A máltai alkotmány a katolicizmust hivatalos vallássá nyilvánítja, a vallásszabadság bevett védelme ellenére.
A római katolicizmus a legelterjedtebb vallás Máltán. A máltai alkotmány a katolicizmust hivatalos vallásként határozza meg, amely a máltai kultúra számos vonatkozásában is képviselteti magát.
Máltán, Gozón és Cominóban körülbelül 360 templom van, vagyis minden 1,000 lakosra egy. A plébániatemplom (máltai: „il-parroa” vagy „il-knisja parrokkjali”) minden máltai város és falu építészeti és földrajzi központja, valamint a polgári büszkeség forrása. Ezt az önkormányzati büszkeséget a helyi falusi ünnepeken mutatják be, amelyek minden plébánia védőszentjét felvonuló zenekarokkal, vallási körmenetekkel, különleges szentmisékkel, pirotechnikai eszközökkel (különösen petardokkal) és egyéb ünnepségekkel ünneplik.
Málta apostoli szék; az Apostolok Cselekedetei arról beszélnek, hogy Szent Pál hajótörést szenvedett a „Melite” szigetén, amelyet sok bibliakutató Máltaként azonosít, miközben Jeruzsálemből Rómába utazott, hogy bíróság elé álljon. Ez az esemény Kr. u. 60 körül történt. három hónapot töltött a szigeten, miközben Rómába utazott, ahogyan az Apostolok Cselekedetei elbeszélik, betegeket gyógyítva, köztük Publiusnak, a „sziget főemberének” apját. Ez a történet számos különböző hagyományhoz kapcsolódik. A hajótörés feltehetően a ma Szent Pál-öbölnek nevezett helyen történt. Állítólag Szent Publiust, egy máltai szentet tették Málta első püspökévé, és egy rabati barlangot, amelyet ma „Szent Pál-barlangként” ismernek (és amelynek közelében a Krisztus utáni 3. századból származó keresztény temetkezések és rituálék bizonyítékai vannak felfedezték), a sziget egyik legkorábbi ismert keresztény istentiszteleti helye.
Málta különböző helyein található katakombák, nevezetesen a Rabat melletti Szent Pál katakombák és Szent Agáta katakombák, közvetlenül Mdina falain túl, további bizonyítékot szolgáltatnak a keresztény tevékenységekről és hiedelmekről a római üldöztetés idején. Utóbbiakat különösen jól freskózott 1200 és 1480 között, de az 1550-es években a betörő törökök többet megrongáltak. Számos barlangtemplom is található, például a mellieai barlang, amely a Szűzanya születésének kegyhelye, és a hagyomány szerint Szent Lukács ott festette Madonna portréját. A középkor óta zarándokhely volt.
A kalcedoni zsinat törvényei szerint egy bizonyos Acacius volt Málta püspöke i.sz. 451-ben (Melitenus Episcopus). Az is ismert, hogy egy bizonyos Constantinus, Episcopus Melitenensis részt vett az ötödik ökumenikus zsinat i.sz. 501-ben. I. Gergely pápa i.sz. 588-ban elbocsátotta Tucillust, a Miletinae civitatis episcopust, a papság és Málta népe pedig Traianust választotta utódjául i.sz. 599-ben. A szigetek meghódítása előtt Málta utolsó dokumentált püspöke egy Manas nevű görög volt, akit később Palermóban zártak be.
Giovanni Francesco Abela máltai történész szerint a máltaiak a fátimida invázió ellenére is megőrizték keresztény hitüket, miután Szent Pál által a keresztény hitre tértek. Abela munkáiban Máltát úgy írják le, mint „a keresztény, európai kultúra bástyáját a mediterrán iszlám terjeszkedésével szemben”. A 12. és 13. században az Olaszországból Máltára érkező bevándorlás megerősítette a helyi keresztény lakosságot, amely befogadta a szicíliai I. Rogert.
A máltai egyház évszázadokon át a Palermói Egyházmegye alá tartozott, kivéve amikor Anjou Károly uralma alá tartozott, aki püspököket választott Máltára, csakúgy, mint a spanyolok, majd ritka esetekben a lovagok. 1808 óta minden máltai püspök szolgál. Málta a normann és a spanyol korszak, valamint a lovagok tekintélyének következményeként vált a mai elhivatott katolikus országgá. Érdemes megemlíteni, hogy a Máltai Inkvizítor Hivatala 1530-as alapítása után is hosszan tartózkodott a szigeten: az utolsó inkvizítor 1798-ban hagyta el a szigeteket, amikor a lovagok megadták magukat Bonaparte Napóleon csapatainak. Több máltai család költözött Korfura a Velencei Köztársaság alá. Utódaik a szigeten jelenleg élő 4,000 katolikus körülbelül kétharmadát teszik ki.
Málta védőszentjei Szent Pál, Szent Publius és Szent Agata. Noha nem védőszent, Szent György Preca (San vagy Preca) a második máltai szent, akit Szent Publius Málta, Málta első elismert szentje után (1634-ben avattak szentté) nagyra értékelik. 3. június 2007-án XVI. Benedek pápa szentté avatta. Ezen kívül számos máltai embert is boldoggá nyilvánítottak, nevezetesen Maria Adeodata Pisanit és Nazju Falzont, akiket II. János Pál pápa avatott boldoggá 2001-ben.
Máltán számos római katolikus szerzetesrend él, köztük a jezsuiták, ferencesek, domonkosok és a szegények kistestvérei.
A helyi protestáns egyházak gyülekezeteinek többsége nem máltai; gyülekezetük a szigeten élő számos brit nyugdíjasból, valamint sok más országból érkezett turistákból áll. A környéken mintegy 600 Jehova Tanúja él. Az Utolsó Napok Szentjeinek Jézus Krisztus Egyháza (LDS Egyház), a Biblia Baptista Egyház és az Evangélikus Egyházak Közössége mindegyike körülbelül 60 társult szervezettel rendelkezik. Egyéb felekezeti templomok közé tartozik a vallettai St. Andrew's Scots Church (vegyes presbiteriánus és metodista gyülekezet) és a Szent Pál anglikán katedrális, valamint egy hetednapi adventista templom Birkirkarában. 1983-ban megalakult az Új Apostoli Egyház gyülekezete Gwardamangiában.
Málta zsidó lakossága a középkorban tetőzött normann irányítás alatt. Máltát és Szicíliát 1479-ben annektálták az aragóniaiak, az 1492-es Alhambra-rendelet pedig arra kényszerítette a zsidókat, hogy meneküljenek a nemzetből, lehetővé téve, hogy csak néhány dolgot vigyenek magukkal. Több száz máltai zsidó térhetett át a kereszténységre, hogy ezalatt a nemzetben maradhasson. Ma már csak egy zsidó gyülekezet van.
A zen buddhizmusnak és a bahá' hitnek egyaránt körülbelül 40 híve van.
A Mariam Al-Batool mecset az egyetlen muszlim mecset a városban. Nemrég alakult egy muszlim általános iskola. Máltán a becslések szerint 3,000 muszlim közül nagyjából 2,250 bevándorló, 600 honosított állampolgár és 150 születésük után máltai.
