Οι Πυγμαίοι ήταν οι πρώτοι που εγκαταστάθηκαν στην περιοχή. Καθώς μετακινούνταν, οι φυλές Μπαντού κυρίως τους αντικατέστησαν και τους αφομοίωσαν.
Οι πρώτοι Ευρωπαίοι ήρθαν τον 15ο αιώνα. Στη Γκαμπόν, μια μοναρχία που μιλούσε τη Myeni γνωστή ως Orungu εμφανίστηκε τον 18ο αιώνα.
Ο Βαρθολομαίος Ρόμπερτς, ένας Ουαλός πειρατής γνωστός ως Μπλακ Μπαρτ, χάθηκε στη θάλασσα στα ανοιχτά του ακρωτηρίου Λόπεζ στις 10 Φεβρουαρίου 1722. Από το 1719 έως το 1722, επιτέθηκε σε πλοία κατά μήκος των ακτών της Αμερικής και της Δυτικής Αφρικής.
Το 1875, η πρώτη αποστολή στην περιοχή Γκαμπόν-Κονγκό διεξήχθη από τον Γάλλο τυχοδιώκτη Pierre Savorgnan de Brazza. Ίδρυσε το Franceville και στη συνέχεια υπηρέτησε ως αποικιακός κυβερνήτης. Όταν η Γαλλία κατέκτησε επίσημα τη Γκαμπόν το 1885, πολλές φυλές Μπαντού διέμεναν στην περιοχή που είναι σήμερα η Γκαμπόν.
Η Γκαμπόν προσχώρησε στις τέσσερις περιοχές της Γαλλικής Ισημερινής Αφρικής το 1910, σχηματίζοντας μια ομοσπονδία που κράτησε μέχρι το 1959. Στις 17 Αυγούστου 1960, αυτές οι περιοχές απέκτησαν ανεξαρτησία. Ο Léon M'ba ήταν ο πρώτος πρόεδρος της Γκαμπόν, που εξελέγη το 1961, μαζί με τον Omar Bongo Ondimba ως αντιπρόεδρό του.
Μετά την άνοδο του M'ba στην εξουσία, ο Τύπος καταπιέστηκε, οι πολιτικές συγκεντρώσεις τέθηκαν εκτός νόμου, η ελευθερία του λόγου περιορίστηκε, άλλα πολιτικά κόμματα εκδιώχθηκαν σταδιακά από την εξουσία και το Σύνταγμα τροποποιήθηκε σύμφωνα με γαλλικές γραμμές για να παραχωρηθεί η εξουσία στην Προεδρία. Ο M'ba πήρε. Όταν ο M'ba διέλυσε την Εθνοσυνέλευση για να εγκαθιδρύσει μονοκομματική διακυβέρνηση τον Ιανουάριο του 1964, ένα στρατιωτικό πραξικόπημα επιχείρησε να τον καθαιρέσει και να αποκαταστήσει την κοινοβουλευτική δημοκρατία. Μέσα σε 24 ώρες, Γάλλοι αλεξιπτωτιστές έφτασαν για να επαναφέρουν τον M'ba στην εξουσία.
Παρά τις μαζικές διαδηλώσεις και τις ταραχές, το πραξικόπημα έληξε μετά από λίγες μέρες μάχης και η αντιπολίτευση φυλακίστηκε. Μέχρι σήμερα, γαλλικά στρατεύματα σταθμεύουν στο Camp de Gaulle στα περίχωρα της πόλης της Γκαμπόν. Ο Μπόνγκο ανέλαβε πρόεδρος όταν πέθανε ο M'Ba το 1967.
Ο Μπόνγκο ανακήρυξε τη Γκαμπόν μονοκομματικό κράτος τον Μάρτιο του 1968, διαλύοντας το BDG και ιδρύοντας το Parti Democratique Gabonais (PDG). Καλωσόρισε όλους τους Γκαμπονέζους να συμμετάσχουν, ανεξάρτητα από την προηγούμενη πολιτική πίστη τους. Ο Bongo χρησιμοποίησε το PDG ως όχημα για να πνίξει τις περιφερειακές και φυλετικές συγκρούσεις που είχαν προηγουμένως διχάσει την πολιτική της Γκαμπόν, προκειμένου να δημιουργήσει ένα ενιαίο εθνικό κίνημα υπέρ των αναπτυξιακών στόχων της κυβέρνησης. Τον Φεβρουάριο του 1975, ο Bongo εξελέγη Πρόεδρος. Τον Απρίλιο του 1975, η αντιπροεδρία καταργήθηκε και αντικαταστάθηκε από την πρωθυπουργία, η οποία δεν είχε δικαιώματα αυτόματης διαδοχής. Ο Μπόνγκο επανεξελέγη για 7ετή θητεία ως Πρόεδρος τον Δεκέμβριο του 1979 και τον Νοέμβριο του 1986.
