ภูมิภาครอบจิบูตีมีประชากรอาศัยอยู่ตั้งแต่ยุคหินใหม่ นักภาษาศาสตร์เชื่อว่าในช่วงเวลานี้ ผู้คนที่พูดภาษาแอฟโรเอเซียติกกลุ่มแรกอพยพมาจากพื้นที่โดยสมมุติฐาน urheimat ("บ้านเกิดเดิม") ในหุบเขาไนล์หรือตะวันออกใกล้ คนอื่นเชื่อว่าตระกูลภาษาแอฟโรเอเซียติกเกิดขึ้นที่แหล่งกำเนิดในฮอร์น โดยมีผู้คนแพร่กระจายจากที่นั่น
ที่ Asa Koma ซึ่งเป็นบริเวณทะเลสาบบนบกบนที่ราบ Gobaad มีการค้นพบเครื่องปั้นดินเผาที่มีอายุตั้งแต่กลางสหัสวรรษที่สอง เครื่องปั้นดินเผาจากไซต์มีรูปแบบเรขาคณิตแบบเจาะและรอยบากที่เทียบได้กับเซรามิกระยะที่ 1 ของวัฒนธรรม Sabir จาก Ma'layba ทางตอนใต้ของอาระเบีย นอกจากนี้ยังพบกระดูกวัวไม่มีเขายาวที่ Asa Koma ซึ่งบ่งชี้ว่าวัวในบ้านมีอยู่เมื่อประมาณ 3,500 ปีก่อน ที่ Dorra และ Balho มีศิลปะหินเพิ่มเติมที่แสดงภาพแอนทีโลปและยีราฟ
ระหว่างเมืองจิบูตีและโลยาดาอาจพบกลุ่มมนุษย์และสัตว์ลึงค์จำนวนหนึ่ง สิ่งก่อสร้างเหล่านี้เชื่อมโยงกับสุสานรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าที่ล้อมรอบด้วยแผ่นพื้นแนวตั้ง ซึ่งถูกค้นพบในภาคกลางของเอธิโอเปียเช่นกัน ศิลาในจิบูตี-โลยาดาเป็นของโบราณที่ไม่รู้จัก และบางส่วนมีสัญลักษณ์รูปตัว T
จิบูตีคิดว่าเป็นพื้นที่ที่น่าจะเป็นไปได้มากที่สุดในภูมิภาคที่ชาวอียิปต์โบราณรู้จักในชื่อ Punt (หรือ Ta Netjeru ซึ่งแปลว่า "ดินแดนของพระเจ้า") ร่วมกับทางเหนือของโซมาเลีย เอริเทรีย และชายฝั่งทะเลแดงของซูดาน ดินแดนแห่งพันท์ถูกกล่าวถึงในศตวรรษที่ 25 ก่อนคริสต์ศักราช ชาว Puntites เป็นชนชาติที่มีความสัมพันธ์อันแน่นแฟ้นกับอียิปต์โบราณภายใต้การปกครองของฟาโรห์ซาฮูเรแห่งราชวงศ์ที่ห้าและราชินีฮัตเชปซุตแห่งราชวงศ์ที่สิบแปด King Parahu และ Queen Ati ปกครองดินแดนแห่ง Punt ในช่วงเวลาดังกล่าว ตามภาพวาดของวิหารที่ Deir el-Bahari
กลุ่มชาติพันธุ์โซมาเลียและอาฟาร์ในพื้นที่เป็นกลุ่มชนกลุ่มแรกในทวีปที่รับอิสลามหลังจากซื้อขายกับคาบสมุทรอาหรับที่อยู่ใกล้เคียงมาเป็นเวลากว่า 1,000 ปี
ในแตรแห่งแอฟริกา Ifat Sultanate เป็นประเทศในยุคกลาง ราชวงศ์วาลัชมาก่อตั้งในปี 1285 และมีสำนักงานใหญ่อยู่ที่เซลา Ifat เริ่มดำเนินการในจิบูตีและทางเหนือของโซมาเลีย จากนั้นจึงย้ายไปทางใต้สู่เทือกเขาอาห์มาร์ ในปี ค.ศ. 1285 สุลต่านอุมาร์ วาลัชมา (หรือตามรายงานอื่น ลูกชายของเขา อาลี) ได้เข้ายึดสุลต่านแห่งเชวา การสำรวจทางทหารของสุลต่านอูมาร์ตาม Taddesse Tamrat เป็นความพยายามที่จะรวมการถือครองของชาวมุสลิมไว้ใน Horn ซึ่งคล้ายกับความพยายามของจักรพรรดิ Yekuno Amlak ในการรวมอาณาจักรคริสเตียนในที่ราบสูงในเวลาเดียวกัน ในที่สุดทั้งสองรัฐก็ปะทะกับชีวาและภาคใต้อื่นๆ การต่อสู้อันยาวนานปะทุขึ้น แม้ว่าสุลต่านมุสลิมในสมัยนั้นจะไม่ได้รับการประสานงานที่ดี ในปี ค.ศ. 1332 จักรพรรดิอัมดา เซยอนที่ 2016 แห่งเอธิโอเปียได้ทำลาย Ifat และเขาถอยห่างจาก Shewa
