Khartoumin lentokenttä (KRT) toimii ensisijaisena lentoporttina Sudaniin. Lentokentällä palvelee lukuisia eurooppalaisia, Lähi-idän ja Afrikan lentoyhtiöitä. British Airways (yhteydet Lontooseen), EgyptAir (Kairo), Emirates (Dubai), Ethiopian Airlines (Addis Abeba), Gulf Air (Bahrain), Kenya Airlines (Nairobi), KLM (Amsterdam), Lufthansa (Frankfurt), Qatar Airways (Doha), Turkish Airlines (Doha) ovat niitä kaupunkeja, joilla on suorat lennot Khartumiin (Istanbul, tiistaisin, perjantaisin ja sunnuntaisin).
Maan kansallinen lentoyhtiö Sudan Airways yhdistää Khartumin useisiin Afrikan ja alueellisiin kaupunkeihin sekä Sudanin sisäisiin lentokentille Port Sudanissa, Nyalassa, El-Fashirissa, Malakalissa, Jubassa, Dongolassa, Wadi Halfassa ja El-Obeidissa.
Lentokenttävero on SDG 35 kansainvälisiltä lähdöiltä Khartumista, ja se on maksettava ennen sisäänkirjautumista. Lentokentän verotiski (pieni kyltti) on vasemmalla puolellasi tullessasi lentoasemarakennukseen. Saavu ajoissa, koska lentokentälle voi tulla melko hektistä. Valmistaudu pitkiin viivästyksiin ja linjahypyihin. Maahanmuutto- ja muut turvatoimenpiteet saattavat kestää pitkään.
Siellä on pankki, jossa voi vaihtaa rahaa ja joka on auki yöllä lentojen aikana.
Miten sinne pääsee/pois: Khartumin lentokenttä sijaitsee lähellä Al-Amaratia, lähellä kaupunkia. Taksit maksavat 5–15 SDG:tä, mutta paikalliset voivat maksaa vähemmän. Lisäksi voit mennä päätielle noin 200 metrin päässä lentokentän terminaalista ja napata johonkin minibussista, joka risteilee tiellä.
Atbaran kautta rautatiet yhdistävät Khartumin Wadi Halfaan ja Port Sudaniin. Junat lähtevät Khartumin päärautatieasemalta, joka sijaitsee Khartumin pohjoisosassa (Bahri).
Kaoottinen Souq al-Shaabi oli aikoinaan päälinja-autoasema pitkän matkan etelään suuntautuville linja-autoille Khartumissa, mutta siihen on pystytty uusi, entistä säännöllisempi terminaali. Bussit lähtevät kohti Port Sudan, Wad Medani, Kassala ja El-Obeid. Pitkän matkan bussit lähtevät Omdurmanista pohjoiseen. Taaskaan ei ole linja-autoja Etelä-Sudaniin.
Suuri tervattu reitti yhdistää Khartumin Wad Medaniin, sitten itään Gedarefiin (Etiopian rajalle Gallabatissa), Kassalaan (tällä hetkellä suljettu Eritrean rajalle) ja lopuksi Port Sudaniin. Khartumista reitti johtaa etelään El-Obeidiin ja sitten länteen Tšadin rajalle Darfurin kautta, jota on nyt melko riskialtista käyttää. Tie tulee pohjoisesta Wadi Halfan ja Atbaran kautta.
Etelä-Sudanin muuhun maahan ei liity teitä. Lentäminen on ainoa vaihtoehto.