Popujt pigme ishin të parët që u vendosën në rajon. Ndërsa lëviznin, fiset Bantu kryesisht i zëvendësuan dhe asimiluan ato.
Evropianët e parë erdhën në shekullin e 15-të. Në Gabon, një monarki që fliste Myeni e njohur si Orungu u shfaq në shekullin e 18-të.
Bartholomew Roberts, një pirat uellsian i njohur si Black Bart, vdiq në det në brigjet e Kepit Lopez më 10 shkurt 1722. Nga viti 1719 deri në 1722, ai sulmoi anijet përgjatë brigjeve të Amerikës dhe Afrikës Perëndimore.
Në 1875, ekspedita e parë në rajonin e Gabon-Kongo u drejtua nga aventurieri francez Pierre Savorgnan de Brazza. Ai themeloi Franceville dhe më pas shërbeu si guvernator kolonial. Kur Franca pushtoi zyrtarisht Gabonin në 1885, shumë fise Bantu banonin në rajonin që është sot Gaboni.
Gaboni iu bashkua katër rajoneve të Afrikës Ekuatoriale Franceze në vitin 1910, duke formuar një federatë që zgjati deri në vitin 1959. Më 17 gusht 1960, këto rajone fituan pavarësinë. Léon M'ba ishte presidenti i parë i Gabonit, i zgjedhur në vitin 1961, së bashku me Omar Bongo Ondimba si zëvendëspresident.
Pas ardhjes së M'ba në pushtet, shtypi u shtyp, mitingjet politike u shpallën të jashtëligjshme, liria e fjalës u kufizua, partitë e tjera politike u dëbuan në mënyrë progresive nga pushteti dhe Kushtetuta u modifikua duke ndjekur linjat franceze për t'i dhënë pushtetin Presidencës, e cila M'ba mori. Kur M'ba shpërndau Asamblenë Kombëtare për të vendosur sundimin njëpartiak në janar 1964, një grusht shteti u përpoq ta rrëzonte atë dhe të rivendoste demokracinë parlamentare. Brenda 24 orëve, parashutistët francezë mbërritën për të rivendosur M'ba në pushtet.
Pavarësisht demonstratave masive dhe trazirave, grushti i shtetit përfundoi pas disa ditësh luftime dhe opozita u burgos. Edhe sot e kësaj dite, trupat franceze janë të vendosura në Camp de Gaulle në periferi të qytetit të Gabonit. Bongo mori detyrën si president kur M'Ba vdiq në 1967.
Bongo e shpalli Gabonin një shtet njëpartiak në mars 1968, duke shpërbërë BDG-në dhe duke themeluar Partinë Demokratike Gabonais (PDG). Ai mirëpriti të gjithë gabonezët të bashkohen, pavarësisht nga besnikëria e tyre e kaluar politike. Bongo e përdori PDG-në si një mjet për të mbytur konfliktet rajonale dhe fisnore që kishin përçarë më parë politikën gaboneze në mënyrë që të krijonte një lëvizje të unifikuar kombëtare në favor të synimeve të zhvillimit të qeverisë. Në shkurt 1975, Bongo u zgjodh President; në prill 1975, zv.presidenti u hoq dhe u zëvendësua me kryeministrinë, e cila nuk kishte të drejta automatike të trashëgimisë. Bongo u rizgjodh për një mandat 7-vjeçar si President në dhjetor 1979 dhe nëntor 1986.
Studentët dhe punëtorët organizuan protesta dhe greva të dhunshme në fillim të viteve 1990, të nxitura nga pakënaqësia ekonomike dhe dëshira për reforma politike. Bongo punoi me punonjësit sektor pas sektori në përgjigje të ankesave të tyre, duke bërë ulje të konsiderueshme pagash. Ai tha gjithashtu se do të hapte PDG-në dhe do të mbante një konferencë politike kombëtare në mars-prill 1990 për të debatuar strukturën e ardhshme politike të Gabonit. Në takim morën pjesë PDG dhe 74 grupe politike. PDG-ja qeverisëse dhe mbështetësit e saj u ndanë në dy koalicione të lira, Fronti i Bashkuar i Shoqatave dhe Partive të Opozitës, i cili përfshinte Morena Fundamental të shkëputur dhe Partinë e Progresit të Gabonit.
Konferenca e prillit 1990 miratoi ndryshime të rëndësishme politike, duke përfshirë krijimin e një Senati kombëtar, decentralizimin e procesit të buxhetimit, lirinë e tubimit dhe shtypit dhe eliminimin e nevojës për një vizë nisjeje. Bongo dha dorëheqjen si kryetar i PDG-së në një përpjekje për të udhëhequr tranzicionin e sistemit politik drejt demokracisë shumëpartiake dhe u formua një administratë tranzicionale e udhëhequr nga një kryeministër i ri, Casimir Oye-Mba. Administrata rezultuese, e njohur si Grupimi Social Demokrat i Gabonit (RSDG), ishte më i vogël se ai i mëparshmi dhe kishte anëtarë të grupeve të ndryshme opozitare në kabinetin e saj. Në maj 1990, RSDG hartoi një kushtetutë të përkohshme që përfshinte një ligj bazë të të drejtave dhe një gjyqësor të pavarur, por i dha presidentit kompetenca të gjera administrative. Ky dokument hyri në fuqi në mars 1991 pas shqyrtimit shtesë nga një komision kushtetues dhe Asambleja Kombëtare.
