Хората Сан бяха местните обитатели на днешното Лесото. Примери за тяхното скално изкуство могат да се видят в планините на района.
През 1822 г. крал Мошошу I създава сегашния Лесото, известен тогава като Басутоланд, като единна държава. Moshoeshoe, синът на Mokhachane, второстепенен вожд на линията Bakoteli, създава свой собствен клан и се издига до известност около 1804 г. Между 1821 и 1823 г. той и неговите последователи живеят в планината Butha-Buthe, присъединявайки се към стари врагове в борбата срещу Lifaqane, който е свързан с управлението на Шака Зулу от 1818 до 1828 г.
След британското превземане на Кейпската колония от съюзниците на Франция холандци през 1795 г., последващото развитие на държавата се основава на спорове между британски и холандски колонисти, бягащи от Кейпската колония и по-късно свързани със суверенитета на река Оранжева и последвалата Оранжева свободна държава. Между 1837 и 1855 г. Moshoeshoe I приветства мисионери от Парижкото евангелско мисионерско общество, Томас Арбусе, Йожен Казалис и Констант Госелин, в Мория, където създадоха правопис и печатни произведения на езика сесото. Казалис, който служи като преводач и предоставя външнополитически съвети, подпомага установяването на дипломатически канали и придобиването на оръжия за използване срещу нахлуващите европейци и народа Грикуа.
Започвайки през май – юни 1838 г., трекбори от Капската колония пристигат на западните граници на Басутоланд и претендират за права върху земята, като се започне от Ян де Винаар, който се установява в региона Матлакенг. Тъй като допълнителни бури се преместват в региона, те се опитват да колонизират земята между двете реки, дори на север от Каледон, като казват, че хората от Сото са я изоставили. След това Moshoeshoe подписва договор с британския губернатор на колонията на Кейп, сър Джордж Томас Нейпиър, който анексира суверенитета на Ориндж Ривър, където са живели много бури. През 1848 г. тези разярени бури са победени в кратък конфликт. Британска армия е разбита от армията на Басото при Колоняма през 1851 г., което предизвиква унизителен конфликт за британците. След отблъскване на друго британско нападение през 1852 г., Moshoeshoe се обръща към британския командир, което води до дипломатическо споразумение, преди да победи Батлокоа през 1853 г.
Британците се оттеглят от района през 1854 г., а през 1858 г. Moshoeshoe води серия от битки срещу бурите във войната на свободната държава – Басото, губейки голяма част от западните низини. Предишният конфликт приключи през 1867 г., когато Moshoeshoe подаде петиция на кралица Виктория, която се съгласи да установи Басутоланд като британски протекторат през 1868 г. През 1869 г. британците договориха договор с бурите в Aliwal North, който установи границите на Basutoland, а впоследствие и на Лесото, което по същество намалява Кралството на Moshoeshoe до половината от предишния си размер чрез предаване на западните провинции.
След цесията през 1869 г., британците първо преместват задълженията от столицата на Мошошу в Таба Босиу в полицейски лагер на северозападната граница Масеру, докато Басутоланд не е администриран от Капската колония през 1871 г. Мошошу умира на 11 март 1870 г. период към края и началото на колониалната ера. Погребан е в Таба Босиу. Между 1871 и 1884 г., през първите години на британската администрация, Басутоланд се третира подобно на други области, които са били придобити насила, за голямо неудоволствие на Басото. Това доведе до оръжейната война от 1881 г. Статутът на Басутоланд като протекторат е възстановен през 1884 г., като Масеру е възстановен като негова столица, въпреки че остава обект на пряк контрол от губернатор, въпреки ефективната вътрешна власт, притежавана от традиционните вождове.
Басутоланд получава независимост от Великобритания през 1966 г. и става Кралство Лесото.
Управляващата Basotho National Party (BNP) загуби първите общи избори след обявяването на независимостта през януари 1970 г., с 23 места срещу 36-те от партия Basotoland Congress. Премиерът Leabua Jonathan отказа да предаде властта на Basotho Congress Party (BCP), като се обяви Тона Холо (сесото за „премиер“) и затваряне на ръководството на БКП.
BCP започна бунт и впоследствие получи обучение в Либия за своята Армия за освобождение на Лесото (LLA), докато се представяше за войски на Азанската народноосвободителна армия (APLA) от Панафриканския конгрес (PAC). 178-членният LLA беше спасен от тяхната танзанийска база с финансовата помощ на маоистки служител на PAC през 1978 г., след като беше лишен от оръжия и доставки от фракцията Sibeko на PAC, но те започнаха партизанската кампания само с шепа остарели огнестрелни оръжия. . След като основната армия беше унищожена в Северно Лесото, бунтовниците извършиха периодични, но като цяло неефективни атаки. Когато ръководителят на БКП Нцу Мокхехле се премести в Претория, кампанията беше сериозно засегната. В началото на 1980-те години на миналия век администрацията на Леабуа Джонатан сплаши и нападна много басото, които симпатизираха на БКП в изгнание. Семейството на Бенджамин Масило е нападнато през септември 1981 г. Едгар Махломола Мотуба е отвлечен и убит няколко дни по-късно.
