Preden so se valovi ljudstev Bantu začeli priseljevati s severa v 10. stoletju, je imela regija Afrike, ki je danes znana kot Malavi, relativno majhno populacijo lovcev-nabiralcev. Čeprav se je večina ljudstev Bantu preselila na jug, so nekateri ostali in oblikovali etnične skupine na podlagi skupnih prednikov. Plemena so okrog leta 1500 AD oblikovala kraljestvo Maravi, ki se je raztezalo od severa današnje Nkhotakote do reke Zambezi in od jezera Malawi do reke Luangwa v Zambiji.
Pripadniki lokalnega plemena so se začeli srečevati, poslovati in sklepati zavezništva s portugalskimi trgovci in vojaškim osebjem kmalu po letu 1600, ko je bila regija večinoma združena pod enim domačim monarhom. Do leta 1700 pa je imperij razpadel na regije, ki so jim vladale različne etnične skupine. Sredi 1800. stoletja je svahilsko-arabski promet s sužnji dosegel vrhunec, saj je bilo po ocenah 20,000 posameznikov zasužnjenih in prepeljanih letno iz Nkhotakote v Kilwo, kjer so bili prodani.
Leta 1859 je misijonar in raziskovalec David Livingstone prispel do jezera Malavi (tedaj jezero Nyasa) in odkril višavje Shire na jugu jezera kot primerno lokacijo za evropsko kolonizacijo. Več anglikanskih in prezbiterijanskih misij je bilo ustanovljenih na tem območju kot rezultat Livingstonovega obiska v 1860-ih in 1870-ih, African Lakes Company Limited je bila ustanovljena leta 1878 za ustanovitev trgovskega in transportnega koncerna, ki je tesno sodeloval z misijoni, in majhne misije in trgovanja Naselbina je bila ustanovljena v Blantyru leta 1876, britanski konzul pa se je tam nastanil leta 1883. Ker se je za regijo zanimala tudi portugalska vlada, je britanska vlada poslala Harryja Johnstona kot britanskega konzula z ukazom, naj se pogaja o pogodbah z lokalnimi oblastmi zunaj portugalščine. oblasti, da bi se izognili portugalski aneksiji.
Britanski Srednjeafriški protektorat je bil ustanovljen leta 1889 nad višavjem Shire, leta 1891 pa je bil razširjen na celoten današnji Malavi. Protektorat se je leta 1907 preimenoval v Nyasaland in to ime je ostal za preostalo britansko upravo. Kolonialna uprava Nyasalanda je bila ustanovljena leta 1891 in je klasičen primer tega, kar se pogosto imenuje "tanka bela črta" kolonialne moči v Afriki. Administratorji so dobili letni proračun v višini 10,000 funtov (nominalna vrednost iz leta 1891), kar je zadostovalo za najem desetih evropskih državljanov, dveh vojaških poveljnikov, sedemdeset pandžabskih sikhov in 85 zanzibarskih nosačev. Teh nekaj osebja naj bi nato upravljalo in nadzorovalo 94,000 kvadratnih kilometrov veliko območje z enim do dvema milijonoma prebivalcev.
Nyasalandski afriški kongres (NAC) so leta 1944 ustanovili Afričani iz Nyasalanda, da bi britanski administraciji zastopal lokalne zadeve. Zaradi povsem političnih razlogov je Velika Britanija leta 1953 pridružila Nyasaland s Severno in Južno Rodezijo v Federaciji Rodezije in Nyasalanda, pogosto znani kot Srednjeafriška federacija (CAF). Kljub delni neodvisnosti federacije je povezava sprožila afriški nacionalistični odpor in NAC pridobil javno podporo. Dr. Hastings Banda, evropsko izobražen zdravnik, ki je delal v Gani in so ga leta 1958 prepričali, naj se vrne v Nyasaland, da bi pomagal nacionalističnemu gibanju, je bil močan nasprotnik CAF. Preden so ga kolonialne oblasti leta 1959 zaprle, je bil Banda izbran za predsednika NAC in je skušal mobilizirati nacionalistično navdušenje. Leta 1960 je bil osvobojen in povabljen, da pomaga pri pripravi nove ustave za Nyasaland, ki je vključevala določbo, ki je Afričanom omogočala večino v zakonodajnem svetu kolonije.