Megjithatë, kundërshtimi ndaj PDG-së vazhdoi pas takimit të prillit 1990, dhe dy përpjekje për grusht shteti u zbuluan dhe u dëshuan në shtator 1990. Pavarësisht protestave antiqeveritare pas vdekjes së papritur të një lideri të opozitës, PDG fitoi një shumicë të fortë në partinë e parë shumëpartiake Kombëtare Zgjedhjet e Kuvendit në pothuajse 30 vjet në shtator-tetor 1990.
Pas rizgjedhjes së Presidentit Omar Bongo me 51% të votave në dhjetor 1993, kandidatët e opozitës refuzuan të pranonin rezultatet. Pas trazirave të rënda civile, qeveria dhe grupet e opozitës ranë dakord të punonin drejt një zgjidhjeje politike. Këto diskutime rezultuan në Marrëveshjet e Parisit, të cilat u nënshkruan në nëntor 1994 dhe përfshinin shumë liderë opozitarë në një qeveri të unitetit kombëtar. Megjithatë, kjo marrëveshje u shpërbë shpejt dhe zgjedhjet parlamentare dhe komunale të 1996 dhe 1997 krijuan terrenin për një kthim në politikën partiake. PDG shënoi një fitore të jashtëzakonshme në zgjedhjet parlamentare, por kryebashkiakët e opozitës u zgjodhën në shumë qytete të mëdha, duke përfshirë Libreville, në zgjedhjet komunale të vitit 1997.
Në dhjetor 1998, Presidenti Omar Bongo u rizgjodh me shumicë të madhe votash, pavarësisht nga një opozitë e ndarë. Pavarësisht anomalive të shumta të supozuara, disa vëzhgues të huaj i përshkruan rezultatet si përfaqësuese dhe nuk pati asnjë nga trazirat e dhunshme që i paraprinë zgjedhjeve të vitit 1993. PDG-ja dhe të pavarurit e lidhur kontrolluan pothuajse tërësisht Asamblenë Kombëtare pas zgjedhjeve parlamentare paqësore, por të gabuara në 2001-2002, të cilat u bojkotuan nga një numër partish të vogla opozitare dhe u dënuan ashpër për të meta administrative. Presidenti Omar Bongo u rizgjodh në nëntor 2005 për një mandat të gjashtë. Ai u rizgjodh me lehtësi, megjithëse kundërshtarët pretendojnë se zgjedhjet u rrënuan nga parregullsi. Pas shpalljes së fitores së tij, pati disa incidente dhune, por Gaboni mbeti i qetë në përgjithësi.
Në dhjetor 2006, u mbajtën zgjedhjet e reja për Asamblenë Kombëtare. Gjykata Kushtetuese anuloi shumë mandate që ishin sfiduar për shkak të parregullsive të votimit, por PDG-ja ruajti kontrollin e Asamblesë Kombëtare në balotazhin e zgjedhjeve në fillim të vitit 2007.
Presidenti Omar Bongo vdiq nga arresti në zemër më 8 qershor 2009, në një spital spanjoll në Barcelonë, duke sinjalizuar fillimin e një epoke të re në politikën gaboneze. Rose Francine Rogombé, Presidente e Senatit, u emërua Presidente e Përkohshme më 10 qershor 2009, në përputhje me kushtetutën e rishikuar. Më 30 gusht 2009, u zhvilluan zgjedhjet e para konkurruese në historinë e Gabonit pa Omar Bongo si kandidat, me 18 kandidatë për president. Pati disa demonstrata të vogla në prag të zgjedhjeve, por pa ndërprerje të mëdha. Pas një shqyrtimi tre-javor nga Gjykata Kushtetuese, djali i Omar Bongo, kreu i partisë qeverisëse Ali Bongo Ondimba, u shpall zyrtarisht fitues; inaugurimi i tij u bë më 16 tetor 2009.
Shumë kandidatë të opozitës pretenduan mashtrime zgjedhore dhe publikimi i parë i rezultateve të zgjedhjeve shkaktoi demonstrata jashtëzakonisht të dhunshme në Port-Gentil, qyteti i dytë më i madh i vendit dhe një bastion prej kohësh i rezistencës ndaj administratës së PDG. Banorët e Port-Gentil nxituan në rrugë, duke djegur një numër biznesesh dhe shtëpish, duke përfshirë Konsullatën Franceze dhe një burg lokal. Vetëm katër persona u vranë në trazirat, sipas shifrave zyrtare, por opozita dhe udhëheqësit lokalë thonë se ka shumë të tjerë. Për të ndihmuar policinë në vështirësi, xhandarët dhe ushtria u dërguan në Port-Gentil dhe u vendos një shtetrrethimi për më shumë se tre muaj.
Në qershor 2010, u zhvilluan një zgjedhje të pjesshme të pjesshme legjislative. Për herë të parë, një koalicion i sapoformuar partish, Unioni Kombëtar (OKB), mori pjesë. Të larguarit nga PDG që u larguan nga partia pas vdekjes së Omar Bongo përbëjnë shumicën e OKB-së. PDG fitoi tre nga pesë vendet e luftuara ashpër, ndërsa OKB fitoi dy; të dyja palët pretenduan fitoren.