Η ιστορία του μοναστηριού Sceilg Mhichíl (Skellig Michael) ξεκινά στις αρχές του Μεσαίωνα. Οι Γαελοί Χριστιανοί μοναχοί - πιθανότατα οπαδοί ενός αγίου γνωστού ως Fionán του Skellig ή της μεγάλης πρώιμης ιρλανδικής παράδοσης - ίδρυσαν για πρώτη φορά ένα ερημητήριο εδώ μεταξύ του 6ου και του 8ου αιώνα. Αναζητώντας μοναξιά και μια ζωή προσευχής, σκαρφάλωσαν στους παραθαλάσσιους βράχους και έχτισαν μια κοινότητα καταφυγίων πολύ πάνω από τα κύματα. Αυτοί οι άποικοι ήταν κληρονόμοι του ιδανικού του «μοναχισμού της ερήμου» - παρόμοιου με τους Πατέρες της Ερήμου της Αιγύπτου - οι οποίοι πίστευαν ότι η απομόνωση σε ένα άγριο τοπίο τους έφερνε πιο κοντά στον Θεό. Όπως το θέτει ένας οδηγός, οι μοναχοί του Skellig Michael αναζήτησαν «απομόνωση και πνευματική φώτιση σε ένα από τα πιο απομακρυσμένα και αφιλόξενα μέρη που μπορεί κανείς να φανταστεί».
Η ευρηματική κατασκευή τους σώζεται μέχρι σήμερα. Οι μοναχοί εξόρυξαν ανθεκτικό Παλιό Κόκκινο Ψαμμίτη (το ίδιο πέτρωμα της Δεβόνιας εποχής που σχηματίζει την ακτή του Κέρι) για να χτίσουν καλύβες με κυψέλες (clocháns) και άλλες κατασκευές σε μια πλατφόρμα με αναβαθμίδες στη βόρεια κορυφή. Κάθε κυκλική καλύβα υψώνεται σε στρώματα πέτρας με κωνική στέγη, η κωνική της οροφή ολοκληρώνεται με οριζόντιες πέτρες για επιχωμάτωση. Από έξω, οι καλύβες είναι ομαλά στρογγυλές. Στο εσωτερικό τους υπάρχουν τετράγωνοι ή ορθογώνιοι θάλαμοι πλαισιωμένοι από τον τρούλο με κωνική στέγη. Αυτό το ακριβές σχήμα κρατούσε μακριά τη βροχή και τον άνεμο: ένας σύγχρονος οδηγός σημειώνει ότι «κατασκευάστηκαν προσεκτικά για να αποτρέψουν την είσοδο ούτε μιας σταγόνας βροχής».
Τουλάχιστον έξι πέτρινα κελιά (συχνά ονομαζόμενα Κελιά A-F από τους αρχαιολόγους) εξακολουθούν να υπάρχουν, με ύψος περίπου 5 μ. το καθένα και πλάτος 3-5 μ. εσωτερικά. Αυτές οι καλύβες με φουρούσια θα στέγαζαν έναν ή δύο μοναχούς σε μια κατοικία, πιθανώς με σοφίτες που στηρίζονταν σε εσωτερικές προεξοχές τοίχων για ύπνο. Η μεγαλύτερη καλύβα (Κελιά A) έχει διαστάσεις περίπου 14,5 × 3,8 μ. εσωτερικά και μπορεί να στέγαζε κοινοτικές δραστηριότητες. Σε κοντινή απόσταση βρίσκονται δύο μικροσκοπικά ορότια (ένα σε σχήμα βάρκας και ένα ορθογώνιο) όπου συγκεντρώνονταν οι αδελφοί για προσευχή. Η λεπτή εκκλησία με κατεύθυνση ανατολής-δύσης - η εκκλησία του Αγίου Μιχαήλ - προστέθηκε τον 10ο ή 11ο αιώνα, πιθανώς για να σηματοδοτήσει την αφιέρωση του μοναστηριού στον αρχάγγελο (το όνομά της εμφανίζεται το 1044 μ.Χ.).
