San halkı, şimdiki Lesoto'nun yerli sakinleriydi. Kaya sanatının örnekleri bölgenin dağlarında görülebilir.
1822'de Kral I. Moshoeshoe, o zamanlar Basutoland olarak bilinen mevcut Lesoto'yu tek bir devlet olarak kurdum. Bakoteli soyundan küçük bir şef olan Mokhachane'nin oğlu Moshoeshoe, kendi klanını kurdu ve 1804'te öne çıktı. 1821 ve 1823 yılları arasında, o ve takipçileri, Lifaqane'ye karşı savaşta eski düşmanlara katılarak Butha-Buthe Dağı'nda yaşıyordu. 1818'den 1828'e kadar Shaka Zulu'nun kuralıyla bağlantılıydı.
İngilizlerin Cape Colony'yi 1795'te Fransız müttefiki Hollandalılardan devralmasının ardından, devletin sonraki gelişimi, Cape Colony'den kaçan ve daha sonra Orange River Egemenliği ve ardından Orange Free State ile bağlantılı olan İngiliz ve Hollandalı sömürgeciler arasındaki anlaşmazlıklara dayanıyordu. 1837 ve 1855 arasında Moshoeshoe, Paris Evanjelik Misyoner Cemiyeti, Thomas Arbousset, Eugène Casalis ve Constant Gosselin'den misyonerleri, Sesotho dilinde imla ve basılı eserler kurdukları Morija'ya davet etti. Tercümanlık yapan ve dış politika danışmanlığı yapan Casalis, diplomatik kanalların kurulmasına ve işgalci Avrupalılara ve Griqua halkına karşı kullanılacak silahların elde edilmesine yardımcı oldu.
Mayıs-Haziran 1838'den başlayarak, Cape Colony'den yürüyüşçüler Basutoland'ın batı sınırlarına geldi ve Matlakeng bölgesinde kurulan Jan de Winnaar'dan başlayarak toprak hakları talep etti. Ek Boerler bölgeye yerleştikçe, Sotho halkının burayı terk ettiğini söyleyerek, Caledon'un kuzeyinde bile iki nehir arasındaki araziyi kolonileştirmeye çalıştılar. Bunu takiben, Moshoeshoe, Cape Colony'nin İngiliz Valisi Sir George Thomas Napier ile birçok Boer'in ikamet ettiği Orange River Egemenliğini ilhak eden bir sözleşme imzaladı. 1848'de, bu öfkeli Boerler kısa bir çatışmada yenildiler. 1851'de Kolonyama'da bir İngiliz kuvveti Basotho ordusu tarafından dövüldü ve İngilizler için aşağılayıcı bir çatışmaya yol açtı. 1852'de başka bir İngiliz saldırısını püskürttükten sonra, Moshoeshoe, 1853'te Batlokoa'yı yenmeden önce İngiliz komutanına bir diplomatik çözümle sonuçlanan bir çağrı yaptı.
İngilizler 1854'te bölgeden çekildi ve 1858'de Moshoeshoe, Özgür Devlet-Basotho Savaşı'nda Boers'a karşı bir dizi savaş yaparak batı ovalarının büyük bir bölümünü kaybetti. Önceki çatışma 1867'de Moshoeshoe'nun 1868'de Basutoland'ı bir İngiliz himayesi altına almaya rıza gösteren Kraliçe Victoria'ya dilekçe vermesiyle sona erdi. 1869'da İngilizler, Kuzey Aliwal'daki Boers ile Basutoland'ın ve ardından Lesotho'nun sınırlarını belirleyen bir sözleşme müzakere etti. Moshoeshoe Krallığı, batı eyaletlerini teslim ederek eski boyutunun yarısına indirdi.