Φοιτητές και εργαζόμενοι οργάνωσαν βίαιες διαμαρτυρίες και απεργίες στις αρχές της δεκαετίας του 1990, τροφοδοτούμενοι από την οικονομική δυσαρέσκεια και την επιθυμία για πολιτικές μεταρρυθμίσεις. Ο Bongo εργάστηκε με τους υπαλλήλους ανά τομέα ως απάντηση στα παράπονά τους, κάνοντας ουσιαστικές μειώσεις στους μισθούς. Είπε επίσης ότι θα ανοίξει το PDG και θα διοργανώσει μια εθνική πολιτική διάσκεψη τον Μάρτιο-Απρίλιο 1990 για να συζητήσει τη μελλοντική πολιτική δομή της Γκαμπόν. Στη συνάντηση συμμετείχαν το PDG και 74 πολιτικές ομάδες. Το κυβερνών PDG και οι υποστηρικτές του χωρίστηκαν σε δύο χαλαρούς συνασπισμούς, το Ενωμένο Μέτωπο Ενώσεων και Κομμάτων της Αντιπολίτευσης, που περιλάμβανε την αποσχισθείσα Morena Fundamental και το Κόμμα Προόδου της Γκαμπόν.
Η διάσκεψη του Απριλίου 1990 ενέκρινε σημαντικές πολιτικές αλλαγές, συμπεριλαμβανομένης της ίδρυσης μιας εθνικής Γερουσίας, της αποκέντρωσης της διαδικασίας κατάρτισης προϋπολογισμού, της ελευθερίας του συνέρχεσθαι και του Τύπου και την εξάλειψη της ανάγκης για θεώρηση αναχώρησης. Ο Μπόνγκο παραιτήθηκε από τη θέση του προέδρου του PDG σε μια προσπάθεια να ηγηθεί της μετάβασης του πολιτικού συστήματος στην πολυκομματική δημοκρατία και σχηματίστηκε μια μεταβατική διοίκηση υπό την ηγεσία του νέου πρωθυπουργού, του Casimir Oye-Mba. Η κυβέρνηση που προέκυψε, γνωστή ως Σοσιαλδημοκρατική Ομάδα της Γκαμπόν (RSDG), ήταν μικρότερη από την προηγούμενη και περιλάμβανε μέλη διαφόρων ομάδων της αντιπολίτευσης στο υπουργικό της συμβούλιο. Τον Μάιο του 1990, το RSDG συνέταξε ένα προσωρινό σύνταγμα που περιελάμβανε μια βασική δήλωση δικαιωμάτων και ένα ανεξάρτητο δικαστικό σώμα, αλλά έδινε στον πρόεδρο ευρείες διοικητικές εξουσίες. Αυτό το έγγραφο τέθηκε σε ισχύ τον Μάρτιο του 1991 μετά από πρόσθετη εξέταση από μια συνταγματική επιτροπή και την Εθνοσυνέλευση.
Ωστόσο, η αντίθεση στο PDG συνεχίστηκε μετά τη συνεδρίαση του Απριλίου 1990, και δύο απόπειρες πραξικοπήματος ανακαλύφθηκαν και απέτυχαν τον Σεπτέμβριο του 1990. Παρά τις αντικυβερνητικές διαμαρτυρίες μετά τον απροσδόκητο θάνατο ενός ηγέτη της αντιπολίτευσης, το PDG κέρδισε ισχυρή πλειοψηφία στην πρώτη πολυκομματική Εθνική Βουλευτικές εκλογές σε σχεδόν 30 χρόνια το Σεπτέμβριο – Οκτώβριο του 1990.
Μετά την επανεκλογή του Προέδρου Omar Bongo με 51% των ψήφων τον Δεκέμβριο του 1993, οι υποψήφιοι της αντιπολίτευσης αρνήθηκαν να δεχτούν τα αποτελέσματα. Μετά από σοβαρές εμφύλιες αναταραχές, η κυβέρνηση και οι ομάδες της αντιπολίτευσης συμφώνησαν να εργαστούν για μια πολιτική λύση. Αυτές οι συζητήσεις κατέληξαν στη Συμφωνία του Παρισιού, η οποία υπογράφηκε τον Νοέμβριο του 1994 και περιέλαβε πολλούς ηγέτες της αντιπολίτευσης σε μια κυβέρνηση εθνικής ενότητας. Ωστόσο, αυτή η ρύθμιση γρήγορα κατέρρευσε και οι βουλευτικές και δημοτικές εκλογές του 1996 και του 1997 έθεσαν το υπόβαθρο για επιστροφή στην κομματική πολιτική. Το PDG σημείωσε μια ηχηρή νίκη στις κοινοβουλευτικές εκλογές, αλλά οι δήμαρχοι της αντιπολίτευσης εξελέγησαν σε πολλές μεγάλες πόλεις, συμπεριλαμβανομένης της Λιμπρεβίλ, στις δημοτικές εκλογές του 1997.
