Pygmy-kansat asettuivat ensimmäisinä alueelle. Liikkuessaan bantu-heimot pääosin syrjäyttivät ja assimiloivat heidät.
Ensimmäiset eurooppalaiset tulivat 15-luvulla. Gabonissa myeni-kielinen monarkia, joka tunnettiin nimellä Orungu, syntyi 18-luvulla.
Bartholomew Roberts, walesilainen merirosvo, joka tunnetaan nimellä Black Bart, menehtyi merellä Cape Lopezin rannikolla 10. helmikuuta 1722. Vuodesta 1719 vuoteen 1722 hän hyökkäsi aluksiin Amerikan ja Länsi-Afrikan rannikoilla.
Vuonna 1875 ensimmäisen retkikunnan Gabon-Kongon alueelle johti ranskalainen seikkailija Pierre Savorgnan de Brazza. Hän perusti Francevillen ja toimi myöhemmin siirtomaakuvernöörinä. Kun Ranska virallisesti valloitti Gabonin vuonna 1885, monet bantu-heimot asuivat alueella, joka on nykyinen Gabon.
Gabon liittyi Ranskan Päiväntasaajan Afrikan neljään alueeseen vuonna 1910 ja muodosti liittovaltion, joka kesti vuoteen 1959. 17. elokuuta 1960 nämä alueet itsenäistyivät. Léon M'ba oli Gabonin ensimmäinen presidentti, joka valittiin vuonna 1961 varapresidentiksi Omar Bongo Ondimba.
M'ban valtaannousun jälkeen lehdistöä tukahdutettiin, poliittiset mielenosoitukset kiellettiin, sananvapautta rajoitettiin, muut poliittiset puolueet syrjäytettiin asteittain vallasta ja perustuslakia muutettiin Ranskan linjausten mukaisesti presidentin vallan siirtämiseksi. M'ba otti. Kun M'ba hajotti kansalliskokouksen luodakseen yksipuoluehallinnon tammikuussa 1964, armeijan vallankaappaus yritti syrjäyttää hänet ja palauttaa parlamentaarisen demokratian. 24 tunnin kuluessa saapuivat ranskalaiset laskuvarjovarjomiehet palauttamaan M'ban valtaan.
Huolimatta massiivisista mielenosoituksista ja mellakoista vallankaappaus päättyi muutaman päivän taistelun jälkeen ja oppositio vangittiin. Tähän päivään asti ranskalaiset joukot ovat sijoittuneet Camp de Gaullelle Gabonin kaupungin laitamille. Bongo nousi presidentiksi, kun M'Ba kuoli vuonna 1967.
Bongo julisti Gabonin yksipuoluevaltioksi maaliskuussa 1968 hajottaen BDG:n ja perustaen Parti Democratique Gabonais (PDG). Hän toivotti kaikki gabonilaiset tervetulleiksi liittymään heidän aiemmasta poliittisesta uskollisuudestaan riippumatta. Bongo käytti PDG:tä välineenä hukuttaakseen alueelliset ja heimokonfliktit, jotka olivat aiemmin jakaneet Gabonin politiikan, luodakseen yhtenäisen kansallisen liikkeen hallituksen kehitystavoitteiden puolesta. Helmikuussa 1975 Bongo valittiin presidentiksi; huhtikuussa 1975 varapresidentin virka lakkautettiin ja korvattiin pääministeriviralla, jolla ei ollut automaattisia seuraajaoikeuksia. Bongo valittiin uudelleen seitsemäksi vuodeksi presidentiksi joulukuussa 7 ja marraskuussa 1979.
Opiskelijat ja työntekijät järjestivät 1990-luvun alussa väkivaltaisia mielenosoituksia ja lakkoja, joita ruokkivat taloudellinen tyytymättömyys ja poliittinen uudistus. Bongo työskenteli työntekijöiden kanssa alakohtaisesti vastauksena heidän valituksiinsa ja teki huomattavia palkkojen alennuksia. Hän sanoi myös avaavansa PDG:n ja pitävänsä kansallisen poliittisen konferenssin maalis-huhtikuussa 1990 keskustellakseen Gabonin tulevasta poliittisesta rakenteesta. Kokoukseen osallistuivat PDG ja 74 poliittista ryhmää. Hallitseva PDG ja sen kannattajat jakautuivat kahteen löyhään koalitioon, Opposition yhdistysten ja puolueiden rintamaan, joihin kuuluivat irtautunut Morena Fundamental ja Gabonin edistyspuolue.
Huhtikuussa 1990 pidetyssä konferenssissa hyväksyttiin merkittäviä poliittisia muutoksia, mukaan lukien kansallisen senaatin perustaminen, budjetointiprosessin hajauttaminen, kokoontumis- ja lehdistönvapaus sekä lähtöviisumin tarpeen poistaminen. Bongo erosi PDG:n puheenjohtajasta pyrkiessään johtamaan poliittisen järjestelmän siirtymistä monipuoluedemokratiaan, ja uuden pääministerin Casimir Oye-Mban johtama siirtymäkauden hallinto muodostettiin. Tuloksena syntynyt hallinto, joka tunnettiin nimellä Gabonese Social Democratic Group (RSDG), oli pienempi kuin edellinen, ja sen hallituksessa oli eri oppositioryhmien jäseniä. Toukokuussa 1990 RSDG laati väliaikaisen perustuslain, joka sisälsi perusoikeuskirjan ja riippumattoman oikeuslaitoksen, mutta antoi presidentille laajat hallinnolliset valtuudet. Tämä asiakirja tuli voimaan maaliskuussa 1991 perustuslakivaliokunnan ja kansalliskokouksen lisätarkastelujen jälkeen.
