Panama se nahaja v Srednji Ameriki in meji na Karibsko morje in Tihi ocean, med Kolumbijo in Kostariko. Leži predvsem med zemljepisnima širinama 7° in 10° S ter zemljepisnima dolžinama 77° in 83° Z (majhno območje leži zahodno od 83°).
Njegova lokacija na Panamski ožini je strateška. Leta 2000 je Panama nadzorovala Panamski prekop, ki povezuje Atlantski ocean in Karibsko morje s severnim Tihim oceanom. Skupna površina Paname je 74,177.3 km2.
Prevladujoča značilnost geografije Paname je osrednja hrbtenica gora in hribov, ki tvorijo celinsko ločnico. To razvodje ni eno od večjih gorskih verig Severne Amerike in samo blizu kolumbijske meje so planote, povezane z andskim sistemom Južne Amerike. Hrbtenica, ki tvori razvodje, je močno erodiran lok dviganja morskega dna, kjer so vrhove oblikovali vulkanski vdori.
Gorovje celinske ločnice se imenuje Cordillera de Talamanca in leži blizu meje s Kostariko. Nadalje proti vzhodu postane Serranía de Tabasará, del, ki je najbližje spodnjemu sedlu prevlake, kjer se nahaja Panamski prekop, pa se pogosto imenuje Sierra de Veraguas. Geografi kot celoto gorovje med Kostariko in Kanalom običajno imenujejo Cordillera Central.
Najvišja točka v državi je Volcán Barú, ki se dviga na 3,475 metrov. Skoraj nepregledna džungla tvori prelom Darién med Panamo in Kolumbijo, kjer kolumbijski gverilci in preprodajalci mamil delujejo z jemanjem talcev. Ta pojav in gibanja za zaščito gozda ustvarjajo vrzel v panameriški avtocesti, ki tvori tudi celotno pot od Aljaske do Patagonije.
Favna Paname je najbolj raznolika od vseh srednjeameriških držav. Obstaja veliko južnoameriških vrst, pa tudi severnoameriških vrst.
Vodne poti
Skoraj 500 rek prečka razgibano pokrajino Paname. Večina ni plovnih, se dvigajo v visokogorju, vijugajo po dolinah in tvorijo obalne delte. Vendar pa je Río Chagres (reka Chagres) v osrednji Panami je ena redkih širokih rek in velik vir hidroelektrične energije. Osrednji del reke je zajezen z jezom Gatun in tvori jezero Gatun, umetno jezero, ki je del Panamskega prekopa. Jezero je nastalo med letoma 1907 in 1913 z izgradnjo jezu Gatun na reki Río Chagres. V času nastanka je bilo jezero Gatun največje umetno jezero na svetu, jez pa največji zemeljski jez. Reka teče proti severozahodu v Karibsko morje. Jezeri Kampia in Madden (prav tako jih polni reka Río Chagres) oskrbujeta območje nekdanje cone kanala s hidroelektrično energijo.
Río Chepo, še en vir hidroenergije, je ena od več kot 300 rek, ki se izlivajo v Pacifik. Te reke, ki gledajo na Pacifik, so daljše in počasnejše od rek na karibski strani. Tudi njihove kotline so večje. Ena najdaljših je Río Tuira, ki se izliva v Golfo de San Miguel in je edina reka v državi, po kateri plove velike ladje.
pristanišča
Za karibsko obalo je značilno več dobrih naravnih pristanišč. Vendar je imel Cristóbal na karibskem koncu kanala edine pomembne pristaniške zmogljivosti v poznih osemdesetih letih. Številni otoki Archipiélaga de Bocas del Toro, blizu kostariških plaž, tvorijo veliko naravno pristanišče in varujejo pristanišče za banane Almirante. Več kot 1980 otokov San Blas v bližini Kolumbije se razteza na več kot 350 kilometrih (160 milj) vzdolž zaščitene karibske obale.
Trenutno sta terminalska pristanišča na obeh koncih Panamskega prekopa, pristanišče Cristobal in pristanišče Balboa, na drugem oziroma tretjem mestu v Latinski Ameriki po številu pretovorjenih kontejnerskih enot (TEU). Pristanišče Balboa obsega 182 hektarjev in vključuje štiri kontejnerske priveze in dva večnamenska priveza. Skupno so privezi dolgi več kot 2,400 metrov in globoki 15 metrov. Pristanišče Balboa ima 18 pristaniških žerjavov super post-Panamax in Panamax ter 44 portalnih žerjavov. Pristanišče Balboa ima tudi 2,100 kvadratnih metrov (23,000 kvadratnih čevljev) skladiščnega prostora.
Pristanišča Cristobal (ki vključujejo kontejnerske terminale Panama Ports Cristobal, Manzanillo International Terminal in Colon Container Terminal) so leta 2,210,720 pretovorila 2009 TEU, kar je drugo mesto v Latinski Ameriki za pristaniščem Santos v Braziliji.
Odlična globokomorska pristanišča, ki lahko sprejmejo velike VLCC (zelo velike ladje za prevoz surove nafte), se nahajajo v Charco Azulu, Chiriquí (Pacifik) in Chiriquí Grande, Bocas del Toro (Atlantik), blizu zahodne meje Paname s Kostariko. Transpanamski naftovod, ki prečka ožino v dolžini 131 kilometrov (81 milj), deluje od leta 1979 med Charco Azulom in Chiriquí Grande.