Los siguientes 30 años estuvieron marcados por la agitación política. En un golpe armado el 3 de agosto de 1975, el presidente Ahmed Abdallah fue depuesto y reemplazado por el Príncipe Said Mohamed Jaffar, miembro del Frente Nacional Unido de las Comoras (FNUK). En enero de 1976, Jaffar fue depuesto a favor de Ali Soilih, su Ministro de Defensa.
En dos referéndums celebrados en ese momento, el pueblo de Mayotte decidió no independizarse de Francia. El primero, el 22 de diciembre de 1974, recibió un apoyo del 63.8 por ciento para mantener las relaciones con Francia, y el segundo, en febrero de 1976, recibió un asombroso 99.4 por ciento. El presidente Soilih, que gobernó las tres islas supervivientes, implementó una variedad de medidas socialistas y aislacionistas que tensaron los lazos con Francia. Bob Denard regresó el 13 de mayo de 1978, con el respaldo de los gobiernos de Francia, Rhodesia y Sudáfrica, para deponer al presidente Soilih y restaurar a Abdallah. Durante el breve reinado de Soilih, fue objeto de siete intentos de golpe más antes de ser depuesto y asesinado.
La presidencia de Abdallah, a diferencia de la de Soilih, se caracterizó por un control autoritario y una mayor devoción al Islam tradicional, y la nación pasó a llamarse República Federal Islámica de las Comoras (République Fédérale Islamique des Comores;). Temiendo un golpe de estado, Abdallah siguió siendo presidente hasta 1989, cuando emitió una proclama ordenando a la Guardia Presidencial, comandada por Bob Denard, desarmar a las fuerzas armadas. Según los informes, Abdallah fue asesinado a tiros en su oficina por un oficial militar enojado poco después de que se firmara el decreto, pero informes posteriores dicen que un misil antitanque fue disparado contra su dormitorio y lo mató. A pesar de que Denard resultó herido, se cree que el asesino de Abdallah fue un soldado bajo su mando.
Bob Denard fue transportado en avión a Sudáfrica por paracaidistas franceses unos días después. Posteriormente, el presidente fue Said Mohamed Djohar, el medio hermano mayor de Soilih, quien gobernó hasta septiembre de 1995, cuando Bob Denard regresó e intentó otro golpe. Denard se vio obligado a rendirse cuando Francia intervino con paracaidistas. Djohar fue deportado a Reunión por los franceses y Mohamed Taki Abdoulkarim, apoyado por París, fue elegido presidente. Fue el líder del país desde 1996 hasta su muerte en noviembre de 1998, durante un período marcado por el descontento laboral, la represión gubernamental y las guerras separatistas. El presidente interino Tadjidine Ben Said Massounde asumió como su sucesor.
En un esfuerzo por recuperar la soberanía francesa, las islas de Anjouan y Mohéli proclamaron su independencia de las Comoras en 1997. Sin embargo, Francia se opuso a su solicitud, lo que provocó violentos enfrentamientos entre las fuerzas federales y los insurgentes. El Coronel Azali Assoumani, Jefe del Estado Mayor del Ejército, derrocó al Presidente interino Massounde en un golpe incruento en abril de 1999, alegando un liderazgo deficiente frente a la crisis. Desde la independencia en 1975, las Comoras han visto 18 golpes o intentos de golpes.
El fracaso de Azali para consolidar la autoridad y restaurar el control sobre las islas provocó la condena mundial. La Unión Africana, dirigida por el presidente sudafricano Thabo Mbeki, impuso sanciones a Anjouan para ayudar en el proceso de mediación y reconciliación. El nombre formal del país se cambió a Unión de las Comoras y se estableció un nuevo sistema de autonomía política para cada isla, así como una administración sindical para las tres islas.
Azali se hizo a un lado en 2002 para competir por la presidencia de las Comoras en unas elecciones democráticas, que ganó. Como dictador militar que primero había llegado al poder por la fuerza y no siempre fue democrático mientras estuvo en el gobierno, Azali llevó a las Comoras a través de revisiones constitucionales que permitieron nuevas elecciones, a pesar de las continuas críticas internacionales. A principios de 2005 se promulgó una ley de Loi des compétences, que especifica los deberes de cada entidad gubernamental, y ahora se está implementando. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, un clérigo musulmán sunita apodado “Ayatollah” por sus años de estudio del Islam en Irán, ganó las elecciones de 2006. Azali aceptó los resultados de las elecciones, lo que permitió la primera transferencia de poder pacífica y democrática del archipiélago.
El coronel Mohammed Bacar, un exgendarme formado en Francia, tomó el control de Anjouan en 2001. En junio de 2007, celebró un referéndum para afirmar su liderazgo, que el gobierno federal de las Comoras y la Unión Africana condenaron por inconstitucional. Cientos de tropas de la Unión Africana y las Comoras invadieron Anjouan, controlada por los rebeldes, el 25 de marzo de 2008, para deleite de la población local: cientos, si no miles, de personas fueron torturadas bajo el reinado de Bacar. Algunos rebeldes resultaron muertos o heridos, pero no hay cifras oficiales disponibles. Al menos 11 personas resultaron heridas en el ataque. Varios funcionarios han sido encarcelados. Bacar escapó a Mayotte, un enclave francés del Océano Índico, en una lancha rápida para buscar refugio. En las Comoras estallaron manifestaciones anti-francesas.
Se han producido más de 20 golpes o intentos de golpes en las Comoras desde la independencia de Francia.
El 26 de mayo de 2011, el ex vicepresidente Ikililou Dhoinine prestó juramento como presidente después de las elecciones de finales de 2010. Dhoinine, miembro del partido gobernante, fue respaldado en la elección por el presidente Ahmed Abdallah Mohamed Sambi. Dhoinine, farmacéutico de profesión, es el primer presidente de las Comoras, procedente de la isla de Mohéli.