PDG:n vastustus jatkui kuitenkin huhtikuun 1990 kokouksen jälkeen, ja kaksi vallankaappausyritystä löydettiin ja estettiin syyskuussa 1990. Hallituksen vastaisista mielenosoituksista huolimatta oppositiojohtajan odottamattoman kuoleman jälkeen PDG sai vahvan enemmistön ensimmäisessä monipuolueisessa Nationalissa. Eduskuntavaalit lähes 30 vuoden päästä syys-lokakuussa 1990.
Sen jälkeen kun presidentti Omar Bongo valittiin uudelleen 51 prosentilla äänistä joulukuussa 1993, opposition ehdokkaat kieltäytyivät hyväksymästä tuloksia. Vakavien kansalaislevottomuuksien jälkeen hallitus ja oppositioryhmät sopivat työskentelevänsä poliittisen ratkaisun löytämiseksi. Nämä keskustelut johtivat Pariisin sopimuksiin, jotka allekirjoitettiin marraskuussa 1994 ja jotka sisälsivät monia oppositiojohtajia kansallisen yhtenäisyyden hallitukseen. Tämä järjestely kuitenkin hajosi nopeasti, ja vuosien 1996 ja 1997 eduskunta- ja kunnallisvaalit loivat pohjan paluulle puoluepolitiikkaan. PDG voitti merkittävän voiton parlamenttivaaleissa, mutta oppositiopormestarit valittiin monissa suurissa kaupungeissa, mukaan lukien Libreville, vuoden 1997 kunnallisvaaleissa.
Joulukuussa 1998 presidentti Omar Bongo risteily valittiin uudelleen suurella enemmistöllä vastustuksen jakautumisesta huolimatta. Lukuisista väitetyistä poikkeavuuksista huolimatta useat ulkomaiset tarkkailijat kuvasivat tuloksia edustaviksi, eikä vuoden 1993 vaaleja edeltäneistä väkivaltaisista levottomuuksista ollut mitään. PDG ja siihen liittyvät riippumattomat hallitsivat kansalliskokousta lähes kokonaan rauhanomaisten mutta virheellisten parlamenttivaalien jälkeen vuosina 2001–2002, joita useat pienet oppositiopuolueet boikotoivat ja jotka tuomittiin ankarasti hallinnollisista virheistä. Presidentti Omar Bongo valittiin uudelleen marraskuussa 2005 kuudennelle kaudelle. Hänet valittiin mukavasti uudelleen, vaikka vastustajat väittävät, että vaaleja vaivasivat väärinkäytökset. Hänen voittoilmoituksensa jälkeen tapahtui muutamia väkivaltaisuuksia, mutta Gabon pysyi yleisesti ottaen rauhallisena.
Joulukuussa 2006 järjestettiin uudet kansalliskokousvaalit. Perustuslakituomioistuin peruutti monet äänestyssääntöjenvastaisuuksien vuoksi riitautetut paikat, mutta PDG säilytti kansalliskokouksen hallinnan vuoden 2007 alussa järjestetyissä toissijaisissa vaaleissa.
Presidentti Omar Bongo kuoli sydänpysähdykseen 8. kesäkuuta 2009 espanjalaisessa sairaalassa Barcelonassa, mikä merkitsi uuden aikakauden alkua Gabonin politiikassa. Senaatin puheenjohtaja Rose Francine Rogombé nimitettiin väliaikaiseksi presidentiksi 10. kesäkuuta 2009 tarkistetun perustuslain mukaisesti. 30. elokuuta 2009 pidettiin Gabonin historian ensimmäiset kilpailulliset vaalit ilman Omar Bongoa ehdokkaana, ja presidenttiehdokkaita oli 18. Muutamia pieniä mielenosoituksia oli ennen vaaleja, mutta ei suuria häiriöitä. Perustuslakituomioistuimen kolmen viikon tarkastelun jälkeen Omar Bongon poika, hallituspuolueen johtaja Ali Bongo Ondimba, julistettiin virallisesti voittajaksi; hänen vihkiäisensä pidettiin 16. lokakuuta 2009.
Monet oppositioehdokkaat väittivät syyllistyneen vaalipetoksiin, ja ensimmäinen vaalitulosten julkistaminen sai aikaan epätavallisen väkivaltaisia mielenosoituksia Port-Gentilissä, maan toiseksi suurimmassa kaupungissa ja pitkään PDG:n hallinnon vastarintaa vastaan. Port-Gentilin asukkaat ryntäsivät kaduille polttaen useita yrityksiä ja koteja, mukaan lukien Ranskan konsulaatin ja paikallisen vankilan. Virallisten lukujen mukaan mellakoissa kuoli vain neljä ihmistä, mutta opposition ja paikallisten johtajien mukaan heitä oli paljon enemmän. Kamppailevien poliisien auttamiseksi santarmit ja armeija lähetettiin Port-Gentiliin, ja ulkonaliikkumiskielto määrättiin yli kolmeksi kuukaudeksi.
Kesäkuussa 2010 järjestettiin osittainen eduskuntavaalit. Ensimmäistä kertaa siihen osallistui vasta muodostettu puolueliitto Union Nationale (UN). PDG:n loikkarit, jotka erosivat puolueesta Omar Bongon kuoleman jälkeen, muodostavat enemmistön YK:sta. PDG voitti kolme viidestä kiivaasti käydystä paikasta, kun taas YK sai kaksi; molemmat osapuolet vaativat voittoa.