Na vrhuncu Brunejskega imperija je sultan Bolkiah (vladal od 1485 do 1528) nadzoroval večino Bornea, vključno z modernima državama Sarawak in Sabah, otočjem Sulu severovzhodno od Bornea, Seludongom (sodobna Manila) in otoki v Severozahodni kot Bornea. Španska Magellanova ekspedicija je obiskala obalno kraljestvo leta 1521 in se spopadla s Španijo v kastiljski vojni leta 1578.
Brunejsko cesarstvo je začelo propadati v devetnajstem stoletju. Sultanat je podelil Jamesu Brooku Sarawak (Kuching) in ga uveljavil kot belega radžo, medtem ko je bil Sabah podeljen severnobritanski klepetalni družbi Borneo. Brunej je leta 1888 postal britanski protektorat, leta 1906 pa je bil britanski prebivalec imenovan za kolonialnega direktorja. Leta 1959, po japonski okupaciji med drugo svetovno vojno, je bila pripravljena nova ustava. Leta 1962 je bila s pomočjo Britancev zadušena majhna uporniška vojska proti monarhiji.
1. januarja 1984 je Brunej dosegel neodvisnost od Združenega kraljestva. Brunej je v 1990. in 2000. letih postal industrializirana država, med letoma 56 in 1999 pa se je BDP povečal za 2008 odstotkov. Zbral je ogromne zaloge nafte in zemeljskega plina. Brunej je na drugem mestu po indeksu človekovega razvoja v jugovzhodni Aziji, takoj za Singapurjem, in je uvrščen med »razvite države«. Brunej je po podatkih Mednarodnega denarnega sklada (IMF) šesti na svetu po bruto domačem proizvodu na prebivalca po pariteti kupne moči. Brunej je bil leta 2011 ena od dveh držav (druga je bila Libija) z javnim dolgom v višini 0 % BDP. Brunej je tudi šesta najbogatejša država leta 182 po Forbesu zaradi svojih zalog nafte in plina.