Ljudje San so bili avtohtoni prebivalci današnjega Lesota. Primere njihove skalne umetnosti je mogoče videti po gorah tega območja.
Leta 1822 je kralj Moshoeshoe I. ustanovil sedanji Lesoto, takrat znan kot Basutoland, kot enotno državo. Moshoeshoe, sin Mokhachaneja, manjšega poglavarja rodu Bakoteli, je ustanovil svoj klan in postal pomemben okoli leta 1804. Med letoma 1821 in 1823 je s svojimi privrženci prebival na gori Butha-Buthe in se pridružil starim sovražnikom v boju proti Lifaqanom, ki je bil povezan z vladavino Shaka Zuluja od 1818 do 1828.
Po britanskem prevzemu Kapske kolonije od Nizozemcev, zaveznikov Francije leta 1795, je nadaljnji razvoj države temeljil na sporih med britanskimi in nizozemskimi kolonisti, ki so bežali iz Kapske kolonije in so bili kasneje povezani s suverenostjo Oranžne reke in kasnejšo Oranžno svobodno državo. Med letoma 1837 in 1855 je Moshoeshoe I sprejel misijonarje iz Pariške evangeličanske misijonarske družbe Thomasa Arbousseta, Eugèna Casalisa in Constanta Gosselina v Moriji, kjer so vzpostavili pravopis in tiskana dela v jeziku sesoto. Casalis, ki je služil kot prevajalec in svetovalec za zunanjo politiko, je pomagal pri vzpostavitvi diplomatskih kanalov in nabavi orožja za uporabo proti vsiljivim Evropejcem in ljudstvu Griqua.
Od maja do junija 1838 so trekboerji iz Cape Colony prispeli na zahodne meje Basutolanda in zahtevali zemljiške pravice, začenši z Janom de Winnaarjem, ki se je uveljavil v regiji Matlakeng. Ko so se dodatni Buri preselili v regijo, so poskušali kolonizirati deželo med obema rekama, celo severno od Caledona, češ da so jo ljudje Sotho zapustili. Po tem je Moshoeshoe podpisal pogodbo z britanskim guvernerjem Cape kolonije, sirom Georgeom Thomasom Napierjem, ki je priključil suverenost Oranžne reke, kjer je prebivalo veliko Burov. Leta 1848 so bili ti razjarjeni Buri v kratkem spopadu poraženi. Basotoška vojska je leta 1851 pri Kolonyami premagala britansko silo, kar je za Britance sprožilo ponižujoč spopad. Po odvrnitvi drugega britanskega napada leta 1852 se je Moshoeshoe obrnil na britanskega poveljnika, kar je privedlo do diplomatske poravnave, preden je leta 1853 porazil Batlokoa.
Britanci so se s tega območja umaknili leta 1854, leta 1858 pa je Moshoeshoe vodil vrsto bitk proti Burom v vojni med svobodno državo in Basotom, pri čemer je izgubil velik del zahodnega nižavja. Prejšnji konflikt se je končal leta 1867, ko je Moshoeshoe zaprosil kraljico Viktorijo, ki je leta 1868 privolila v ustanovitev Basutolanda kot britanskega protektorata. Leta 1869 so Britanci sklenili pogodbo z Buri v severnem Aliwalu, ki je določila meje Basutolanda in nato Lesota, kar je v bistvu zmanjšalo Moshoeshoejevo kraljestvo na polovico svoje prejšnje velikosti s predajo zahodnih provinc.
Po odstopu leta 1869 so Britanci najprej prenesli dolžnosti iz prestolnice Moshoeshoeja v Thaba Bosiu v policijski tabor na severozahodni meji, Maseru, dokler Basutolanda leta 1871 ni začela upravljati Cape Colony. Moshoeshoe je umrl 11. marca 1870, kar je prineslo tradicionalno obdobje h koncu in uvod v kolonialno dobo. Pokopan je bil v Thaba Bosiu. Med letoma 1871 in 1884, v zgodnjih letih britanske uprave, so z Basutolandom ravnali podobno kot z drugimi nasilno pridobljenimi območji, na veliko nezadovoljstvo Basoto. Posledica tega je bila orožarska vojna leta 1881. Status protektorata Basutolanda je bil obnovljen leta 1884, Maseru pa je bil ponovno vzpostavljen za njegovo glavno mesto, čeprav je ostal pod neposrednim nadzorom guvernerja, čeprav so dejansko notranjo oblast imeli tradicionalni poglavarji.
Basutoland se je leta 1966 osamosvojil od Britanije in postal Kraljevina Lesoto.
Vladajoča Basotska nacionalna stranka (BNP) je izgubila prve splošne volitve po osamosvojitvi januarja 1970 s 23 sedeži proti Basutolandski kongresni stranki s 36. Premier Leabua Jonathan je zavrnil predajo oblasti Basotski kongresni stranki (BCP) in se razglasil Tona Kholo (v sesoto za »predsednik vlade«) in zapiranje vodstva BKP.
BCP je sprožila upor in se nato v Libiji usposabljala za svojo Osvobodilno vojsko Lesota (LLA), medtem ko se je predstavljala kot enote Azanijske ljudske osvobodilne vojske (APLA) Panafriškega kongresa (PAC). 178-člansko LLA je leta 1978 s finančno pomočjo maoističnega uradnika PAC rešil iz svoje tanzanijske baze, potem ko jim je frakcija Sibeko iz PAC odvzela orožje in zaloge, vendar so začeli gverilsko kampanjo le s peščico zastarelega strelnega orožja . Potem ko je bila glavna vojska uničena v severnem Lesotu, so uporniki izvajali občasne, a na splošno neučinkovite napade. Ko se je vodja BCP Ntsu Mokhehle preselil v Pretorio, je bila kampanja močno prizadeta. V zgodnjih 1980-ih je uprava Leabua Jonathana ustrahovala in napadla številne Basote, ki so simpatizirali z izgnano BCP. Družina Benjamina Masila je bila napadena septembra 1981. Edgar Mahlomola Motuba je bil ugrabljen in nekaj dni pozneje ubit.