1869'daki devrin ardından, İngilizler ilk olarak Moshoeshoe'nun başkenti Thaba Bosiu'dan, 1871'de Basutoland Cape Colony tarafından idare edilene kadar, kuzeybatı sınırındaki Maseru'daki bir polis kampına taşıdı. Moshoeshoe, 11 Mart 1870'de öldü. bir kapanışa ve sömürge döneminin başlangıcına doğru bir dönem. Thaba Bosiu'da toprağa verildi. 1871-1884 yılları arasında, İngiliz yönetiminin ilk yıllarında, Basutoland, Basotho'nun hoşnutsuzluğuna rağmen, zorla edinilen diğer alanlara benzer şekilde ele alındı. Bu, 1881 Silah Savaşı ile sonuçlandı. Basutoland'ın bir koruyucu olarak statüsü, 1884'te Maseru'nun başkenti olarak yeniden kurulmasıyla restore edildi, ancak etkin iç otoritenin geleneksel şefler tarafından tutulmasına rağmen, bir vali tarafından doğrudan kontrole tabi kaldı.
Basutoland, 1966'da İngiltere'den bağımsızlığını kazandı ve Lesoto Krallığı oldu.
İktidardaki Basotho Ulusal Partisi (BNP), Ocak 1970'de, Basutoland Kongre Partisi'nin 23 sandalyesine karşı 36 sandalyeyle bağımsızlık sonrası ilk genel seçimleri kaybetti. Tona Kholo ("başbakan" için Sesotho) ve BCP liderliğini hapsetmek.
BCP bir isyan başlattı ve ardından Pan Africanist Kongresi'nin (PAC) Azanya Halk Kurtuluş Ordusu (APLA) birlikleri olarak poz verirken Lesoto Kurtuluş Ordusu (LLA) için Libya'da eğitim aldı. 178 kişilik LLA, PAC'nin Sibeko hizbi tarafından silah ve erzaktan yoksun bırakıldıktan sonra 1978'de Maoist bir PAC yetkilisinin mali yardımı ile Tanzanya üssünden kurtarıldı, ancak gerilla kampanyasına sadece bir avuç eski ateşli silahla başladılar. . Ana ordu kuzey Lesoto'da yok edildikten sonra, isyancılar aralıklı ama genellikle etkisiz saldırılar düzenlediler. BCP'nin başkanı Ntsu Mokhehle Pretoria'ya taşındığında, kampanya ciddi şekilde zarar gördü. 1980'lerin başında, Leabua Jonathan yönetimi, sürgündeki BCP'ye sempati duyan birçok Basotho'yu korkuttu ve onlara saldırdı. Benjamin Masilo'nun ailesi Eylül 1981'de saldırıya uğradı. Edgar Mahlomola Motuba birkaç gün sonra kaçırıldı ve öldürüldü.
1966'dan Ocak 1970'e kadar BNP ülkeyi yönetti. Bunu, askeri darbeyle devrildiği 1986 yılına kadar Dr. Leabua Jonathan başkanlığında fiili bir yönetim izledi. Daha önce tören kralı olan KingMoshoeshoe II'ye, iktidara gelen Askeri Geçiş Konseyi tarafından yürütme yetkileri verildi. Bununla birlikte, Kral, askeri hükümet kabul etseydi ona daha fazla yürütme yetkisi verecek olan Lesoto anayasası için vizyonunu özetleyen altı sayfalık bir muhtıra sunduktan sonra 1987'de sürgüne gönderildi. Oğlu Kral Letsie III olarak taç giydi.
Askeri cuntanın başı olan Tümgeneral Justin Metsing Lekhanya 1991 yılında görevden alındı ve yerine, kontrolü 1993 yılında demokratik olarak seçilmiş bir BCP yönetimine devreden Tümgeneral Elias Phisoana Ramaema geçti. Moshoeshoe II, 1992 yılında sürgünden normal bir vatandaş olarak döndü. Demokratik yönetimin restorasyonunun ardından, Kral Letsie III, BCP yönetimini babasını (Moshoeshoe II) devlet başkanı olarak geri getirmeye ikna etmeye çalıştı ancak başarısız oldu.
