat dipulihkan pada tahun 1884, dengan Maseru didirikan kembali sebagai ibu kotanya, meskipun tetap berada di bawah kendali langsung seorang gubernur, meskipun otoritas internal yang efektif dipegang oleh kepala adat.
Basutoland mencapai kemerdekaan dari Inggris pada tahun 1966 dan menjadi Kerajaan Lesotho.
Partai Nasional Basotho (BNP) yang berkuasa kalah dalam pemilihan umum pasca-kemerdekaan pertama pada Januari 1970, dengan 23 kursi melawan Partai Kongres Basutoland dengan 36 kursi. Perdana Menteri Leabua Jonathan menolak menyerahkan kekuasaan kepada Partai Kongres Basotho (BCP), menyatakan dirinya sendiri Tona Kholo (Sesotho untuk “perdana menteri”) dan memenjarakan kepemimpinan BCP.
BCP melancarkan pemberontakan dan kemudian menerima pelatihan di Libya untuk Tentara Pembebasan Lesotho (LLA) sambil menyamar sebagai pasukan Tentara Pembebasan Rakyat Azanian (APLA) dari Kongres Pan Afrika (PAC). LLA yang berkekuatan 178 orang diselamatkan dari pangkalan Tanzania mereka dengan bantuan keuangan dari seorang pejabat PAC Maois pada tahun 1978 setelah senjata dan perbekalan dicabut oleh faksi Sibeko dari PAC, tetapi mereka memulai kampanye gerilya hanya dengan segelintir senjata api usang. . Setelah pasukan utama dihancurkan di Lesotho utara, para pemberontak melakukan serangan yang terputus-putus tetapi umumnya tidak efektif. Saat kepala BCP, Ntsu Mokhehle, pindah ke Pretoria, kampanye tersebut sangat dirugikan. Pada awal 1980-an, pemerintahan Leabua Jonathan mengintimidasi dan menyerang banyak Basotho yang bersimpati dengan BCP yang diasingkan. Keluarga Benjamin Masilo diserang pada September 1981. Edgar Mahlomola Motuba diculik dan dibunuh beberapa hari kemudian.
Dari tahun 1966 hingga Januari 1970, BNP memerintah negara. Yang terjadi selanjutnya adalah pemerintahan de facto yang dipimpin oleh Dr. Leabua Jonathan hingga tahun 1986, ketika digulingkan oleh kudeta militer. KingMoshoeshoe II, yang sebelumnya menjadi raja seremonial, diberikan kekuasaan eksekutif oleh Dewan Militer Transisi yang berkuasa. Namun, Raja diusir ke pengasingan pada tahun 1987 setelah menyerahkan memorandum enam halaman yang menguraikan visinya untuk konstitusi Lesotho, yang akan memberinya kekuasaan eksekutif yang lebih besar jika pemerintah militer setuju. Putranya dinobatkan sebagai Raja Letsie III.
Mayor Jenderal Justin Metsing Lekhanya, kepala junta militer, digulingkan pada tahun 1991 dan digantikan oleh Mayor Jenderal Elias Phisoana Ramaema, yang menyerahkan kendali ke pemerintahan BCP yang dipilih secara demokratis pada tahun 1993. Moshoeshoe II kembali dari pengasingan sebagai warga negara biasa pada tahun 1992 Setelah pemulihan pemerintahan demokratis, Raja Letsie III gagal meyakinkan pemerintahan BCP untuk mengembalikan ayahnya (Moshoeshoe II) sebagai kepala negara.
