Alvaro Caminha 1493-ban alapította São Tomé-t. A portugálok cukornádföld után érkeztek So Toméba. A portugálok 1470-es megjelenése előtt a sziget lakatlan volt. Tehát Tomé közel volt az Egyenlítőhöz, és elég nedves volt ahhoz, hogy a cukornád elvaduljon.
Az Afrikai Kongói Királysághoz való közelsége rabszolgamunkát kínált a cukorültetvények számára a jövőben.
Sao Tomé városa egy tizenhatodik századi katedrális köré épült. A Fort So Sebastio, amely 1575-ben fejeződött be, és ma a So Tomé Nemzeti Múzeum, egy másik korai építmény.
A várost és a szigeteket 1599-ben két napra, majd 1641-ben egy évre a hollandok foglalták el. A portugál gyarmat, Sao Tomé és Principe fővárosa, 1975 óta pedig a független Sao ország fővárosa. Tomé és Principe.
Sao Tomé éghajlata trópusi nedves és száraz, hosszú esős évszakkal és rövid száraz évszakkal.
Az esős évszak októbertől májusig tart, míg a száraz évszak a következő négy hónapig tart.
A város hőmérséklete meglehetősen egyenletes, az átlagos maximum 30 Celsius-fok (86 Fahrenheit-fok), az átlagos legalacsonyabb pedig 22 Celsius-fok (72 Fahrenheit-fok).
A S. Tomé-sziget északkeleti részén, az Ana Chaves-öbölben található S. Tomé fontos kikötő, az Ilhéu das Cabras pedig a part mellett található. Tehát Tomé Santanától északnyugatra, Trindade-tól északkeletre és Guadalupe-tól délkeletre fekszik. Ezekkel a településekkel számos út köti össze, amelyek közül a legfontosabb a So Tomé szigetét körbevevő autópálya. Hetente közlekedő hajó köti össze a Zöld-foki szigetekkel.
