Ο Παναμάς βρίσκεται στην Κεντρική Αμερική και συνορεύει τόσο με την Καραϊβική Θάλασσα όσο και με τον Ειρηνικό Ωκεανό, μεταξύ Κολομβίας και Κόστα Ρίκα. Βρίσκεται κυρίως μεταξύ 7° και 10° Β και γεωγραφικών μήκων 77° και 83° Δ (μια μικρή περιοχή βρίσκεται δυτικά των 83°).
Η θέση του στον Ισθμό του Παναμά είναι στρατηγική. Το 2000, ο Παναμάς έλεγχε τη Διώρυγα του Παναμά, η οποία συνδέει τον Ατλαντικό Ωκεανό και την Καραϊβική Θάλασσα με τον βόρειο Ειρηνικό Ωκεανό. Η συνολική έκταση του Παναμά είναι 74,177.3 km2.
Το κυρίαρχο χαρακτηριστικό της γεωγραφίας του Παναμά είναι η κεντρική ράχη των βουνών και των λόφων που σχηματίζουν το ηπειρωτικό χάσμα. Αυτή η λεκάνη απορροής δεν είναι μία από τις σημαντικότερες οροσειρές της Βόρειας Αμερικής και μόνο κοντά στα σύνορα της Κολομβίας υπάρχουν οροπέδια που σχετίζονται με το σύστημα των Άνδεων της Νότιας Αμερικής. Η ραχοκοκαλιά που σχηματίζει τη λεκάνη απορροής είναι το εξαιρετικά διαβρωμένο τόξο μιας ανύψωσης του βυθού, όπου οι κορυφές σχηματίστηκαν από ηφαιστειακές εισβολές.
Η οροσειρά του ηπειρωτικού χάσματος ονομάζεται Cordillera de Talamanca και βρίσκεται κοντά στα σύνορα με την Κόστα Ρίκα. Πιο ανατολικά γίνεται η Serranía de Tabasará και το τμήμα που βρίσκεται πιο κοντά στην κάτω σέλα του ισθμού, όπου βρίσκεται το κανάλι του Παναμά, ονομάζεται συχνά Sierra de Veraguas. Ως σύνολο, η οροσειρά μεταξύ της Κόστα Ρίκα και του Καναλιού αναφέρεται συνήθως από τους γεωγράφους ως Cordillera Central.
Το υψηλότερο σημείο της χώρας είναι το ηφαίστειο Μπαρού, το οποίο υψώνεται στα 3,475 μέτρα. Σχεδόν αδιαπέραστη ζούγκλα σχηματίζει το ρήγμα Darién μεταξύ Παναμά και Κολομβίας, όπου Κολομβιανοί αντάρτες και έμποροι ναρκωτικών δρουν με ομηρίες. Αυτό το φαινόμενο και οι κινήσεις για την προστασία του δάσους δημιουργούν ένα κενό στον Παναμερικανικό αυτοκινητόδρομο, ο οποίος σχηματίζει επίσης μια πλήρη διαδρομή από την Αλάσκα στην Παταγονία.
Η πανίδα του Παναμά είναι η πιο ποικιλόμορφη από όλες τις χώρες της Κεντρικής Αμερικής. Υπάρχουν πολλά είδη της Νότιας Αμερικής καθώς και είδη της Βόρειας Αμερικής.
Πλωτές οδοί
Σχεδόν 500 ποτάμια διασχίζουν το τραχύ τοπίο του Παναμά. Τα περισσότερα δεν είναι πλωτά, υψώνονται στα υψίπεδα, ελίσσονται μέσα από κοιλάδες και σχηματίζουν παράκτια δέλτα. Ωστόσο, το Río Chagres (Ποταμός Chagres) στο κέντρο του Παναμά είναι ένας από τους λίγους μεγάλους ποταμούς και μια μεγάλη πηγή υδροηλεκτρικής ενέργειας. Το κεντρικό τμήμα του ποταμού φράσσεται από το φράγμα Gatun και σχηματίζει τη λίμνη Gatun, μια τεχνητή λίμνη που είναι μέρος του καναλιού του Παναμά. Η λίμνη δημιουργήθηκε μεταξύ 1907 και 1913 από την κατασκευή του φράγματος Gatun στο Río Chagres. Την εποχή της δημιουργίας της, η λίμνη Gatun ήταν η μεγαλύτερη τεχνητή λίμνη στον κόσμο και το φράγμα ήταν το μεγαλύτερο χωμάτινο φράγμα. Ο ποταμός ρέει βορειοδυτικά στην Καραϊβική Θάλασσα. Οι λίμνες Καμπιά και Μάντεν (επίσης γεμάτες από το Ρίο Τσάγκρες) τροφοδοτούν την περιοχή της πρώην Ζώνης του Καναλιού με υδροηλεκτρική ενέργεια.
