François Bozizé pezulloi kushtetutën dhe emëroi një qeveri të re të përbërë nga shumica e partive opozitare. Emërimi i Abel Goumba si zëvendëspresident rriti imazhin e administratës së re të Bozizé. Bozizé formoi një Këshill Kombëtar të Tranzicionit me bazë të gjerë për të shkruar një kushtetutë të re dhe deklaroi synimin e tij për të dhënë dorëheqjen dhe për të kandiduar për postin sapo të miratohej kushtetuta e re.
Lufta e Bushit në Republikën e Afrikës Qendrore filloi në vitin 2004 kur grupet anti-Bozizé morën armë kundër administratës së tij. Gjatë gjithë majit 2005, Bozizé fitoi zgjedhjet presidenciale që përjashtuan Patassé, dhe lufta midis qeverisë dhe rebelëve vazhdoi në 2006. Administrata e Bozizé kërkoi ndihmë ushtarake franceze në nëntor 2006 për t'i ndihmuar ata t'i rezistonin kryengritësve që kishin marrë kontrollin e qyteteve në provincat veriore të vendit . Megjithëse specifikat e para publike të marrëveshjes përqendroheshin në logjistikën dhe inteligjencën, mbështetja franceze përfundimisht përfshinte sulme nga avionët Mirage në pozicionet rebele.
Marrëveshja e Syrte, e nënshkruar në shkurt, dhe Marrëveshja e Paqes Birao, e nënshkruar në prill 2007, bëri thirrje për një ndërprerje të armiqësive, dhënien e faturës së luftëtarëve të FDPC dhe integrimin e tyre me FACA, lirimin e të burgosurve politikë, integrimin e FDPC në qeveri. , një amnisti për UFDR, njohja si parti politike dhe integrimi i luftëtarëve të saj në ushtrinë kombëtare. Disa organizata luftuan, por të tjera nënshkruan paktin ose marrëveshje të ngjashme me qeverinë (p.sh. UFR më 15 dhjetor 2008). CPJP, e vetmja organizatë e rëndësishme që nuk nënshkroi një marrëveshje në atë kohë, vazhdoi operacionet e saj dhe nënshkroi një marrëveshje paqeje me qeverinë më 25 gusht 2012.
Bozizé u rizgjodh në vitin 2011 në një zgjedhje që shihej kryesisht si e manipuluar.
Séléka, një aleancë e organizatave rebele, mori kontrollin e qyteteve në rajonet veriore dhe qendrore të vendit në nëntor 2012. Këto palë negociuan përfundimisht një marrëveshje paqeje me administratën e Bozizé në janar 2013, duke përfshirë një qeveri për ndarjen e pushtetit, por marrëveshja dështoi. dhe rebelët morën kontrollin e kryeqytetit në mars 2013, duke e detyruar Bozizé të largohej nga vendi.
Michel Djotodia u zgjodh president dhe në maj 2013, kryeministri Nicolas Tiangaye kërkoi një mision paqeruajtës të OKB-së nga Këshilli i Sigurimit i OKB-së dhe më 31 maj, ish-presidenti Bozizé u akuzua për krime kundër njerëzimit dhe nxitje për gjenocid.
Gjatë periudhës qershor-gusht 2013, situata e sigurisë nuk u përmirësua dhe pati raportime për mbi 200,000 persona të zhvendosur brenda vendit (PZHBV), si dhe shkelje të të drejtave të njeriut dhe dhunë të re midis mbështetësve të Séléka dhe Bozizé.
Presidenti francez François Hollande i ka kërkuar Këshillit të Sigurimit të Kombeve të Bashkuara dhe Bashkimit Afrikan që të shtojnë përpjekjet për të stabilizuar vendin. Qeveria Séléka u tha se ishte e thyer. Djotodia e shpërndau zyrtarisht Selekën në shtator 2013, por shumë rebelë refuzuan të çarmatoseshin dhe u larguan më shumë nga autoriteti qeveritar.
Dhuna u përkeqësua nga fundi i vitit, duke shkaktuar shqetësime ndërkombëtare për "gjenocid" dhe lufta ishte kryesisht rezultat i sulmeve hakmarrëse ndaj civilëve nga ushtarët kryesisht myslimanë të Seleka dhe milicitë e krishtera të njohura si "anti-balaka".
Michael Djotodia dhe kryeministri i tij, Nicolas Tiengaye, dhanë dorëheqjen më 11 janar 2014, si pjesë e një marrëveshjeje të arritur në një konferencë rajonale në Çadin fqinj. Këshilli Kombëtar i Tranzicionit zgjodhi Catherine Samba-Panza si presidente të përkohshme dhe ajo mori detyrën më 23 janar. Ajo u bë presidentja e parë femër e Afrikës Qendrore. Marie-Nolle Koyara u bë ministrja e parë femër e Mbrojtjes që nga pavarësia në janar 2015.
Më 18 shkurt 2014, Sekretari i Përgjithshëm i Kombeve të Bashkuara Ban Ki-moon kërkoi që Këshilli i Sigurimit i OKB-së të dërgonte shpejt 3,000 ushtarë në vend për të luftuar atë që ai e karakterizoi si shënjestrim të qëllimshëm dhe masakër masive të njerëzve të pafajshëm. Sekretari i Përgjithshëm paraqiti një strategji prej gjashtë pikash, e cila përfshinte vendosjen e 3,000 paqeruajtësve për të plotësuar 6,000 ushtarët e Bashkimit Afrikan dhe 2,000 forcat franceze aktualisht në vend.
Pas përpjekjeve të ndërmjetësimit kongolez, Séléka dhe zyrtarët anti-balaka nënshkruan një marrëveshje armëpushimi në Brazaville më 23 korrik 2014.
Më 14 dhjetor 2015, komandanti rebel Séléka shpalli Republikën e Logone të pavarur.