Όλες αυτές οι κατασκευές είναι χτισμένες χωρίς κονίαμα. Πάνω από τη βεράντα στην οποία βρίσκονται, μακριές σειρές από πέτρινα σκαλοπάτια ανεβαίνουν από τους κόλπους προσγείωσης μέσα από τα ερείπια. Σήμερα, οι επισκέπτες πρέπει να ανέβουν 618 απότομα, ανώμαλα σκαλοπάτια - σχεδόν 180 μέτρα κάθετης ανάβασης - για να φτάσουν στον πυρήνα της μονής. Για τους μεσαιωνικούς μοναχούς, η ανάβαση ήταν μέρος της θυσίας τους. Ένας παρατηρητής του 19ου αιώνα περιέγραψε τη σκηνή ως εξής: «η αίσθηση της μοναξιάς, ο απέραντος ουρανός από πάνω και η υπέροχη μονότονη κίνηση της θάλασσας από κάτω θα καταπίεζαν το πνεύμα... αν αυτό το πνεύμα δεν είχε εναρμονιστεί».
Κάτω από το μοναστήρι βρίσκεται ένα μικρό νεκροταφείο, σημαδεμένο από απλούς πέτρινους σταυρούς και πλάκες. Εδώ έχουν βρεθεί ανθρώπινα λείψανα κάτω από σταυρούς, επιβεβαιώνοντας ότι ένα νησιωτικό νεκροταφείο εξυπηρετούσε τους μοναχούς ή τους μεταγενέστερους προσκυνητές. Κοντά βρίσκεται το αχνό περίγραμμα ενός πηγαδιού - αναμφίβολα μια πολύτιμη πηγή γλυκού νερού στον άγονο βράχο. Ολόκληρο το συγκρότημα είναι ένα θαύμα μεσαιωνικής δεξιοτεχνίας: ξερολιθιές σχηματίζουν αναβαθμίδες, περιβόλους και πλακόστρωτα που σώζονται σχεδόν άθικτα.
Οι νησιώτες ζούσαν σε απίστευτες κακουχίες. Με μόνο ρηχό έδαφος στις αναβαθμίδες, οι κήποι καλλιεργούσαν ίσως λίγο κριθάρι ή σιτάρι, αλλά σε μεγάλο βαθμό η διατροφή των μοναχών προερχόταν από τη θάλασσα. Πρώιμες αναφορές αναφέρουν ότι τα ψάρια, τα αυγά θαλασσοπουλιών, το κρέας και το λάδι (από λίπος κουνάβιου ή φουφινιού) ήταν βασικά είδη διατροφής. Τα λαγούμια του Μανξ Σάργουοτερ, οι φωλιές των πετρελών και οι αποικίες των ατλαντικών φουφινιών έδιναν αυγά και κρέας. Χήνες και πάπιες μπορεί επίσης να φώλιαζαν. Ένα μεταγενέστερο χρονικό παραπονέθηκε ότι «η αφθονία των πουλιών στον βράχο καθιστά τη συγκομιδή έγκλημα», καθώς σχεδόν κάθε τροφή γεννούσε αυγά.
Η ζωή δεν ήταν εύκολη. Ο καιρός στο Σκέλιγκ Μάικλ είναι φημισμένα άγριος: Ατλαντικές καταιγίδες, αλμυροί άνεμοι και κρύες θάλασσες χτυπούσαν τους βράχους. Οι Βίκινγκς από τον 9ο αιώνα αποτελούσαν μια περαιτέρω απειλή. Μάλιστα, τα χρονικά καταγράφουν τουλάχιστον μία σκανδιναβική επιδρομή (αν και οι μοναχοί προφανώς κράτησαν την ψυχραιμία τους). Ωστόσο, όχι λιγότεροι από δώδεκα γενιές ασκητών διατήρησαν μια χριστιανική παρουσία εδώ. Γύρω στο 1200 μ.Χ., οι μεταβαλλόμενες εποχές και το κλίμα ανάγκασαν την κοινότητα να εγκαταλείψει την τοποθεσία. Οι μελετητές πιστεύουν ότι το μικρό νησί σταδιακά εκτέθηκε υπερβολικά: οι ψυχρότεροι χειμώνες και οι σπανιότεροι πόροι (ίσως προκλήθηκαν από τη Μεσαιωνική Κλιματική Ανωμαλία) έκαναν την επιβίωση αβάσταχτη. Οι μοναχοί λέγεται ότι μεταφέρθηκαν στο αβαείο του Μπάλινσκέλιγκς στην ηπειρωτική χώρα, αφήνοντας πίσω τις καλύβες τους και μια ζωντανή κληρονομιά προσκυνήματος.