Od leta 1966 do januarja 1970 je državo vodil BNP. Sledila je dejanska uprava, ki jo je vodil dr. Leabua Jonathan do leta 1986, ko je bila odstavljena z vojaškim udarom. Kralju Moshoeshoeju II., ki je bil pred tem ceremonialni kralj, je Prehodni vojaški svet, ki je prišel na oblast, podelil izvršna pooblastila. Vendar pa je bil kralj leta 1987 odgnan v izgnanstvo, potem ko je predložil šest strani dolg memorandum, v katerem je predstavil svojo vizijo ustave Lesota, ki bi mu podelila večja izvršilna pooblastila, če bi se vojaška vlada strinjala. Njegov sin je bil okronan za kralja Letsieja III.
Generalmajor Justin Metsing Lekhanya, vodja vojaške hunte, je bil leta 1991 odstavljen in ga je zamenjal generalmajor Elias Phisoana Ramaema, ki je leta 1993 predal nadzor demokratično izvoljeni upravi BCP. Moshoeshoe II se je leta 1992 vrnil iz izgnanstva kot navaden državljan Po ponovni vzpostavitvi demokratične vladavine je kralj Letsie III neuspešno poskušal prepričati upravo BCP, da ponovno vzpostavi njegovega očeta (Moshoeshoeja II.) kot vodjo države.
Potem ko administraciji BCP ni uspelo obnoviti njegovega očeta, Moshoeshoe II, v skladu z ustavo Lesota, je Letsie III sprožil vojaško podprt državni udar, ki je strmoglavil vlado BCP avgusta 1994. Mednarodna skupnost nove uprave ni v celoti priznala. Države članice Južnoafriške razvojne skupnosti (SADC) se pogajajo o ponovni vzpostavitvi vlade BCP. Ena od zahtev, ki jih je predlagal Letsie III, je bila, da se njegov oče ponovno postavi za vodjo države. Po dolgotrajnih pogajanjih je bila ponovno vzpostavljena vlada BCP in Letsie III. je leta 1995 abdiciral v korist svojega očeta, vendar se je znova povzpel na prestol, ko je Moshoeshoe II. umrl pri sedeminpetdesetih letih v domnevni prometni nesreči, ko je njegov avto zgrmel z gore cesti v zgodnjih urah 15. januarja 1996. Po navedbah oblasti je Moshoeshoe odšel ob 1. uri zjutraj, da bi si ogledal svojo živino v Matsieng in se vračal v Maseru skozi gore Maluti, ko je njegovo vozilo zletelo s ceste.
Vladajoča BCP se je razšla leta 1997 zaradi nesoglasij v vodstvu. Premier Ntsu Mokhehle je ustanovil novo stranko, Lesotski kongres za demokracijo (LCD), podprla pa ga je večina poslancev, kar mu je omogočilo oblikovanje nove administracije. Pakalitha Mosisili je prevzel mesto vodje stranke, ko je Mokhehle umrl, in LCD je zmagal na splošnih volitvah leta 1998. Kljub dejstvu, da so volitve ocenili kot svobodne in poštene s strani lokalnih in mednarodnih opazovalcev ter posebne komisije, ki jo je ustanovil SADC, je opozicija politične stranke so izidom oporekale.
Protesti opozicije v državi so postajali vse močnejši in dosegli vrhunec z mirnim shodom pred kraljevo palačo avgusta 1998. Natančne podrobnosti tega, kar se je nato zgodilo, so predmet vročih razprav v Lesotu in Južni Afriki. Medtem ko so bili vojaki bocvanskih obrambnih sil dobrodošli, so bile napetosti z osebjem Južnoafriških nacionalnih obrambnih sil visoke, vrhunec pa je bilo nasilje. Občasni nemiri so postali pogostejši, ko so južnoafriški vojaki dvignili južnoafriško zastavo nad kraljevo palačo. Do odhoda enot SADC maja 1999 je bila večina mesta Maseru v ruševinah, medtem ko sta prestolnici južne province Mafeteng in Mohale's Hoek izgubili več kot tretjino svojih poslovnih nepremičnin. V spopadu je bilo ubitih tudi več Južnoafričanov in Basoto.
Decembra 1998 je bila ustanovljena Začasna politična oblast (IPA) z nalogo, da oceni volilni sistem v državi. Da bi zagotovila zastopanost opozicije v državnem zboru, je IPA razvila proporcionalni volilni sistem. Nova metoda je ohranila sedanjih 80 izvoljenih članov skupščine, dodala pa je 40 sorazmerno zapolnjenih mest. Maja 2002 so bile volitve izvedene po tem novem sistemu in ponovno je zmagal LCD s 54 odstotki glasov. Vendar pa so opozicijske politične stranke prvič osvojile precejšnje število sedežev in v Lesotu so bile prve mirne volitve kljub manjšim nepravilnostim in grožnjam z nasiljem generalmajorja Lekhanye. Vseh 40 proporcionalnih sedežev ima zdaj devet opozicijskih strank, največji delež ima BNP (21). LCD nadzoruje 79 od 80 sedežev volilne enote. Kljub dejstvu, da njeni izvoljeni poslanci služijo v državni skupščini, je BNP vložila številne pravne pritožbe na volitve, vključno s ponovnim štetjem, vendar nobena ni bila uspešna.
30. avgusta 2014 je prišlo do poskusa vojaškega udara, zaradi česar je sedanji premier za kratek čas pobegnil v Južno Afriko.