Setelah pemerintahan BCP gagal memulihkan ayahnya, Moshoeshoe II, menurut konstitusi Lesotho, Letsie III melancarkan kudeta yang didukung militer yang menggulingkan pemerintahan BCP pada Agustus 1994. Pemerintahan baru tidak sepenuhnya diakui oleh komunitas internasional. Negara-negara anggota Komunitas Pembangunan Afrika Selatan (SADC) sedang merundingkan pemulihan pemerintahan BCP. Salah satu persyaratan yang diajukan Letsie III adalah agar ayahnya diangkat kembali sebagai kepala negara. Setelah negosiasi yang berlarut-larut, pemerintah BCP dipulihkan, dan Letsie III turun tahta demi ayahnya pada tahun 1995, tetapi naik tahta lagi ketika Moshoeshoe II meninggal pada usia lima puluh tujuh tahun dalam dugaan kecelakaan lalu lintas ketika mobilnya jatuh dari gunung. jalan pada dini hari tanggal 15 Januari 1996. Menurut pihak berwenang, Moshoeshoe berangkat pada jam 1 pagi untuk melihat ternaknya di Matsieng dan kembali ke Maseru melalui Pegunungan Maluti ketika kendaraannya keluar dari jalan raya.
BCP yang memerintah terpecah pada tahun 1997 karena ketidaksepakatan kepemimpinan. Perdana Menteri Ntsu Mokhehle mendirikan partai baru, Kongres Demokrasi Lesotho (LCD), dan didukung oleh mayoritas anggota parlemen, yang memungkinkan dia untuk membentuk pemerintahan baru. Pakalitha Mosisili mengambil alih sebagai pemimpin partai ketika Mokhehle meninggal, dan LCD memenangkan pemilihan umum pada tahun 1998. Terlepas dari kenyataan bahwa pemilihan dianggap bebas dan adil oleh pengamat lokal dan internasional, serta komisi khusus yang dibentuk oleh SADC, pihak oposisi partai politik membantah hasil tersebut.
Protes oleh oposisi di negara itu meningkat intensitasnya, berpuncak pada unjuk rasa damai di luar istana kerajaan pada Agustus 1998. Hal-hal spesifik tentang apa yang terjadi selanjutnya diperdebatkan dengan hangat di Lesotho dan Afrika Selatan. Sementara tentara dari Angkatan Pertahanan Botswana disambut, ketegangan dengan personel Angkatan Pertahanan Nasional Afrika Selatan tinggi, yang berpuncak pada kekerasan. Kerusuhan sporadis menjadi lebih umum ketika tentara Afrika Selatan mengibarkan bendera Afrika Selatan di atas Istana Kerajaan. Pada saat pasukan SADC pergi pada Mei 1999, sebagian besar kota Maseru telah hancur, sementara ibu kota provinsi selatan Mafeteng dan Mohale's Hoek telah kehilangan lebih dari sepertiga real estat komersial mereka. Beberapa warga Afrika Selatan dan Basotho juga tewas dalam konflik tersebut.
Pada bulan Desember 1998, Otoritas Politik Sementara (IPA) didirikan dengan tugas mengevaluasi sistem pemilihan negara. Untuk menjamin perwakilan oposisi di Majelis Nasional, IPA mengembangkan sistem pemilihan proporsional. Metode baru mempertahankan 80 anggota Majelis terpilih saat ini tetapi menambahkan 40 kursi yang diisi secara proporsional. Pada bulan Mei 2002, pemilihan dilakukan di bawah sistem baru ini, dan LCD menang lagi, dengan 54 persen suara. Namun, untuk pertama kalinya, partai politik oposisi memenangkan sejumlah besar kursi, dan Lesotho menyelenggarakan pemilu damai pertamanya, terlepas dari anomali kecil dan ancaman kekerasan dari Mayor Jenderal Lekhanya. Semua 40 kursi proporsional sekarang dipegang oleh sembilan partai oposisi, dengan BNP memiliki bagian terbesar (21). LCD menguasai 79 dari 80 kursi daerah pemilihan. Terlepas dari kenyataan bahwa anggota parlemen terpilihnya bertugas di Majelis Nasional, BNP telah mengajukan banyak gugatan hukum terhadap pemilu, termasuk penghitungan ulang, tetapi tidak ada yang berhasil.
Pada 30 Agustus 2014, percobaan kudeta militer terjadi, menyebabkan Perdana Menteri petahana melarikan diri ke Afrika Selatan untuk waktu yang singkat.