Τον Δεκέμβριο του 1998, ο Πρόεδρος Omar Bongo επανεκλογή με τεράστιες πλειοψηφίες ψήφων, παρά τη διχασμένη αντιπολίτευση. Παρά τις πολυάριθμες εικαζόμενες ανωμαλίες, αρκετοί ξένοι παρατηρητές περιέγραψαν τα αποτελέσματα ως αντιπροσωπευτικά και δεν υπήρξε καμία από τις βίαιες αναταραχές που προηγήθηκαν των εκλογών του 1993. Το PDG και οι συνδεδεμένοι ανεξάρτητοι έλεγχαν την Εθνοσυνέλευση σχεδόν εξ ολοκλήρου μετά από ειρηνικές αλλά ελαττωματικές κοινοβουλευτικές εκλογές το 2001-2002, οι οποίες μποϊκοτάρονταν από ορισμένα μικρότερα κόμματα της αντιπολίτευσης και καταδικάστηκαν αυστηρά για διοικητικά ελαττώματα. Ο Πρόεδρος Omar Bongo επανεξελέγη τον Νοέμβριο του 2005 για έκτη θητεία. Επανεξελέγη με άνεση, αν και οι αντίπαλοι ισχυρίζονται ότι οι εκλογές μαστίστηκαν από παρατυπίες. Μετά την ανακοίνωση της νίκης του, υπήρξαν μερικά περιστατικά βίας, αλλά η Γκαμπόν παρέμεινε ήρεμη συνολικά.
Τον Δεκέμβριο του 2006 διεξήχθησαν νέες εκλογές για την Εθνοσυνέλευση. Το Συνταγματικό Δικαστήριο ανέτρεψε πολλές έδρες που είχαν αμφισβητηθεί λόγω εκλογικών παρατυπιών, αλλά το PDG διατήρησε τον έλεγχο της Εθνοσυνέλευσης στον δεύτερο γύρο των εκλογών στις αρχές του 2007.
Ο Πρόεδρος Omar Bongo πέθανε από καρδιακή ανακοπή στις 8 Ιουνίου 2009, σε ισπανικό νοσοκομείο της Βαρκελώνης, σηματοδοτώντας την έναρξη μιας νέας εποχής στην πολιτική της Γκαμπόν. Η Rose Francine Rogombé, Πρόεδρος της Γερουσίας, διορίστηκε προσωρινός πρόεδρος στις 10 Ιουνίου 2009, σύμφωνα με το αναθεωρημένο σύνταγμα. Στις 30 Αυγούστου 2009, διεξήχθησαν οι πρώτες ανταγωνιστικές εκλογές στην ιστορία της Γκαμπόν χωρίς τον Ομάρ Μπόνγκο ως υποψήφιο, με 18 υποψήφιους για πρόεδρος. Υπήρξαν μερικές μικρές διαδηλώσεις προεκλογικά, αλλά όχι μεγάλες αναταραχές. Μετά από εξέταση τριών εβδομάδων από το Συνταγματικό Δικαστήριο, ο γιος του Omar Bongo, επικεφαλής του κυβερνώντος κόμματος Ali Bongo Ondimba, ανακηρύχθηκε επίσημα νικητής. Τα εγκαίνια του έγιναν στις 16 Οκτωβρίου 2009.
Πολλοί υποψήφιοι της αντιπολίτευσης ισχυρίστηκαν εκλογική νοθεία και η πρώτη δημοσιοποίηση των εκλογικών αποτελεσμάτων πυροδότησε ασυνήθιστα βίαιες διαδηλώσεις στο Port-Gentil, τη δεύτερη μεγαλύτερη πόλη της χώρας και ένα μακροχρόνιο προπύργιο αντίστασης στη διοίκηση του PDG. Οι κάτοικοι του Port-Gentil έσπευσαν στους δρόμους, πυρπολώντας μια σειρά από επιχειρήσεις και σπίτια, συμπεριλαμβανομένου του γαλλικού προξενείου και μιας τοπικής φυλακής. Μόνο τέσσερις άνθρωποι σκοτώθηκαν στις ταραχές, σύμφωνα με επίσημα στοιχεία, αλλά η αντιπολίτευση και οι τοπικοί ηγέτες λένε ότι ήταν πολλοί περισσότεροι. Για να βοηθήσουν την μαχόμενη αστυνομία, χωροφύλακες και στρατιωτικοί στάλθηκαν στο Port-Gentil και επιβλήθηκε απαγόρευση κυκλοφορίας για περισσότερο από τρεις μήνες.
Τον Ιούνιο του 2010, διεξήχθη μερική νομοθετική αναπληρωματική εκλογή. Για πρώτη φορά συμμετείχε ένας νεοσύστατος συνασπισμός κομμάτων, η Union Nationale (ΟΗΕ). Οι αποστάτες του PDG που αποχώρησαν από το κόμμα μετά τον θάνατο του Ομάρ Μπόνγκο αποτελούν την πλειοψηφία του ΟΗΕ. Το PDG κέρδισε τρεις από τις πέντε έδρες που πολέμησαν σκληρά, ενώ ο ΟΗΕ κέρδισε δύο. και τα δύο μέρη διεκδίκησαν τη νίκη.