Na volitvah v zakonodajni svet leta 1961 je Bandova Malavijska kongresna stranka (MCP) dobila večino in leta 1963 je postal predsednik vlade. Federacija je bila razpuščena leta 1963, Nyasaland pa je 6. julija 1964 razglasil neodvisnost od britanskega nadzora in se preimenoval v Malavi. . Malavi je z novo ustavo postal republika, z Bando kot prvim predsednikom. Malavi je zdaj uradno enostrankarska država, z MCP kot edino legitimno politično stranko. Banda je bil leta 1971 izvoljen za dosmrtnega predsednika. Banda je skoraj 30 let vladal strogemu avtoritarnemu sistemu, ki je Malaviju preprečil nasilne spore. V izgnanstvu so se oblikovale opozicijske skupine, kot sta Gibanje za svobodo Malavija Ortona Chirwe in Socialistična zveza Malavija.
Gospodarstvo Malavija pod Bandovim predsedovanjem je bilo pogosto oglaševano kot primer, kako lahko revna, neobalna, gosto naseljena država, revna z minerali, doseže kmetijsko in industrijsko rast.
Banda je zgradil komercialni imperij, medtem ko je bil na oblasti, in izkoristil svoj nadzor nad državo za ustvarjanje ene tretjine BDP države in zaposlitev 10 % prebivalstva države, ki je zaslužilo plačo. Banda je ves svoj zaslužek vložil v razvoj Malavija, ki ga je simbolizirala gradnja Kamuzu Academy, prestižnega internata (Eton of Africa). Motivacija za dodelitev te šole Malaviju je bila po Bandinih lastnih besedah: »Ne želim, da moji sinovi in hčere storijo to, kar sem jaz moral narediti – da zapustijo svoje domove in družine ter odpotujejo iz Malavija, da bi pridobili izobrazbo. ”
Leta 1993 je Banda zaradi zahteve po več politični svobodi privolil v referendum, na katerem so ljudje glasovali za večstrankarsko demokracijo. Konec leta 1993 je bil ustanovljen predsedniški svet, dosmrtno predsedstvo je bilo ukinjeno in sprejeta je bila nova ustava, s čimer je prenehala vladavina MCP. Leta 1994 so bile v Malaviju prve večstrankarske volitve in Bando je premagal Bakili Muluzi (nekdanji generalni sekretar MCP in nekdanji minister v kabinetu Bande). Muluzi je bil ponovno izvoljen za predsednika leta 1999 in je služboval do leta 2004, ko je bil izvoljen dr. Bingu wa Mutharika. Čeprav je politično ozračje označeno kot "težko", je malavijski večstrankarski sistem od leta 2009 še vedno v veljavi. Maja 2009 so v Malaviju izvedli svoje četrte večstrankarske zakonodajne in predsedniške volitve, pri čemer je bil predsednik Mutharika ponovno izvoljen zaradi obtožb o volilnih goljufijah njegov nasprotnik.
Nekateri so videli predsednika Muthariko kot bolj diktatorskega in prezirljivega do človekovih pravic, zato so julija 2011 izbruhnile demonstracije zaradi naraščajočih življenjskih stroškov, decentralizacije mednarodnih odnosov, slabe administracije in pomanjkanja deviznih rezerv. V demonstracijah je umrlo 18 ljudi, najmanj 44 pa jih je bilo ranjenih. Mutharika je umrl po srčnem napadu aprila 2012, nekdanja podpredsednica Joyce Banda pa je postala predsednica.
Joyce Banda je na volitvah leta 2014 zasedla tretje mesto, nasledil pa jo je Arthur Peter Mutharika, brat tretjega izvoljenega malavijskega predsednika.