พื้นที่ทางตอนเหนือของอ่าว Tadjoura เป็นที่รู้จักในชื่อ Obock ระหว่างปี 1862 ถึง 1894 และถูกปกครองโดยโซมาเลียและอาฟาร์สุลต่าน ผู้ปกครองท้องถิ่นซึ่งฝรั่งเศสได้เจรจาสนธิสัญญาหลายฉบับระหว่างปี 1883 และ 1887 เพื่อจัดตั้งการแสดงตนในภูมิภาคนี้ Léonce Lagarde ได้ก่อตั้งรัฐบาลฝรั่งเศสถาวรในจิบูตีในปี 1894 โดยเปลี่ยนชื่อดินแดน French Somaliland กินเวลาตั้งแต่ปี พ.ศ. 1896 จนถึง พ.ศ. 1967 เมื่อมีการก่อตั้ง Territoire Français des Afars et des Issas (TFAI) (“ดินแดนฝรั่งเศสของ Afars และ Issas”)
จิบูตีได้ทำการลงประชามติในปี 1958 ก่อนวันประกาศอิสรภาพของโซมาเลียในปี 1960 เพื่อตัดสินใจว่าจะเข้าร่วมสาธารณรัฐโซมาเลียหรืออยู่กับฝรั่งเศส การลงประชามติส่งผลให้มีการโหวตใช่จากชุมชนชาติพันธุ์อาฟาร์ขนาดใหญ่และชาวยุโรปที่อาศัยอยู่ในยุโรป ซึ่งบ่งชี้ว่าควรรักษาความสัมพันธ์ของประเทศกับฝรั่งเศสไว้ มีการกล่าวหาว่ามีการโกงคะแนนเสียงครั้งใหญ่เช่นกัน ผู้ที่โหวตไม่ส่วนใหญ่เป็นชาวโซมาเลียที่สนับสนุนมาห์มูด ฮาร์บี รองประธานสภารัฐบาล ในข้อเสนอของเขาในการรวมโซมาเลีย ฮาร์บีเสียชีวิตในอีกสองปีต่อมาในอุบัติเหตุเครื่องบิน
การลงประชามติครั้งที่สองได้ดำเนินการในปี 1967 เพื่อตัดสินอนาคตของพื้นที่ ผลการวิจัยเบื้องต้นระบุว่าควรรักษาความสัมพันธ์กับฝรั่งเศสไว้ แม้ว่าจะมีการยึดเกาะที่หลวมกว่าก็ตาม การลงคะแนนเสียงยังถูกแบ่งแยกตามเชื้อชาติ โดยชาวโซมาลิสส่วนใหญ่ลงคะแนนให้เอกราชโดยมีเป้าหมายในการรวมประเทศกับโซมาเลียเป็นอันหนึ่งอันเดียวกัน ในขณะที่ชาวอาฟาร์เลือกที่จะอยู่กับฝรั่งเศส การลงประชามติครั้งนี้เต็มไปด้วยข้อกล่าวหาเรื่องการโกงคะแนนโดยรัฐบาลฝรั่งเศส อดีต Côte française des Somalis (ฝรั่งเศสโซมาลิแลนด์) ถูกเปลี่ยนชื่อเป็น Territoire français des Afars et des Issas ไม่นานหลังจากการลงคะแนนเสียง
การลงประชามติครั้งที่สามเกิดขึ้นในปี 1977 การออกจากฝรั่งเศสได้รับการอนุมัติโดยผู้มีสิทธิเลือกตั้งอย่างถล่มทลายถึง 98.8% ซึ่งถือเป็นการประกาศเอกราชของจิบูตีอย่างเป็นทางการ Hassan Gouled Aptidon นักการเมืองโซมาเลียที่สนับสนุนการลงคะแนนเสียงใช่ในการลงประชามติปี 1958 กลายเป็นประธานาธิบดีคนแรกของประเทศ (พ.ศ. 1977-1999)
จิบูตีเข้าร่วมองค์การเอกภาพแอฟริกัน (ปัจจุบันคือสหภาพแอฟริกา) สันนิบาตอาหรับ และสหประชาชาติภายในปีแรก ประเทศที่เพิ่งเริ่มต้นยังเป็นสมาชิกผู้ก่อตั้งของหน่วยงานระหว่างรัฐบาลว่าด้วยการพัฒนาซึ่งเป็นองค์กรพัฒนาระดับภูมิภาคในปี 1986
ความตึงเครียดเกี่ยวกับการเป็นตัวแทนของรัฐบาลระหว่างการชุมนุมของประชาชนเพื่อความก้าวหน้า (PRP) ของจิบูตีและแนวร่วมฝ่ายค้านเพื่อการฟื้นฟูความสามัคคีและประชาธิปไตย (FRUD) นำไปสู่สงครามที่รุนแรงในช่วงต้นทศวรรษ 1990 ในปี 2000 ทางตันถูกทำลายโดยข้อตกลงแบ่งปันอำนาจ