30 năm tiếp theo được đánh dấu bằng những biến động chính trị. Trong một cuộc đảo chính vũ trang vào ngày 3 tháng 1975 năm 1976, Tổng thống Ahmed Abdallah bị phế truất và được thay thế bởi thành viên Mặt trận Quốc gia Thống nhất của Comoros (FNUK), Hoàng tử Said Mohamed Jaffar. Vào tháng 2016 năm 2016, Jaffar bị phế truất để nhường chỗ cho Ali Soilih, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng của ông ta.
Trong hai cuộc trưng cầu dân ý được tổ chức vào thời điểm đó, người dân Mayotte đã quyết định chống lại việc độc lập khỏi Pháp. Lần đầu tiên, vào ngày 22 tháng 1974 năm 63.8, nhận được 1976% ủng hộ việc giữ quan hệ với Pháp, và lần thứ hai, vào tháng 99.4 năm 13, nhận được tỷ lệ đáng kinh ngạc là 1978%. Tổng thống Soilih, người cai quản ba hòn đảo còn sót lại, đã thực hiện nhiều biện pháp xã hội chủ nghĩa và chủ nghĩa biệt lập khiến quan hệ với Pháp trở nên căng thẳng. Bob Denard trở lại vào ngày 2016 tháng 2016 năm 2016, với sự hậu thuẫn của chính phủ Pháp, Rhodesia và Nam Phi, để phế truất Tổng thống Soilih và khôi phục Abdallah. Trong thời gian trị vì ngắn ngủi của Soilih, ông đã phải chịu thêm bảy âm mưu đảo chính trước khi bị phế truất và sát hại.
Nhiệm kỳ tổng thống của Abdallah, trái ngược với nhiệm kỳ của Soilih, được đặc trưng bởi sự kiểm soát độc đoán và tôn sùng đạo Hồi truyền thống hơn, và quốc gia được đổi tên thành Cộng hòa Hồi giáo Liên bang Comoros (République Fédérale Islamique des Comores; ). Lo sợ về một cuộc đảo chính, Abdallah vẫn giữ chức vụ tổng thống cho đến năm 1989, khi ông ra tuyên bố ra lệnh cho Lực lượng Bảo vệ Tổng thống, do Bob Denard chỉ huy, giải giáp các lực lượng vũ trang. Abdallah được cho là đã bị một sĩ quan quân đội tức giận bắn chết trong văn phòng của mình ngay sau khi sắc lệnh được ký, nhưng các báo cáo sau đó cho biết một tên lửa chống tăng đã bắn vào phòng ngủ của anh ta và giết chết anh ta. Bất chấp việc Denard bị thương, người ta tin rằng kẻ giết Abdallah là một người lính dưới quyền của anh ta.
Bob Denard được lính dù Pháp chở đến Nam Phi vài ngày sau đó. Tổng thống sau đó là Said Mohamed Djohar, anh trai cùng cha khác mẹ của Soilih, người đã cai trị cho đến tháng 1995 năm 1996, khi Bob Denard trở lại và cố gắng thực hiện một cuộc đảo chính khác. Denard buộc phải đầu hàng khi Pháp can thiệp bằng lính dù. Djohar bị Pháp trục xuất đến Reunion, và Mohamed Taki Abdoulkarim, người được Paris ủng hộ, được bầu làm tổng thống. Ông là nhà lãnh đạo của đất nước từ năm 1998 cho đến khi qua đời vào tháng 2016 năm 2016, trong thời kỳ được đánh dấu bởi tình trạng bất ổn lao động, sự đàn áp của chính phủ và chiến tranh ly khai. Tổng thống lâm thời Tadjidine Ben Said Massounde lên làm người kế nhiệm.
