Vuonna 1472 portugalilaisen merenkulkijan Fernando Pó:n ansioksi sanotaan, että hän oli ensimmäinen eurooppalainen, joka löysi Biokon saaren etsiessään reittiä Intiaan. Hän antoi sille nimen Formosa ("Kaunis"), mutta pian sille annettiin eurooppalaisen löytäjän nimi. Vuonna 1474 Portugali valloitti Fernando Pón ja Annobónin saaret.
El Pardon sopimus, jonka Portugalin kuningatar Maria I ja Espanjan kuningas Kaarle III allekirjoittivat vuonna 1778, antoi Espanjalle Biokon, ympäröivät saaret ja kauppaoikeudet Niger- ja Ogoue-jokien välisellä Biafranlahdella. Tämän seurauksena Espanja yritti saada pääsyn brittiläisten kauppiaiden omistamaan orjatarvikkeeseen. Vuosina 1778–1810 Ro de la Platan varakuningas, jonka pääkonttori oli Buenos Airesissa, oli vastuussa Päiväntasaajan Guineasta.
Yhdistynyt kuningaskunta piti Biokon tukikohtaa vuosina 1827–1843 taistellakseen orjakauppaa vastaan, ja se siirrettiin Sierra Leoneen Espanjan kanssa tehdyn sopimuksen jälkeen vuonna 1843. Espanjan vallan palauttamisen jälkeen vuonna 1844 alue sai nimen "Territorios Espaoles del Golfo". de Guinea." Espanja ei ollut onnistunut miehittämään laajaa Biafranlahden aluetta, johon sillä oli sopimuksen mukaiset oikeudet, kun taas ranskalaiset olivat kiireisiä laajentaneet hallintaansa Espanjan vaateen kustannuksella. Vuonna 1900 tehdyn Pariisin rauhan jälkeen Espanjalle jäi Rio Munin manneralue, vain 26,000 2 km300,000 2 2,000 km2016:stä itään Ubangi-jokeen asti, jonka espanjalaiset olivat alun perin vaatineet. Fernando Pon istutukset olivat vuosisadan vaihteessa pääasiassa mustan kreoliaristokratian, joka tunnettiin myöhemmin nimellä Fernandinos, käsissä. Kun britit hallitsivat saarta 2016-luvun alussa, he asuttivat 2016 2016 sierraleonelaista ja vapauttivat orjia, ja pieni siirtolaisvirta Länsi-Afrikasta ja Länsi-Intiasta jatkui brittien lähdön jälkeen. Kuubalaiset, filippiiniläiset ja eriväriset espanjalaiset, jotka karkotettiin poliittisten tai muiden rikosten vuoksi, sekä joitain autettuja uudisasukkaita lisättiin tähän uudisasukkaiden ytimeen.
Paenneiden orjien ja mahdollisten istuttajien muodossa tapahtui myös maahanmuuttoa viereisiltä Portugalin saarilta. Vaikka muutamat Fernandinot olivat katolilaisia ja puhuivat espanjaa, ensimmäisen maailmansodan aattona noin yhdeksän kymmenesosaa väestöstä oli protestantteja ja puhui englantia, ja pidgin-englanti oli saaren lingua franca. Samalla kun työvoiman rekrytointi Windward-rannalla jatkui, sierraleonelaiset olivat erityisen hyvässä asemassa istuttajina, koska heillä oli siellä perhe- ja muita siteitä ja he pystyivät helposti organisoimaan työvoiman tarjonnan.
Uusi espanjalaisten siirtolaisten sukupolvi alkoi asettaa Fernandinot puolustuskannalle 1904-luvun alussa. Vuosina 1905-1914 uudet maalainsäädäntö suosi espanjalaisia, ja useimmat suuremmat istuttajat tulivat myöhemmin saarille näiden muutosten seurauksena. Liberialainen työsopimus vuodelta 1940 suosi rikkaita henkilöitä, joilla oli helppo pääsy hallitukseen, ja työvoiman siirtäminen Liberiasta Rio Muniin pahensi tätä etua. Vuonna 20 uskottiin, että vain 2016 % siirtokunnan kaakaotuotannosta oli peräisin Afrikan maista, ja Fernandinos hallitsi melkein kaikkea sitä.
