Malteški ustav proglašava katolicizam službenom religijom, bez obzira na uspostavljenu zaštitu vjerskih sloboda.
Rimokatolicizam je najrasprostranjenija religija na Malti. Malteški ustav definira katolicizam kao zvaničnu religiju, koja je također zastupljena u mnogim aspektima malteške kulture.
Na Malti, Gozu i Cominu postoji oko 360 crkava ili jedna na svakih 1,000 stanovnika. Župna crkva (malteški: “il-parroa” ili “il-knisja parrokkjali”) je arhitektonsko i geografsko središte svakog malteškog grada i zaseoka, kao i izvor građanskog ponosa. Ovaj općinski ponos izložen je na lokalnim seoskim feštama, kojima se slavi zaštitnik svake župe uz koračnice, vjerske procesije, posebne mise, pirotehniku (posebno petarde) i druge svečanosti.
Malta je Apostolska Stolica; Dela apostolska govore o svetom Pavlu koji je doživeo brodolom na ostrvu „Melite“, koje mnogi proučavaoci Biblije identifikuju kao Maltu, na svom putovanju iz Jerusalima u Rim da mu se sudi, događaj koji se dogodio oko 60. godine nove ere. Sv. Pavle proveo je tri meseca na ostrvu na svom putovanju u Rim, kako se navodi u Delima apostolskim, lečeći bolesne, uključujući oca Publija, „glavnog čoveka ostrva“. Ova priča je povezana sa nizom različitih tradicija. Vjeruje se da se brodolom dogodio u onome što je danas poznato kao zaljev Svetog Pavla. Sveti Publije, malteški svetac, navodno je postao prvi biskup na Malti i pećina u Rabatu, sada poznata kao “Pećina Svetog Pavla” (i u čijoj se blizini nalaze dokazi o hrišćanskim sahranama i ritualima iz 3. veka nove ere otkriveno), jedno je od najranijih poznatih mjesta kršćanskog bogoslužja na otoku.
Katakombe na različitim lokacijama širom Malte, posebno katakombe Svetog Pavla i katakombe Svete Agate u blizini Rabata, odmah iza zidina Mdine, pružaju dodatne dokaze o kršćanskim aktivnostima i vjerovanjima u vrijeme rimskog progona. Potonji su bili posebno dobro oslikani između 1200. i 1480. godine, ali su Turci u invaziji oštetili nekoliko njih 1550-ih. Postoji i niz pećinskih crkava, kao što je pećina u Meliji, koja je svetište Gospinog rođenja, a tradicija kaže da je sveti Luka tamo naslikao portret Gospe. Od srednjeg vijeka je mjesto hodočašća.
Prema Delima Kalkedonskog sabora, izvesni Akakije je bio biskup Malte 451. godine nove ere (Melitenus Episcopus). Također je poznato da je izvjesni Konstantin, Episcopus Melitenensis, prisustvovao Petom vaseljenskom saboru 501. godine nove ere. Papa Grgur I otpustio je Tucila, Miletinae civitatis episcopus, 588. godine nove ere, a sveštenstvo i narod Malte su izabrali Trajana za njegovog naslednika 599. godine. Pre osvajanja ostrva, poslednji dokumentovani biskup Malte bio je Grk po imenu Manas, koji je potom bio zatvoren u Palermu.
Prema malteškom istoričaru Giovanni Francesco Abela, Maltežani su zadržali svoju kršćansku vjeru uprkos invaziji Fatimida nakon što su prešli na kršćanstvo od strane Svetog Pavla. Malta je u Abelinim djelima opisana kao božanski postavljeni „bedem kršćanske, evropske kulture protiv širenja mediteranskog islama“. U 12. i 13. veku, useljavanje na Maltu iz Italije ojačalo je lokalno hrišćansko stanovništvo koje je dočekalo Rodžera I Sicilije.
Vekovima je crkva na Malti bila podređena biskupiji Palerma, osim kada je bila pod Karlom Anžujskim, koji je birao biskupe za Maltu, kao što su to činili Španci, a kasnije i vitezovi u retkim prilikama. Od 1808. godine služili su svi malteški biskupi. Malta je postala odana katolička zemlja kakva je danas kao posledica normanskog i španskog doba, kao i autoriteta vitezova. Vrijedi spomenuti da je Ured inkvizitora Malte dugo ostao na ostrvu nakon njegovog osnivanja 1530. godine: posljednji inkvizitor je napustio ostrva 1798. godine, kada su se vitezovi predali trupama Napoleona Bonapartea. Nekoliko malteških porodica preselilo se na Krf pod Republikom Venecijom. Njihovi potomci čine oko dvije trećine od 4,000 katolika koji trenutno žive na ostrvu.
Sveci zaštitnici Malte su Sveti Pavle, Sveti Publije i Sveta Agata. Iako nije svetac zaštitnik, Sveti Georgije Preca (San ili Preca) je visoko cijenjen kao drugi malteški svetac koji je kanoniziran nakon Svetog Publija Malte, prvog priznatog sveca na Malti (kanoniziran 1634. godine). Papa Benedikt XVI ga je 3. juna 2007. proglasio svetim. Osim toga, određeni broj Maltežana je proglašen blaženima, posebno Maria Adeodata Pisani i Nazju Falzon, koje je papa Ivan Pavao II proglasio blaženim 2001. godine.
Malta je dom brojnih rimokatoličkih vjerskih redova, uključujući jezuite, franjevce, dominikanke i male sestre siromašnih.
Većina kongregacija lokalnih protestantskih crkava nisu Maltežani; njihove zajednice su sastavljene od brojnih britanskih penzionera koji borave na ostrvu, kao i turista iz mnogih drugih zemalja. U tom području ima oko 600 Jehovinih svjedoka. Svaka od crkava Isusa Krista svetaca posljednjih dana (LDS crkva), Biblijska baptistička crkva i Zajednica evangeličkih crkava ima oko 60 podružnica. Druge denominacijske crkve uključuju Škotsku crkvu St. Andrije u Valletti (mješovita prezbiterijanska i metodistička kongregacija) i anglikansku katedralu Svetog Pavla, kao i crkvu adventista sedmog dana u Birkirkari. Godine 1983. osnovana je kongregacija Novoapostolske crkve u Gwardamangii.
Židovsko stanovništvo Malte dostiglo je vrhunac pod normanskom kontrolom u srednjem vijeku. Maltu i Siciliju anektirali su Aragonci 1479. godine, a dekret Alhambre iz 1492. prisilio je sve Jevreje da pobjegnu iz nacije, dozvoljavajući im da ponesu samo nekoliko stvari sa sobom. Nekoliko stotina malteških Jevreja je možda prešlo na hrišćanstvo da bi ostali u naciji tokom tog vremena. Sada postoji samo jedna jevrejska skupština.
Zen budizam i Baha' vera imaju oko 40 pristalica.
Džamija Mariam Al-Batool jedina je muslimanska džamija u gradu. Muslimanska osnovna škola je upravo osnovana. Od procijenjenih 3,000 muslimana na Malti, otprilike 2,250 su imigranti, 600 su naturalizirani građani, a 150 su rođeni Maltežani.