Për shkak të paqëndrueshmërisë politike dhe mangësive në trajtimin e kolonive të saj, veçanërisht Indokinën dhe Algjerinë, Republika e Katërt Franceze ra në vitin 1958. Populli francez mbështeti krijimin e një Republike të Pestë dhe Presidenti francez Charles de Gaulle e bëri të qartë më 8 gusht 1958 , se kolonitë e Francës do të duhej të zgjidhnin midis autonomisë më të madhe në një Komunitet të ri Francez ose pavarësisë së menjëhershme në një votim më 28 shtator 1958. Kolonitë e tjera zgjodhën të parën, por Guinea votoi në mënyrë vendimtare për pavarësinë, të udhëhequr nga Ahmed Sékou Touré, Demokrati i të cilit Partia e Guinesë (PDG) kishte fituar 56 nga 60 vendet në zgjedhjet territoriale në 1957. Francezët u larguan shpejt dhe Guinea e shpalli veten një republikë sovrane dhe të pavarur më 2 tetor 1958, me Sékou Touré si president.
Guinea u bashkua me shpejtësi me Bashkimin Sovjetik pas largimit të Francës dhe përqafoi politikat komuniste. Guinea, nga ana tjetër, anonte drejt një forme kineze të socializmit dhe partneriteti ishte jetëshkurtër. Pavarësisht kësaj, kombet kapitaliste si Shtetet e Bashkuara vazhduan t'i ofrojnë ndihmë dhe investime vendit. Madje edhe marrëdhëniet me Francën u përmirësuan; tregtia u rrit pas zgjedhjes së Valéry Giscard d'Estaing si president francez dhe të dy kombet shkëmbyen vizita zyrtare.
Touré e shpalli PDG-në si partinë e vetme legjitime në vitin 1960. Qeveria dhe PDG u bashkuan për 24 vitet e ardhshme. Touré ishte i pakontestueshëm për katër mandate shtatëvjeçare si president dhe votuesve iu dha një listë e vetme e kandidatëve të PDG-së për Asamblenë Kombëtare çdo pesë vjet. Touré shpejt u bë një udhëheqës polarizues, duke mbrojtur një socializëm hibrid afrikan në vend dhe pan-afrikanizëm jashtë vendit, dhe administrata e tij u bë intolerante ndaj kritikave, duke burgosur qindra dhe duke mbytur shtypin.
Gjatë kësaj periudhe, qeveria e Guinesë shtetëzoi territorin, rrëzoi liderët tradicionalë të emëruar nga francezët dhe ndërpreu marrëdhëniet me qeverinë dhe bizneset franceze. Gjendja ekonomike e Guinesë u bë po aq e pasigurt sa edhe qëndrimi i saj diplomatik, duke u luhatur midis mbështetjes për Bashkimin Sovjetik dhe (nga fundi i viteve 1970) mbështetjes për Shtetet e Bashkuara. Qeveria e Touré sulmoi kundërshtarët aktualë dhe të imagjinuar, duke detyruar mijëra kundërshtarë politikë në mërgim, duke pretenduar skema dhe komplote kundër tij brenda dhe jashtë vendit.
Në vitin 1970, trupat e opozitës të emigrantëve të Guinesë ndihmuan ushtarët portugez nga Guinea fqinje Portugeze në Operacionin Green Sea, një inkursion në Guine. Ushtria portugeze kërkoi të vriste ose arrestonte Sekou Toure për mbështetjen e tij ndaj PAIGC, një grup gueril që vepron në Guinenë Portugeze, ndër të tjera. Trupat portugeze u tërhoqën pasi arritën shumicën e objektivave të tyre pas shumë ditësh luftimesh intensive. Frekuenca e arrestimeve dhe ekzekutimeve të brendshme u rrit gjatë mbretërimit të Sékou Touré.
Një monument që përkujton triumfin ushtarak kundër sulmit portugez në vitin 1970. Qëllimi i vetëm që sulmi portugez nuk arriti të arrinte ishte kapja e Ahmed Sékou Touré.
Sékou Touré vdiq më 26 mars 1984, në Shtetet e Bashkuara pas një operacioni në zemër, dhe u pasua nga kryeministri Louis Lansana Beavogui, i cili do të shërbente si president i përkohshëm deri në mbajtjen e zgjedhjeve të reja.
Më 3 prill 1984, PDG-ja ishte vendosur të zgjidhte një udhëheqës të ri. Ai individ do të kishte qenë pretendenti i vetëm për president sipas kushtetutës. Kolonelet Lansana Conté dhe Diarra Traoré, megjithatë, morën kontrollin në një grusht shteti pa gjak vetëm disa orë përpara konferencës. Traore shërbeu si kryeministër deri në dhjetor, kur Conte mori postin e presidentit.
Conte dënoi shpejt rekordin e të drejtave të njeriut të regjimit të mëparshëm, liroi 250 të burgosur politikë dhe u kërkoi 200,000 njerëzve të tjerë të ktheheshin nga mërgimi. Ai gjithashtu e bëri të qartë se po braktiste socializmin, megjithëse kjo nuk bëri asgjë për të lehtësuar varfërinë dhe kombi nuk tregoi asnjë tregues për përparimin drejt demokracisë.
Conte deklaroi një rikthim në qeverinë civile në 1992, me zgjedhjet presidenciale në 1993 dhe zgjedhjet parlamentare në 1995. (në të cilat partia e tij – Partia e Unitetit dhe Progresit – fitoi 71 nga 114 vendet.) Mbajtja e Conte në pushtet mbeti e fortë pavarësisht shpallur përkushtim ndaj demokracisë. Alpha Conde, lideri i opozitës, u burgos në shtator 2001 për kërcënim të sigurisë kombëtare, por ai u lirua tetë muaj më vonë. Pas kësaj, ai shkoi në mërgim në Francë.
Conte planifikoi dhe fitoi një referendum për të zgjatur mandatin presidencial në 2001, dhe ai filloi mandatin e tij të tretë në 2003 kur opozita bojkotoi zgjedhjet. Conte i shpëtoi një tentative të dyshuar për vrasje në janar 2005, ndërsa bënte një paraqitje të rrallë publike në Conakry, kryeqyteti i Guinesë. Kundërshtarët e quanin atë një "tiran të lodhur" vdekja e të cilit ishte e pashmangshme, ndërsa mbështetësit e tij mendonin se ai po fitonte luftën kundër disidentëve. Guinea vazhdon të përballet me sfida të rëndësishme dhe, sipas Foreign Policy, është në prag të shndërrimit në një shtet të dështuar.
Kur kryengritësit kaluan kufijtë me Liberinë dhe Sierra Leonen në vitin 2000, Guinea u përfshi në paqëndrueshmërinë që kishte pllakosur prej kohësh pjesën tjetër të Afrikës Perëndimore dhe u duk për një kohë se kombi ishte në prag të luftës civile. Conte pohoi se udhëheqësit fqinjë kishin zili për pasuritë natyrore të Guinesë, por këto akuza u hodhën poshtë me forcë. Guinea ra dakord për marrëveshje me fqinjët e saj për të luftuar rebelët në 2003. Protestat kundër administratës shpërthyen në 2007, duke kulmuar me emërimin e një kryeministri të ri.