От 1966 г. до януари 1970 г. БНП управлява страната. Това, което последва, беше де факто администрация, оглавявана от д-р Леабуа Джонатан до 1986 г., когато беше свалена чрез военен преврат. KingMoshoeshoe II, който преди това е бил церемониален крал, получи изпълнителни правомощия от Преходния военен съвет, който дойде на власт. Кралят обаче беше прогонен в изгнание през 1987 г., след като представи меморандум от шест страници, очертаващ визията си за конституцията на Лесото, която би му предоставила по-големи изпълнителни правомощия, ако военното правителство се съгласи. Синът му е коронясан за крал Летси III.
Генерал-майор Джъстин Метсинг Леханя, ръководител на военната хунта, беше свален през 1991 г. и заменен от генерал-майор Елиас Фисоана Рамаема, който подаде контрола върху демократично избраната администрация на БКП през 1993 г. Мошошу II се завърна от изгнание като редовен гражданин през 1992 г. След възстановяването на демократичното управление крал Летси III безуспешно се опитва да убеди администрацията на БКП да възстанови баща му (Мошошу II) като държавен глава.
След като администрацията на БКП не успя да възстанови баща му Мошошу II, според конституцията на Лесото, Летси III предприе подкрепен от военни преврат, който свали правителството на БКП през август 1994 г. Новата администрация не беше напълно призната от международната общност. Държавите-членки на Южноафриканската общност за развитие (SADC) преговарят за възстановяване на правителството на BCP. Едно от изискванията, които Летси III предложи, беше баща му да бъде преназначен като държавен глава. След продължителни преговори правителството на БКП беше възстановено и Летси III абдикира в полза на баща си през 1995 г., но се възкачи отново на трона, когато Мошошу II загина на петдесет и седем години при предполагаем пътен инцидент, когато колата му падна от планина път в ранните часове на 15 януари 1996 г. Според властите, Moshoeshoe е тръгнал в 1 часа сутринта, за да види добитъка си в Matsieng и се е връщал в Maseru през планините Maluti, когато автомобилът му е излязъл от пътя.
Управляващата БКП се разцепи през 1997 г. поради разногласия в ръководството. Премиерът Нцу Мокеле създаде нова партия, Лесото конгрес за демокрация (LCD), и беше подкрепен от мнозинството от парламентаристите, което му позволи да формира нова администрация. Пакалита Мосисили пое поста лидер на партията, когато Мокеле почина и LCD спечели общите избори през 1998 г. Въпреки факта, че изборите бяха счетени за свободни и честни от местни и международни наблюдатели, както и от специална комисия, създадена от SADC, опозицията политическите партии оспориха резултатите.
Протестите на опозицията в страната нарастват по интензитет, като кулминацията им е мирен митинг пред кралския дворец през август 1998 г. Точните подробности за случилото се по-нататък се обсъждат горещо както в Лесото, така и в Южна Африка. Докато войниците от Силите за отбрана на Ботсвана бяха добре дошли, напрежението с персонала на Националните отбранителни сили на Южна Африка беше високо, което кулминираше с насилие. Спорадичните бунтове станаха по-чести, когато южноафрикански войници издигнаха южноафриканско знаме над Кралския дворец. По времето, когато войските на SADC напуснаха през май 1999 г., по-голямата част от града на Масеру беше в руини, докато столиците на южната провинция Мафетенг и Мохале Хук бяха загубили повече от една трета от търговските си имоти. В конфликта бяха убити и няколко южноафриканци и басото.
През декември 1998 г. е създаден Временен политически орган (IPA) със задачата да оцени изборната система в страната. За да гарантира, че опозицията е представена в Народното събрание, ИПА разработи пропорционална избирателна система. Новият метод запази сегашните 80 избрани членове на Асамблеята, но добави 40 пропорционално запълнени места. През май 2002 г. бяха проведени избори по тази нова система и LCD спечели отново с 54 процента от гласовете. Въпреки това, за първи път опозиционните политически партии спечелиха значителен брой места и Лесото проведоха първите си мирни избори, въпреки дребните аномалии и заплахите за насилие от страна на генерал-майор Леханя. Всичките 40 пропорционални места сега се държат от девет опозиционни партии, като най-голям дял има БНП (21). LCD контролира 79 от 80 места в избирателния район. Въпреки факта, че избраните от нея депутати служат в Народното събрание, БНП е отправяла множество правни оспорвания на изборите, включително повторно преброяване, но нито едно не е било успешно.
На 30 август 2014 г. се извършва опит за военен преврат, който кара действащият министър-председател да избяга в Южна Африка за кратък период от време.