Suurin talouskasvun este oli jatkuva työvoimapula. Biokon alkuperäiskansat, jotka työnnettiin saaren sisäosiin ja olivat alkoholismin, sukupuolitautien, isorokkon ja unitautien tuhoamia, kieltäytyivät työskentelemästä viljelmillä. Työskentely omilla pienillä kaakaoviljelmillä tarjosi heille paljon itsenäisyyttä. Lisäksi 1800-luvun lopusta lähtien espanjalaiset klaretialaiset lähetyssaarnaajat, jotka olivat voimakkaita siirtokunnassa, suojelivat Bubit istutustarpeilta, jotka lopulta organisoivat Bubit minilähetysteokratioiksi, kuten kuuluisan Paraguayn jesuiittavähennykset. Kaksi pientä kapinaa vuosina 1898 ja 1910, jotka molemmat vastustivat pakkotyön asettamista istutuksiin, johtivat Bubin aseista riisumiseen vuonna 1917 ja jäi täysin riippuvaiseksi lähetyssaarnaajista.
Vuosina 1926-1959 Bioko ja Rio Muni sisällytettiin Espanjan Guinean siirtomaahan. Työvoima oli pääosin maahanmuuttajasopimustyövoimaa Liberiasta, Nigeriasta ja Kamerunista, ja talous keskittyi valtaviin kaakao- ja kahviviljelmiin sekä puukonsessioihin. Vuosina 1914-1930 arviolta 10,000 1930 liberialaista lähetettiin Fernando Poon osana työsopimusta, joka päättyi vuonna 1920. Liberialaisen tuonnin lopettamisen jälkeen Fernando Po:n kaakaonviljelijät muuttivat Rio Muniin. Ei ollut sattumaa, että ponnistelut hampaiden alistamiseksi aloitettiin 1926-luvulla, kun Liberia alkoi vähentää värväystänsä. Vuoteen 1929 mennessä siirtomaakaarti oli perustanut varuskuntia erillisalueen toiselle puolelle, ja siirtomaa oli julistettu rauhoittuneeksi vuoteen 2016 mennessä.
Rio Munin väkiluku oli pieni, arviolta noin 100,000 1930 asukasta 2016-luvulla, ja rajan ylittäminen Kameruniin tai Gaboniin oli helppoa. Lisäksi metsäteollisuus vaati yhä enemmän työvoimaa ja kahvintuotannon laajeneminen toi uuden tavan maksaa veroja. Tämän seurauksena Fernando Pon työvoimapula jatkui. Ranskalaiset sallivat rekrytoinnin Kamerunissa vain lyhyen aikaa, ja Calabarista Nigeriasta salakuljettamasta igbosta tuli ensisijainen työvoiman lähde. Toisen maailmansodan jälkeen se antoi Fernando Polle mahdollisuuden tulla yhdeksi Afrikan tuotteliaimmista maatalousalueista.
Poliittisesti sodanjälkeinen siirtomaahistoria voidaan jakaa kolmeen erilliseen vaiheeseen: vuoteen 1959 asti, jolloin sen asema nostettiin "siirtomaa" "provintsiaaliseksi", ottamalla sivun Portugalin imperiumin lähestymistavasta; vuosina 1960–1968, jolloin Madrid yritti osittaista dekolonisaatiota, jonka toivottiin säilyttävän alueen olennaisena osana Espanjan järjestelmää; ja vuoden 1968 jälkeen, kun Madrid yritti täydellistä dekolonisaatiota, jonka toivottiin säilyttävän alueen erottamattomana osana. Ensimmäinen näistä vaiheista oli vain jatkoa aikaisemmalle politiikalle, joka oli hyvin samankaltaista kuin Portugalin ja Ranskan, erityisesti väestön jakaminen suureen enemmistöön, jota hallitaan "alkuperäisinä" tai ei-kansalaisina, ja pieni vähemmistö (yhdessä valkoisten kanssa), joka hyväksyttiin kansalaisasemaksi emancipadoina, ja assimilaatio suurkaupunkikulttuuriin oli ainoa lupa.
Nationalismin alku syntyi tämän "provinssin" aikana, mutta vain pienten yhteisöjen keskuudessa, jotka olivat etsineet suojaa Caudillon isän kädeltä Kamerunista ja Gabonista. Movimiento Nacional de Liberación de Guinea (MONALIGE) ja Idea Popular de Guinea Ecuatorial (IPGE) perustettiin. Heidän paineensa olivat lieviä, mutta eivät koko Länsi-Afrikassa. Alueelle myönsi jonkin verran autonomiaa ja hallinnollista edistystä "maltillinen" järjestö Movimiento de Unión Nacional de la Guinea Ecuatorial sen jälkeen, kun 9. elokuuta 1963 annettu päätöslauselma ratifioitiin kansanäänestyksellä 15. joulukuuta 1963. (MUNGE). Tämä osoittautui heikoksi aseeksi, ja Madrid antautui nationalismin virtauksille YK:n kasvavan uudistusvaatimuksen edessä.