Alvaro Caminha, 1493'te São Tomé'yi kurdu. Portekizliler, şeker kamışı topraklarının peşinde So Tomé'ye geldi. 1470'de Portekizlilerin gelişinden önce, ada ıssızdı. Yani Tomé ekvatora yakındı ve şeker kamışının yabani olarak yetişmesine yetecek kadar nemliydi.
Afrika Kongo Krallığı'na yakınlığı, gelecekte şeker tarlaları için bir köle emeği arzı sundu.
Sao Tome şehri, on altıncı yüzyıldan kalma bir katedralin etrafına inşa edilmiştir. 1575 yılında tamamlanan ve şimdi So Tomé Ulusal Müzesi olan Fort So Sebastio, başka bir erken yapıdır.
Şehir ve adalar 1599'da iki günlüğüne, ardından 1641'de bir yıllığına Hollandalılar tarafından ele geçirildi. Portekiz kolonisi Sao Tome ve Principe'nin başkentiydi ve 1975'ten beri bağımsız Sao ülkesinin başkentiydi. Tome ve Principe.
Sao Tome'nin iklimi tropikal ıslak ve kurak, uzun yağışlı mevsim ve kısa kurak mevsim.
Yağışlı mevsim Ekim'den Mayıs'a kadar sürer, kurak mevsim ise sonraki dört ay sürer.
Şehrin sıcaklıkları, ortalama 30 santigrat derece (86 derece Fahrenhayt) ve ortalama 22 santigrat derece (72 derece Fahrenhayt) ile oldukça tutarlıdır.
S. Tomé Adası'nın kuzeydoğusundaki Ana Chaves Körfezi'nde yer alan S. Tomé, önemli bir limandır ve Ilhéu das Cabras, kıyıya bitişik konumdadır. Yani Tomé Santana'nın kuzeybatısında, Trindade'nin kuzeydoğusunda ve Guadalupe'nin güneydoğusunda yer alır. Bu yerleşim yerlerine, en önemlisi tüm So Tome adasını çevreleyen otoyol olan bir dizi yolla bağlıdır. Haftalık bir tekne onu Cape Verde'ye bağlar.
