Zbog političke nestabilnosti i nedostataka u postupanju sa svojim kolonijama, posebno Indokinom i Alžirom, Francuska Četvrta republika je pala 1958. Francuski narod je podržao uspostavljanje Pete republike, a francuski predsjednik Charles de Gaulle je to jasno rekao 8. avgusta 1958. , da će francuske kolonije morati da biraju između veće autonomije u novoj francuskoj zajednici ili trenutne nezavisnosti na glasanju 28. septembra 1958. Ostale kolonije su izabrale prvu, ali je Gvineja odlučno glasala za nezavisnost, koju je predvodio Ahmed Sékou Touré, čiji je demokratski Stranka Gvineje (PDG) je osvojila 56 od 60 mjesta na teritorijalnim izborima 1957. Francuzi su ubrzo otišli, a Gvineja se proglasila suverenom i nezavisnom republikom 2. oktobra 1958. sa Sekuom Touréom kao predsjednikom.
Gvineja se brzo udružila sa Sovjetskim Savezom nakon odlaska Francuske i prihvatila komunističku politiku. Gvineja je, s druge strane, naginjala kineskom obliku socijalizma, a partnerstvo je kratko trajalo. Uprkos tome, kapitalističke nacije kao što su Sjedinjene Države nastavile su da pružaju pomoć i ulaganja zemlji. Čak su se i odnosi sa Francuskom poboljšali; trgovina je porasla nakon izbora Valéryja Giscarda d'Estainga za predsjednika Francuske, a dvije nacije su razmijenile zvanične posjete.
Touré je 1960. godine proglasio PDG jedinom legitimnom strankom. Vlada i PDG su se spojili naredne 24 godine. Touré je bio neosporan četiri sedmogodišnja mandata kao predsjednik, a birači su dobijali jedinstvenu listu kandidata PDG-a za Narodnu skupštinu svakih pet godina. Touré je ubrzo postao polarizirajući vođa, zagovarajući hibridni afrički socijalizam kod kuće i pan-afrički u inostranstvu, a njegova administracija je postala netolerantna na kritiku, zatvarajući stotine i gušeći štampu.
Tokom ovog perioda, gvinejska vlada je nacionalizirala teritoriju, smijenila francuske i tradicionalne vođe i prekinula odnose s francuskom vladom i preduzećima. Ekonomsko stanje Gvineje postalo je neizvjesno kao i njen diplomatski stav, kolebajući se između podrške Sovjetskom Savezu i (do kraja 1970-ih) podrške Sjedinjenim Državama. Touréova vlada je napala stvarne i zamišljene protivnike, tjerajući hiljade političkih protivnika u egzil, navodeći planove i zavjere protiv njega u zemlji i inostranstvu.
Godine 1970. trupe gvinejske opozicije u inostranstvu pomogle su portugalskim vojnicima iz susjedne portugalske Gvineje u operaciji Zeleno more, upadu u Gvineju. Portugalska vojska je nastojala ubiti ili uhapsiti Sekua Tourea zbog njegove podrške PAIGC-u, gerilskoj grupi koja djeluje u Portugalskoj Gvineji, između ostalog. Portugalske trupe su se povukle nakon što su ostvarile većinu svojih ciljeva nakon višednevnih intenzivnih borbi. Učestalost internih hapšenja i pogubljenja porasla je za vrijeme vladavine Sekua Touréa.
Spomenik koji obilježava vojni trijumf nad portugalskim napadom 1970. Jedini cilj koji portugalski napad nije uspio postići je hvatanje Ahmeda Sékoua Touréa.
Sékou Touré je umro 26. marta 1984. u Sjedinjenim Državama nakon operacije srca, a naslijedio ga je premijer Louis Lansana Beavogui, koji je trebao služiti kao privremeni predsjednik do novih izbora.
Dana 3. aprila 1984. PDG je trebao izabrati novog vođu. Ta osoba bi po ustavu bila jedini kandidat za predsjednika. Pukovnici Lansana Conté i Diarra Traoré, međutim, preuzeli su kontrolu u beskrvnom udaru samo nekoliko sati prije konferencije. Traoré je bio premijer do decembra, kada je Conté preuzeo dužnost predsjednika.
Conté je brzo osudio stanje ljudskih prava prethodnog režima, oslobodio 250 političkih zatvorenika i pozvao još 200,000 ljudi da se vrate iz egzila. Takođe je jasno stavio do znanja da napušta socijalizam, iako to ništa nije doprinijelo smanjenju siromaštva, a nacija nije pokazivala nikakve naznake napredovanja ka demokratiji.
Conté je proglasio obnovu civilne vlade 1992. godine, predsjedničkim izborima 1993. i parlamentarnim izborima 1995. (na kojima je njegova stranka – Partija jedinstva i napretka – osvojila 71 od 114 mjesta.) Contéova vlast je ostala jaka uprkos njegovoj moći. ispovedao privrženost demokratiji. Alpha Condé, opozicioni lider, zatvoren je u septembru 2001. godine zbog prijetnje nacionalnoj sigurnosti, ali je pušten osam mjeseci kasnije. Nakon toga odlazi u egzil u Francusku.
Conté je planirao i pobijedio na referendumu za produženje predsjedničkog mandata 2001. godine, a svoj treći mandat započeo je 2003. godine kada je opozicija bojkotirala izbore. Conté je izbjegao osumnjičeni pokušaj ubistva u januaru 2005. dok se rijetko pojavljivao u javnosti u Conakryju, glavnom gradu Gvineje. Njegovi klevetnici su ga nazivali "umornim tiraninom" čija je smrt bila neizbježna, dok su njegove pristalice mislile da pobjeđuje u ratu protiv neistomišljenika. Gvineja se i dalje suočava sa značajnim izazovima i, prema Foreign Policy, na ivici je da postane propala država.
Kada su pobunjenici prešli granice sa Liberijom i Sijera Leoneom 2000. godine, Gvineja se uključila u nestabilnost koja je dugo mučila ostatak zapadne Afrike i neko vreme se činilo da je nacija na ivici građanskog rata. Conté je tvrdio da su susjedni lideri zavidni na prirodnim bogatstvima Gvineje, ali su te optužbe oštro odbačene. Gvineja je 2003. pristala na sporazume sa svojim susjedima o borbi protiv pobunjenika. Protesti protiv administracije izbili su 2007. godine, a kulminirali su imenovanjem novog premijera.