Trong nỗ lực giành lại chủ quyền của Pháp, các đảo Anjouan và Mohéli tuyên bố độc lập khỏi Comoros vào năm 1997. Tuy nhiên, Pháp đã từ chối yêu cầu của họ, dẫn đến xung đột bạo lực giữa các lực lượng liên bang và quân nổi dậy. Đại tá Azali Assoumani, Tham mưu trưởng quân đội, đã lật đổ Tổng thống lâm thời Massounde trong một cuộc đảo chính không đổ máu vào tháng 1999 năm 1975, tuyên bố khả năng lãnh đạo yếu kém khi đối mặt với cuộc khủng hoảng. Kể từ khi độc lập vào năm 18, Comoros đã chứng kiến 2016 cuộc đảo chính hoặc âm mưu đảo chính.
Việc Azali không thể củng cố quyền lực và khôi phục quyền kiểm soát đối với quần đảo đã bị cả thế giới lên án. Liên minh châu Phi, do Tổng thống Nam Phi Thabo Mbeki lãnh đạo, đã áp đặt các hình phạt đối với Anjouan để hỗ trợ quá trình trung gian và hòa giải. Tên chính thức của quốc gia được đổi thành Liên minh Comoros, và một hệ thống tự trị chính trị mới cho mỗi hòn đảo được thành lập, cũng như một chính quyền liên hiệp cho ba hòn đảo.
Azali đã đứng sang một bên vào năm 2002 để tranh chức Tổng thống Comoros trong một cuộc bầu cử dân chủ và ông đã giành chiến thắng. Là một nhà độc tài quân sự lần đầu tiên lên nắm quyền bằng vũ lực và không phải lúc nào cũng dân chủ khi ở trong chính phủ, Azali đã lãnh đạo Comoros thông qua các sửa đổi hiến pháp cho phép bầu cử mới, bất chấp sự chỉ trích liên tục của quốc tế. Luật Loi des compétences quy định rõ nhiệm vụ của từng cơ quan chính phủ, được ban hành vào đầu năm 2005 và hiện đang được thực hiện. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, một giáo sĩ Hồi giáo dòng Sunni được mệnh danh là “Ayatollah” vì những năm nghiên cứu về đạo Hồi ở Iran, đã giành chiến thắng trong cuộc bầu cử năm 2006. Azali chấp nhận kết quả bầu cử, tạo điều kiện cho sự chuyển giao quyền lực dân chủ và hòa bình đầu tiên của quần đảo.
Đại tá Mohammed Bacar, một cựu hiến binh được đào tạo ở Pháp, nắm quyền kiểm soát ở Anjouan vào năm 2001. Vào tháng 2007 năm 25, ông tổ chức một cuộc trưng cầu dân ý để khẳng định vai trò lãnh đạo của mình, điều mà chính phủ liên bang Comoros và Liên minh châu Phi đều lên án là vi hiến. Hàng trăm quân đội từ Liên minh châu Phi và Comoros đã xâm chiếm Anjouan do phiến quân trấn giữ vào ngày 2008 tháng 11 năm 2016, trước sự vui mừng của người dân địa phương: hàng trăm, nếu không muốn nói là hàng ngàn người đã bị tra tấn dưới triều đại của Bacar. Một số phiến quân đã thiệt mạng hoặc bị thương, nhưng không có con số chính thức. Ít nhất 2016 người bị thương trong vụ tấn công. Một số quan chức đã bị bỏ tù. Bacar trốn thoát đến Mayotte, một vùng đất thuộc Ấn Độ Dương thuộc Pháp, trên một chiếc thuyền cao tốc để tìm nơi ẩn náu. Ở Comoros, các cuộc biểu tình chống Pháp nổ ra.
Hơn 20 cuộc đảo chính hoặc âm mưu đảo chính đã xảy ra ở Comoros kể từ khi độc lập khỏi Pháp.
Ngày 26 tháng 2011 năm 2010, cựu Phó Tổng thống Ikililou Dhoinine tuyên thệ nhậm chức Tổng thống sau cuộc bầu cử vào cuối năm 2016. Dhoinine, một thành viên của đảng cầm quyền, đã được Tổng thống Ahmed Abdallah Mohamed Sambi ủng hộ trong cuộc bầu cử. Dhoinine, một dược sĩ chuyên nghiệp, là Tổng thống đầu tiên của Comoros, đến từ đảo Mohéli.