Die Klostergeschichte von Sceilg Mhichíl (Skellig Michael) beginnt im frühen Mittelalter. Gälische christliche Mönche – höchstwahrscheinlich Anhänger eines Heiligen namens Fionán von Skellig oder der großen frühen irischen Tradition – gründeten hier zwischen dem 6. und 8. Jahrhundert eine Einsiedelei. Auf der Suche nach Einsamkeit und einem Leben im Gebet kletterten sie auf die Meeresklippen und errichteten eine Gemeinschaft von Unterständen weit über den Wellen. Diese Siedler waren Erben des Ideals des „Wüstenmönchtums“ – ähnlich den Wüstenvätern Ägyptens – und glaubten, dass die Abgeschiedenheit in einer wilden Landschaft sie Gott näher brachte. Wie ein Reiseführer es ausdrückt, suchten die Mönche von Skellig Michael „Abgeschiedenheit und spirituelle Erleuchtung an einem der entlegensten und unwirtlichsten Orte, die man sich vorstellen kann“.
Ihre raffinierte Konstruktion ist bis heute erhalten. Die Mönche bauten robusten Old Red Sandstone (dasselbe Gestein aus dem Devon, das auch die Küste von Kerry bildet) ab, um Bienenkorbhütten (Clocháns) und andere Bauten auf einer terrassenförmigen Plattform auf dem Nordgipfel zu errichten. Jede runde Hütte erhebt sich aus Kragsteinschichten, ihr konisches Dach wird von horizontalen Abdecksteinen abgerundet. Von außen sind die Hütten glatt rund; innen befinden sich quadratische oder rechteckige Kammern, die von der Kragsteinkuppel eingerahmt werden. Diese präzise Form hielt Regen und Wind ab: Ein moderner Reiseführer bemerkt, sie seien „sorgfältig gebaut, um zu verhindern, dass auch nur ein einziger Regentropfen eindringt“.
Mindestens sechs Steinzellen (von Archäologen oft als Zellen A–F bezeichnet) stehen noch, jede etwa 5 m hoch und 3–5 m breit. Diese Kragsteinhütten beherbergten Mönche zu zweit, möglicherweise mit durch Mauervorsprünge gestützten Schlafböden. Die größte Hütte (Zelle A) misst innen etwa 14,5 × 3,8 m und diente möglicherweise als Ort gemeinschaftlicher Aktivitäten. In der Nähe befinden sich zwei winzige Oratorien (eines bootförmig, eines rechteckig), in denen sich die Brüder zum Gebet versammelten. Die schmale Ost-West-Kirche – die St.-Michaels-Kirche – wurde im 10. oder 11. Jahrhundert hinzugefügt, wahrscheinlich um die Weihe des Klosters an den Erzengel zu feiern (ihr Name taucht bereits 1044 n. Chr. auf).
Alle diese Gebäude sind trocken und ohne Mörtel errichtet. Über der Terrasse, auf der sie stehen, führen lange Steintreppen von den Landungsbuchten durch die Ruinen hinauf. Heute müssen Besucher 618 steile, unebene Stufen – fast 180 Höhenmeter – erklimmen, um den Klosterkern zu erreichen. Für die mittelalterlichen Mönche war der Aufstieg Teil ihres Opfers. Ein Beobachter des 19. Jahrhunderts beschrieb den Anblick so: „Das Gefühl der Einsamkeit, der weite Himmel über uns und die erhabene, monotone Bewegung des Meeres unter uns würden den Geist bedrücken … wäre dieser Geist nicht in Einklang gebracht.“
Unterhalb des Klosters liegt ein kleiner Friedhof, der durch einfache Steinkreuze und -platten gekennzeichnet ist. Hier wurden menschliche Überreste unter Kreuzen gefunden, was darauf hindeutet, dass ein Inselfriedhof den Mönchen oder späteren Pilgern diente. In der Nähe erkennt man die schwachen Umrisse eines Brunnens – zweifellos eine wertvolle Quelle für frisches Wasser auf dem kargen Felsen. Der gesamte Komplex ist ein Wunderwerk mittelalterlicher Handwerkskunst: Trockenmauern bilden Terrassen, Einfriedungen und Pflaster, die nahezu unversehrt erhalten sind.
Die Inselbewohner lebten in erstaunlicher Not. Da nur der flache Boden auf Terrassen lag, wuchsen in den Gärten vielleicht etwas Gerste oder Weizen, doch die Nahrung der Mönche bestand größtenteils aus dem Meer. Frühe Berichte erwähnen, dass Fisch, Seevogeleier, Fleisch und Öl (aus Tölpel- oder Papageientaucherspeck) Grundnahrungsmittel waren. Schwarzschnabel-Sturmtaucherhöhlen, Sturmschwalbennester und Papageitaucherkolonien lieferten Eier und Fleisch; auch Gänse und Enten nisteten möglicherweise. Eine spätere Chronik beklagte, dass „der Vogelreichtum des Felsens die Ernte zu einem Verbrechen macht“, da fast jedes Nahrungsmittel Eier legte.
Das Leben war nicht leicht. Das Wetter auf Skellig Michael ist bekanntlich rau: Atlantikstürme, salzige Winde und kalte See peitschten gegen die Klippen. Die Wikinger aus dem 9. Jahrhundert stellten eine weitere Bedrohung dar; tatsächlich verzeichnen Annalen mindestens einen nordischen Überfall (dem die Mönche jedoch offenbar standhielten). Dennoch hielten nicht weniger als zwölf Generationen von Asketen hier eine christliche Präsenz aufrecht. Um 1200 n. Chr. zwangen sich die Gemeinde aufgrund von Zeit- und Klimaveränderungen, den Ort zu verlassen. Wissenschaftler glauben, dass die kleine Insel allmählich zu exponiert war: Kältere Winter und knappere Ressourcen (vielleicht verursacht durch die mittelalterliche Klimaanomalie) machten ein Überleben unhaltbar. Die Mönche zogen angeblich in die Abtei von Ballinskelligs auf dem Festland um und ließen ihre Hütten und ein lebendiges Erbe der Pilgerfahrt zurück.