François Bozize anayasayı askıya aldı ve muhalefet partilerinin çoğunluğundan oluşan yeni bir hükümet atadı. Abel Goumba'nın başkan yardımcısı olarak atanması Bozizé'nin yeni yönetiminin imajını güçlendirdi. Bozizé, yeni bir anayasa yazmak için geniş tabanlı bir Ulusal Geçiş Konseyi kurdu ve yeni anayasanın kabul edilmesinden sonra istifa edip aday olma niyetini açıkladı.
Orta Afrika Cumhuriyeti Bush Savaşı, 2004 yılında Bozize karşıtı grupların yönetimine karşı silah almasıyla başladı. Mayıs 2005 boyunca Bozizé, Patassé'yi hariç tutan bir cumhurbaşkanlığı seçimini kazandı ve hükümet ile isyancılar arasındaki mücadele 2006'da da devam etti. Bozizé'nin yönetimi, ülkenin kuzey eyaletlerindeki şehirlerin kontrolünü ele geçiren isyancılara direnmelerine yardımcı olmak için Kasım 2006'da Fransa'dan askeri yardım istedi. . Anlaşmanın ilk kamuya açık ayrıntıları lojistik ve istihbarat üzerine odaklanmış olsa da, Fransız desteği nihayetinde Mirage uçaklarının isyancı mevzilerine yönelik saldırılarını içeriyordu.
Şubat ayında imzalanan Syrte Anlaşması ve Nisan 2007'de imzalanan Birao Barış Anlaşması, düşmanlıkların durdurulması, FDPC savaşçılarının faturalandırılması ve FACA ile entegrasyonu, siyasi mahkumların serbest bırakılması, FDPC'nin hükümete entegrasyonu çağrısında bulundu. UFDR için af, siyasi parti olarak tanınma ve savaşçılarının ulusal orduya entegrasyonu. Birkaç örgüt mücadeleye devam etti, ancak diğerleri hükümetle pakt veya benzeri anlaşmaları imzaladı (örneğin, 15 Aralık 2008'de UFR). O dönemde anlaşma imzalamayan tek önemli örgüt olan CPJP, faaliyetlerini sürdürmüş ve 25 Ağustos 2012 tarihinde hükümetle bir barış anlaşması imzalamıştır.
Bozizé, 2011'de büyük ölçüde hileli olarak görülen bir seçimde yeniden seçildi.
İsyancı örgütlerin bir ittifakı olan Séléka, Kasım 2012'de ülkenin kuzey ve orta bölgelerindeki şehirlerin kontrolünü ele geçirdi. Bu partiler nihayetinde Ocak 2013'te Bozizé yönetimiyle bir güç paylaşımı hükümeti de dahil olmak üzere bir barış anlaşması müzakere ettiler, ancak anlaşma suya düştü, ve isyancılar Mart 2013'te başkentin kontrolünü ele geçirerek Bozizé'yi ülkeyi terk etmeye zorladı.
Michel Djotodia cumhurbaşkanı seçildi ve Mayıs 2013'te Başbakan Nicolas Tiangaye, BM Güvenlik Konseyi'nden bir BM barışı koruma misyonu istedi ve 31 Mayıs'ta eski Cumhurbaşkanı Bozizé insanlığa karşı suçlar ve soykırıma teşvik etmekle suçlandı.
Haziran-Ağustos 2013 boyunca, güvenlik durumu düzelmedi ve 200,000'den fazla ülke içinde yerinden edilmiş kişinin (IDP'ler) yanı sıra Séléka ve Bozizé destekçileri arasında insan hakları ihlalleri ve yeni şiddet olayları bildirildi.
Fransa Cumhurbaşkanı François Hollande, Birleşmiş Milletler Güvenlik Konseyi ve Afrika Birliği'ni ülkede istikrarı sağlama çabalarını hızlandırmaya çağırdı. Séléka hükümetinin parçalandığı söylendi. Djotodia, Eylül 2013'te Seleka'yı resmen feshetti, ancak birçok isyancı silahsızlanmayı reddetti ve hükümet otoritesinden uzaklaştı.
Şiddet, yıl sonuna doğru kötüleşti ve uluslararası “soykırım” endişelerine yol açtı ve çatışmalar çoğunlukla Seleka'nın çoğunluğu Müslüman askerleri ve “anti-balaka” olarak bilinen Hıristiyan milislerin sivillere yönelik misilleme saldırılarının bir sonucuydu.
Michael Djotodia ve başbakanı Nicolas Tiengaye, komşu Çad'daki bölgesel bir konferansta varılan anlaşmanın bir parçası olarak 11 Ocak 2014'te istifa etti. Ulusal Geçiş Konseyi geçici başkan olarak Catherine Samba-Panza'yı seçti ve 23 Ocak'ta göreve başladı. Orta Afrika'nın ilk kadın başkanı oldu. Marie-Nolle Koyara, Ocak 2015'te bağımsızlıktan bu yana ilk kadın savunma bakanı oldu.
18 Şubat 2014'te Birleşmiş Milletler Genel Sekreteri Ban Ki-moon, BM Güvenlik Konseyi'nden, kasıtlı olarak hedef alma ve masum insanların toplu katliamı olarak nitelendirdiği şeyle savaşmak için ülkeye hızlı bir şekilde 3,000 asker göndermesini istedi. Genel sekreter, şu anda ülkede bulunan 3,000 Afrika Birliği askerini ve 6,000 Fransız kuvvetini desteklemek için 2,000 barış gücü askerinin konuşlandırılmasını içeren altı maddelik bir strateji sundu.
Kongolu arabuluculuk çabalarının ardından, Séléka ve balaka karşıtı yetkililer 23 Temmuz 2014'te Brazzaville'de bir ateşkes anlaşması imzaladılar.
14 Aralık 2015'te Séléka asi komutanı Logone Cumhuriyeti'ni bağımsız ilan etti.