Sljedećih 30 godina obilježili su politički preokreti. U oružanom puču 3. augusta 1975. predsjednik Ahmed Abdallah je svrgnut i zamijenjen članom Ujedinjenog nacionalnog fronta Komorskih ostrva (FNUK), princom Saidom Mohamedom Jaffarom. Januara 1976. Jaffar je smijenjen u korist Alija Soiliha, njegovog ministra odbrane.
Na dva referenduma održana u to vrijeme, građani Mayottea odlučili su se protiv nezavisnosti od Francuske. Prvi, 22. decembra 1974. godine, dobio je podršku od 63.8 posto za održavanje odnosa sa Francuskom, a drugi, u februaru 1976., dobio je zapanjujućih 99.4 posto. Predsjednik Soilih, koji je upravljao tri preživjela ostrva, implementirao je niz socijalističkih i izolacionističkih mjera koje su zategle veze s Francuskom. Bob Denard se vratio 13. maja 1978. godine, uz podršku francuske, rodezijske i južnoafričke vlade, da smijeni predsjednika Soiliha i vrati Abdallaha. Tokom Soilihove kratke vladavine, bio je podvrgnut još sedam pokušaja državnog udara prije nego što je svrgnut i ubijen.
Abdallahovo predsjedništvo, za razliku od Soilihovog, karakterizirala je autoritarna kontrola i veća odanost tradicionalnom islamu, a nacija je preimenovana u Saveznu islamsku Republiku Komori (République Fédérale Islamique des Comores; ). U strahu od državnog udara, Abdallah je ostao predsjednik do 1989. godine, kada je izdao proglas kojim naređuje predsjedničkoj gardi, kojom je komandovao Bob Denard, da razoruža oružane snage. Abdallaha je navodno ubio u svojoj kancelariji ljutiti vojni oficir ubrzo nakon što je dekret potpisan, ali kasniji izvještaji kažu da je protutenkovska raketa ispaljena u njegovu spavaću sobu i ubila ga. Uprkos činjenici da je Denard ranjen, vjeruje se da je Abdallahov ubica bio vojnik pod njegovom komandom.
Nekoliko dana kasnije francuski padobranci su Boba Denarda prevezli u Južnu Afriku. Predsjednik je kasnije postao Said Mohamed Djohar, Soilihov stariji polubrat, koji je vladao do septembra 1995. godine, kada se Bob Denard vratio i pokušao još jedan državni udar. Denard je bio primoran da se preda kada je Francuska intervenisala sa padobrancima. Đohara su Francuzi deportovali na Reunion, a za predsjednika je izabran Mohamed Taki Abdoulkarim, kojeg je podržavao Pariz. Bio je lider zemlje od 1996. do svoje smrti u novembru 1998. godine, tokom perioda obilježenog radničkim nemirima, represijom vlade i separatističkim ratovima. Privremeni predsjednik Tadjidine Ben Said Massounde preuzeo je dužnost njegovog nasljednika.
U nastojanju da povrate francuski suverenitet, ostrva Anžuan i Mohéli su 1997. godine proglasila nezavisnost od Komora. Međutim, Francuska se okrenula protiv njihovog zahteva, što je rezultiralo nasilnim sukobima između saveznih snaga i pobunjenika. Pukovnik Azali Assoumani, načelnik generalštaba, svrgnuo je privremenog predsjednika Massoundea u beskrvnom državnom udaru u aprilu 1999. godine, tvrdeći da je loše vođstvo pred krizom. Od proglašenja nezavisnosti 1975. godine, Komori su doživjeli 18 državnih udara ili pokušaja puča.
Azalijev neuspjeh da učvrsti vlast i povrati kontrolu nad ostrvima izazvao je svjetsku osudu. Afrička unija, koju predvodi južnoafrički predsjednik Thabo Mbeki, kaznila je Anžuan kako bi pomogla u procesu posredovanja i pomirenja. Formalno ime zemlje je promijenjeno u Unija Komora, a uspostavljen je novi sistem političke autonomije za svako ostrvo, kao i sindikalna uprava za tri ostrva.
Azali je stajao po strani 2002. godine kako bi se natjecao za predsjednika Komora na demokratskim izborima, na kojima je pobijedio. Kao vojni diktator koji je prvi došao na vlast silom i nije uvijek bio demokratski dok je bio na vlasti, Azali je vodio Komore kroz ustavne revizije koje su omogućile nove izbore, uprkos kontinuiranim međunarodnim kritikama. Početkom 2005. donesen je Zakon o nadležnostima, koji precizira dužnosti svakog vladinog tijela, a sada se primjenjuje. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, sunitski muslimanski sveštenik, nazvan “ajatolah” zbog godina studiranja islama u Iranu, pobijedio je na izborima 2006. godine. Azali je prihvatio rezultate izbora, omogućivši prvi miran i demokratski prijenos vlasti na arhipelagu.
Pukovnik Mohammed Bacar, bivši žandarm školovan u Francuskoj, preuzeo je kontrolu u Anžuanu 2001. U junu 2007. održao je referendum kako bi potvrdio svoje vodstvo, koje su savezna vlada Komorskih ostrva i Afrička unija osudile kao neustavno. Stotine vojnika iz Afričke unije i Komorskih ostrva napalo je Anžuan koji su držali pobunjenici 25. marta 2008, na radost lokalnog stanovništva: stotine, ako ne i hiljade, ljudi su mučeni pod Bacarovom vladavinom. Neki pobunjenici su ubijeni ili ranjeni, ali nema zvaničnih brojeva. U napadu je povrijeđeno najmanje 11 osoba. Jedan broj zvaničnika je zatvoren. Bacar je pobjegao u Mayotte, francusku enklavu u Indijskom okeanu, na gliseru kako bi potražio utočište. Na Komorima su izbile antifrancuske demonstracije.
Više od 20 državnih udara ili pokušaja puča dogodilo se na Komorima od proglašenja nezavisnosti od Francuske.
Dana 26. maja 2011., bivši potpredsjednik Ikililou Dhoinine položio je zakletvu kao predsjednik nakon izbora krajem 2010. Dhoininea, člana vladajuće stranke, na izborima je podržao predsjednik Ahmed Abdallah Mohamed Sambi. Dhoinine, farmaceut po struci, prvi je predsjednik Komora, porijeklom sa ostrva Mohéli.