BCP yönetiminin babası II. Moshoeshoe'yu restore edememesinin ardından, Lesotho anayasasına göre Letsie III, Ağustos 1994'te BCP hükümetini deviren askeri destekli bir darbe başlattı. Yeni yönetim uluslararası toplum tarafından tam olarak tanınmadı. Güney Afrika Kalkınma Topluluğu (SADC) üye ülkeleri, BCP hükümetinin restorasyonu için pazarlık yapıyor. Letsie III'ün önerdiği şartlardan biri, babasının yeniden devlet başkanı olarak atanmasıydı. Uzun müzakerelerden sonra, BCP hükümeti yeniden göreve getirildi ve Letsie III 1995'te babası lehine tahttan çekildi, ancak II. Moshoeshoe elli yedi yaşında arabasının bir dağdan düşmesi sonucu bir trafik kazasında öldüğü iddia edildiğinde tahta yeniden yükseldi. Yetkililere göre, Moshoeshoe, Matsieng'deki hayvanlarını görmek için sabah 15'de yola çıktı ve aracı yoldan çıktığında Maluti Dağları üzerinden Maseru'ya dönüyordu.
Yönetimdeki BCP, liderlik anlaşmazlıkları nedeniyle 1997'de ayrıldı. Başbakan Ntsu Mokhehle yeni bir parti olan Lesoto Demokrasi Kongresi'ni (LCD) kurdu ve parlamenterlerin çoğunluğu tarafından desteklenerek yeni bir yönetim kurmasına izin verildi. Mokhehle öldüğünde parti liderliğini Pakalitha Mosisili devraldı ve LCD 1998'deki genel seçimleri kazandı. Seçimlerin yerel ve uluslararası gözlemciler ve SADC tarafından kurulan özel bir komisyon tarafından özgür ve adil görülmesine rağmen muhalefet, Siyasi partiler sonuçlara itiraz etti.
Ülkedeki muhalefetin protestoları yoğunlaştı ve Ağustos 1998'de kraliyet sarayının dışında barışçıl bir mitingle sonuçlandı. Bundan sonra ne olduğuna dair kesin ayrıntılar hem Lesoto'da hem de Güney Afrika'da hararetli bir şekilde tartışılıyor. Botsvana Savunma Kuvvetleri'nden askerler memnuniyetle karşılanırken, Güney Afrika Ulusal Savunma Kuvvetleri personeliyle olan gerilimler yüksekti ve şiddetle sonuçlandı. Güney Afrikalı askerler Kraliyet Sarayı'nın üzerine bir Güney Afrika bayrağı diktiğinde ara sıra çıkan isyanlar daha yaygın hale geldi. SADC birlikleri Mayıs 1999'da ayrıldığında, Maseru'nun şehrinin çoğu harap durumdayken, güney eyalet başkentleri Mafeteng ve Mohale's Hoek ticari gayrimenkullerinin üçte birinden fazlasını kaybetmişti. Çatışmada birkaç Güney Afrikalı ve Basotho da öldürüldü.
Aralık 1998'de, ülkenin seçim sistemini değerlendirmekle görevli bir Geçici Siyasi Otorite (IPA) kuruldu. Muhalefetin Ulusal Meclis'te temsil edilmesini garanti altına almak için IPA, orantılı bir seçim sistemi geliştirdi. Yeni yöntem, mevcut 80 seçilmiş Meclis üyesini korudu, ancak orantılı olarak doldurulmuş 40 sandalye ekledi. Mayıs 2002'de bu yeni sistemle seçimler yapıldı ve LCD yüzde 54 oyla yeniden kazandı. Bununla birlikte, muhalefet siyasi partileri ilk kez önemli sayıda sandalye kazandı ve Lesotho, küçük anormalliklere ve Tümgeneral Lekhanya'nın şiddet tehditlerine rağmen ilk barışçıl seçimini yaptı. 40 nispi sandalyenin tamamı şu anda dokuz muhalefet partisi tarafından tutuluyor ve BNP en büyük paya sahip (21). LCD, 79 seçim bölgesi koltuğunun 80'unu kontrol ediyor. Seçilmiş milletvekillerinin Ulusal Meclis'te görev yapmasına rağmen, BNP seçimlere yeniden sayım da dahil olmak üzere çok sayıda yasal itirazda bulundu, ancak hiçbiri başarılı olmadı.
30 Ağustos 2014'te, görevdeki Başbakan'ın kısa bir süre için Güney Afrika'ya kaçmasına neden olan bir askeri darbe girişimi yaşandı.