Marseille je veliki francuski trgovački i industrijski centar sa dobrom tranzitnom infrastrukturom (putevi, morska luka i aerodrom). Aerodrom Marseille Provence je četvrti po veličini u Francuskoj. Francuski finansijski magazin L'Expansion je u maju 2005. godine ocenio Marsej kao najaktivniji od glavnih gradova Francuske, navodeći brojke koje pokazuju da je u gradu od 7,200. osnovano 2000 preduzeća. Marsej je takođe drugi najveći istraživački centar u Francuskoj, sa Univerzitetom Aix Marsej smještaj 3,000 istraživača. Metropolitansko područje Marseillea imalo je BDP od 60.3 milijarde dolara u 2014. godini, ili 36,127 dolara po glavi stanovnika (paritet kupovne moći).
luka
Ekonomiju Marseillea je historijski pokretala njegova funkcija luke Francuskog carstva koja povezuje sjevernoafričke posjede Alžira, Maroka i Tunisa sa metropolitanskom Francuskom. Tokom Drugog carstva, Port de la Joliette je zamijenio Staru luku kao glavna trgovačka luka, a u njoj se trenutno nalaze restorani, uredi, barovi i hoteli, kao i prvenstveno kao privatna marina. Većina luke i pristaništa, koji su propali 1970-ih za vrijeme naftne krize, nedavno su renovirani uz pomoć subvencija Evropske unije. Ribolov je još uvijek vitalan u Marseilleu, a lokalni ulov hrani gradsku prehrambenu ekonomiju; na Quai des Belges u Staroj luci i dalje se održava dnevna ribarnica.
Ekonomija i područje Marseja i dalje su neraskidivo vezani za njegovu trgovačku luku, prvu francusku luku i šestu evropsku luku po tonaži tereta, koja se nalazi sjeverno od Stare luke i istočno od Fos-sur-Mer. Lučke operacije podržavaju oko 45,000 radnih mjesta i donose 4 milijarde eura privredi ovog područja. Luka pretovari 100 miliona tona tereta svake godine, od čega 60 posto otpada na naftu, što je na prvom mjestu u Francuskoj i Mediteranu i trećem u Evropi. Međutim, početkom 2000-ih, kontinuirani štrajkovi i društveni nemiri ometali su razvoj kontejnerskog prometa. Sa 1,062,408 TEU, luka zauzima 20. mjesto u Europi po kontejnerskom prometu, a nova infrastruktura je već povećala kapacitet na 2 miliona TEU. Primarne industrije su prerada nafte i brodogradnja, iako su hemikalije, sapun, staklo, šećer, građevinski materijali, plastika, tekstil, maslinovo ulje i prerađena hrana također glavna roba. Marseille je povezan s Ronom preko kanala, što mu daje pristup velikoj francuskoj mreži plovnih puteva. Naftovodi transportuju naftu prema sjeveru do Pariskog basena. Osim toga, grad je glavni francuski centar za preradu nafte.