Το Río Chepo, μια άλλη πηγή υδροηλεκτρικής ενέργειας, είναι ένας από τους περισσότερους από 300 ποταμούς που εκβάλλουν στον Ειρηνικό. Αυτά τα ποτάμια που βλέπουν στον Ειρηνικό είναι μακρύτερα και πιο αργά από τα ποτάμια στην πλευρά της Καραϊβικής. Μεγαλύτερες είναι και οι λεκάνες τους. Ένας από τους μεγαλύτερους είναι ο Río Tuira, ο οποίος χύνεται στο Golfo de San Miguel και είναι ο μόνος ποταμός της χώρας που μπορεί να πλευθεί από μεγάλα πλοία.
λιμάνια
Η ακτή της Καραϊβικής χαρακτηρίζεται από πολλά καλά φυσικά λιμάνια. Ωστόσο, το Cristóbal, στο άκρο του καναλιού στην Καραϊβική, είχε τις μοναδικές σημαντικές λιμενικές εγκαταστάσεις στα τέλη της δεκαετίας του 1980. Τα πολυάριθμα νησιά του Archipiélago de Bocas del Toro, κοντά στις παραλίες της Κόστα Ρίκα, σχηματίζουν ένα μεγάλο φυσικό λιμάνι και προστατεύουν το λιμάνι της μπανάνας του Almirante. Τα περισσότερα από 350 νησιά Σαν Μπλας κοντά στην Κολομβία εκτείνονται για περισσότερα από 160 χιλιόμετρα (99 μίλια) κατά μήκος της προστατευόμενης ακτής της Καραϊβικής.
Επί του παρόντος, τα τερματικά λιμάνια στα δύο άκρα της διώρυγας του Παναμά, το λιμάνι του Cristobal και το λιμάνι του Balboa, κατατάσσονται στη δεύτερη και τρίτη θέση αντίστοιχα στη Λατινική Αμερική ως προς τον αριθμό των μονάδων εμπορευματοκιβωτίων (TEU) που διακινούνται. Το λιμάνι του Μπαλμπόα καλύπτει 182 εκτάρια και περιλαμβάνει τέσσερις θέσεις ελλιμενισμού εμπορευματοκιβωτίων και δύο θέσεις ελλιμενισμού πολλαπλών χρήσεων. Συνολικά, οι κουκέτες έχουν μήκος πάνω από 2,400 μέτρα και βάθος 15 μέτρα. Το λιμάνι του Μπαλμπόα διαθέτει 18 γερανούς αποβάθρας super post-Panamax και Panamax και 44 γερανογέφυρες. Το λιμάνι του Μπαλμπόα διαθέτει επίσης 2,100 τετραγωνικά μέτρα (23,000 τετραγωνικά πόδια) αποθηκευτικού χώρου.
Τα λιμάνια του Cristobal (τα οποία περιλαμβάνουν τους τερματικούς σταθμούς εμπορευματοκιβωτίων των Panama Ports Cristobal, Manzanillo International Terminal και Colon Container Terminal) διακίνησαν 2,210,720 TEU το 2009, το οποίο είναι δεύτερο στη Λατινική Αμερική μετά το λιμάνι Santos στη Βραζιλία.
Εξαιρετικά λιμάνια βαθέων υδάτων που μπορούν να χειριστούν μεγάλα VLCC (Very Large Crude Oil Carriers) βρίσκονται στο Charco Azul, στο Chiriquí (Ειρηνικός) και στο Chiriquí Grande, στο Bocas del Toro (Ατλαντικός), κοντά στα δυτικά σύνορα του Παναμά με την Κόστα Ρίκα. Ο αγωγός Trans-Panama, ο οποίος διασχίζει τον ισθμό σε μήκος 131 χιλιομέτρων (81 μίλια), λειτουργεί μεταξύ Charco Azul και Chiriquí Grande από το 1979.