Panamaja ndodhet në Amerikën Qendrore dhe kufizohet me Detin e Karaibeve dhe Oqeanin Paqësor, midis Kolumbisë dhe Kosta Rikës. Shtrihet kryesisht midis gjerësisë gjeografike 7° dhe 10° në veri dhe gjatësisë 77° dhe 83° perëndimit (një zonë e vogël shtrihet në perëndim të 83°).
Vendndodhja e saj në Isthmusin e Panamasë është strategjike. Në vitin 2000, Panamaja kontrolloi Kanalin e Panamasë, i cili lidh Oqeanin Atlantik dhe Detin e Karaibeve me Oqeanin Paqësor verior. Sipërfaqja e përgjithshme e Panamasë është 74,177.3 km2.
Tipari dominues i gjeografisë së Panamasë është shtylla qendrore e maleve dhe kodrave që formojnë ndarjen kontinentale. Ky pellg ujëmbledhës nuk është një nga vargmalet kryesore malore të Amerikës së Veriut, dhe vetëm afër kufirit kolumbian ka pllaja që lidhen me sistemin Ande të Amerikës së Jugut. Shtylla kurrizore që formon pellgun ujëmbledhës është harku shumë i gërryer i një ngritjeje të shtratit të detit, ku majat u formuan nga ndërhyrjet vullkanike.
Vargu malor i ndarjes kontinentale quhet Cordillera de Talamanca dhe shtrihet afër kufirit me Kosta Rikën. Më në lindje bëhet Serranía de Tabasará dhe pjesa më e afërt me shalën e poshtme të isthmusit, ku ndodhet Kanali i Panamasë, shpesh quhet Sierra de Veraguas. Në tërësi, vargu malor midis Kosta Rikës dhe Kanalit zakonisht quhet nga gjeografët si Cordillera Central.
Pika më e lartë në vend është Vullkani Baru, i cili ngrihet në 3,475 metra. Xhungla pothuajse e padepërtueshme formon gajën Darién midis Panamasë dhe Kolumbisë, ku guerilët kolumbianë dhe trafikantët e drogës veprojnë me marrjen e pengjeve. Ky fenomen dhe lëvizjet për të mbrojtur pyllin krijojnë një boshllëk në Autostradën Pan-Amerikane, e cila gjithashtu formon një rrugë të plotë nga Alaska në Patagoni.
Fauna e Panamasë është më e larmishme nga të gjitha vendet e Amerikës Qendrore. Ka shumë lloje të Amerikës së Jugut, si dhe specie të Amerikës së Veriut.
Rrugët ujore
Pothuajse 500 lumenj përshkojnë peizazhin e thyer të Panamasë. Shumica janë të palundrueshme, ngrihen në malësi, gjarpërojnë nëpër lugina dhe formojnë delta bregdetare. Megjithatë, Río Chagres (Lumi Chagres) në qendër të Panamasë është një nga lumenjtë e paktë të gjerë dhe një burim i madh i energjisë hidroelektrike. Pjesa qendrore e lumit mbulohet nga diga e Gatun dhe formon liqenin Gatun, një liqen artificial që është pjesë e Kanalit të Panamasë. Liqeni u krijua midis 1907 dhe 1913 nga ndërtimi i Digës Gatun në Río Chagres. Në kohën e krijimit të tij, liqeni Gatun ishte liqeni më i madh artificial në botë dhe diga ishte diga më e madhe prej dheu. Lumi rrjedh në veriperëndim në Detin e Karaibeve. Liqenet Kampia dhe Madden (të mbushura gjithashtu nga Río Chagres) furnizojnë zonën e ish Zonës së Kanalit me energji hidroelektrike.
Río Chepo, një burim tjetër hidroenergjetik, është një nga më shumë se 300 lumenjtë që derdhen në Paqësor. Këta lumenj përballë Paqësorit janë më të gjatë dhe më të ngadaltë se lumenjtë në anën e Karaibeve. Pellgjet e tyre janë gjithashtu më të mëdha. Një nga më të gjatët është Río Tuira, i cili derdhet në Golfo de San Miguel dhe është i vetmi lumë në vend i lundrueshëm nga anije të mëdha.
Ports
Bregdeti i Karaibeve karakterizohet nga disa porte të mira natyrore. Megjithatë, Cristóbal, në fundin e Karaibeve të kanalit, kishte të vetmet objekte portuale të rëndësishme në fund të viteve 1980. Ishujt e shumtë të Archipiélago de Bocas del Toro, afër plazheve të Kosta Rikës, formojnë një port të madh natyror dhe mbrojnë portin e bananeve të Almirante. Më shumë se 350 ishujt San Blas pranë Kolumbisë shtrihen për më shumë se 160 kilometra (99 milje) përgjatë bregut të mbrojtur të Karaibeve.
Aktualisht, portet e terminalit në të dy skajet e Kanalit të Panamasë, Porti i Cristobal dhe Porti i Balboa, renditen respektivisht në vendin e dytë dhe të tretë në Amerikën Latine për sa i përket numrit të njësive të kontejnerëve (TEU) të trajtuara. Porti i Balboas mbulon 182 hektarë dhe përfshin katër shtretër kontejnerësh dhe dy shtretër me shumë qëllime. Në total, shtratet janë mbi 2,400 metra të gjata dhe 15 metra të thella. Porti i Balboas ka 18 vinça dok super post-Panamax dhe Panamax dhe 44 vinça dok. Porti i Balboas ka gjithashtu 2,100 metra katrorë (23,000 këmbë katrore) hapësirë magazinimi.
Portet e Cristobal (të cilat përfshijnë terminalet e kontejnerëve të Panama Ports Cristobal, Manzanillo International Terminal dhe Colon Container Terminal) trajtuan 2,210,720 TEU në 2009, i cili është i dyti në Amerikën Latine pas portit të Santos në Brazil.
Portet e shkëlqyera të ujërave të thella që mund të trajtojnë VLCC të mëdha (Very Large Crude Oil Carriers) janë të vendosura në Charco Azul, Chiriqui (Paqësor) dhe Chiriqui Grande, Bocas del Toro (Atlantik), afër kufirit perëndimor të Panamasë me Kosta Rikën. Tubacioni Trans-Panama, i cili përshkon isthmusin në një gjatësi prej 131 kilometrash (81 milje), ka qenë në funksionim midis Charco Azul dhe Chiriqui Grande që nga viti 1979.