Zaradi politične nestabilnosti in pomanjkljivosti pri ravnanju s svojimi kolonijami, zlasti z Indokino in Alžirijo, je četrta francoska republika padla leta 1958. Francozi so podprli ustanovitev pete republike in francoski predsednik Charles de Gaulle je to jasno povedal 8. avgusta 1958. , da bodo morale francoske kolonije izbirati med večjo avtonomijo v novi francoski skupnosti ali takojšnjo neodvisnostjo na glasovanju 28. septembra 1958. Druge kolonije so izbrale prvo, toda Gvineja je odločilno glasovala za neodvisnost, ki jo je vodil Ahmed Sékou Touré, čigar demokratska Stranka Gvineje (PDG) je osvojila 56 od 60 sedežev na teritorialnih volitvah leta 1957. Francozi so kmalu odšli in Gvineja se je 2. oktobra 1958 razglasila za suvereno in neodvisno republiko s Sékoujem Touréjem kot predsednikom.
Gvineja se je po odhodu Francije hitro povezala s Sovjetsko zvezo in sprejela komunistično politiko. Gvineja pa se je nagibala h kitajski obliki socializma in partnerstvo je bilo kratkotrajno. Kljub temu so kapitalistične države, kot so ZDA, državi še naprej zagotavljale pomoč in naložbe. Tudi odnos s Francijo se je izboljšal; trgovina se je povečala po izvolitvi Valéryja Giscarda d'Estainga za francoskega predsednika in obe državi sta izmenjali uradne obiske.
Touré je leta 1960 razglasil PDG za edino legitimno stranko. Vlada in PDG sta se združili za naslednjih 24 let. Touré je bil nesojen štiri sedemletne mandate kot predsednik, volivci pa so vsakih pet let dobili eno samo listo kandidatov PDG za državni zbor. Touré je kmalu postal polarizirajoči voditelj, ki je zagovarjal hibridni afriški socializem doma in panafrikanizem v tujini, njegova administracija pa je postala netolerantna do kritik, zaprla na stotine in zadušila tisk.
V tem obdobju je gvinejska vlada nacionalizirala ozemlje, odstavila francosko imenovane in tradicionalne voditelje ter prekinila odnose s francosko vlado in podjetji. Gvinejsko gospodarsko stanje je postalo tako negotova kot njena diplomatska drža, saj je nihala med podporo Sovjetski zvezi in (do poznih sedemdesetih) podporo Združenim državam. Touréjeva vlada je napadla dejanske in namišljene nasprotnike, na tisoče političnih nasprotnikov je prisilila v izgnanstvo, obtoževala pa se je spletk in zarot proti njemu doma in v tujini.
Leta 1970 so izseljenske gvinejske opozicijske enote pomagale portugalskim vojakom iz sosednje Portugalske Gvineje v operaciji Zeleno morje, vdoru v Gvinejo. Portugalska vojska je poskušala umoriti ali aretirati Sekouja Toureja zaradi njegove podpore PAIGC, gverilski skupini, ki med drugim deluje v Portugalski Gvineji. Portugalske enote so se umaknile, potem ko so po večdnevnih intenzivnih bojih dosegle večino svojih ciljev. Pogostost notranjih aretacij in usmrtitev se je med vladavino Sékouja Touréja povečala.
Spomenik v spomin na vojaško zmago proti portugalskemu napadu leta 1970. Edini cilj, ki ga portugalski napad ni uspel doseči, je bilo ujetje Ahmeda Sékouja Touréja.
Sékou Touré je umrl 26. marca 1984 v Združenih državah Amerike po operaciji srca, nasledil pa ga je premier Louis Lansana Beavogui, ki naj bi služil kot začasni predsednik do novih volitev.
3. aprila 1984 naj bi PDG izbrala novega voditelja. Ta posameznik bi bil po ustavi edini kandidat za predsednika. Polkovnika Lansana Conté in Diarra Traoré pa sta prevzela nadzor v brezkrvnem državnem udaru le nekaj ur pred konferenco. Traoré je bil predsednik vlade do decembra, ko je Conté prevzel mesto predsednika.
Conté je hitro obsodil kršitve človekovih pravic prejšnjega režima, osvobodil 250 političnih zapornikov in nadaljnjih 200,000 ljudi pozval, naj se vrnejo iz izgnanstva. Jasno je povedal tudi, da opušča socializem, čeprav to ni pripomoglo k razbremenitvi revščine, narod pa ni kazal nobenih znakov napredovanja proti demokraciji.
Conté je leta 1992 razglasil ponovno vzpostavitev civilne vlade, s predsedniškimi volitvami leta 1993 in parlamentarnimi volitvami leta 1995. (na katerih je njegova stranka – Stranka enotnosti in napredka – osvojila 71 od 114 sedežev.) Contéjeva oblast je ostala močna kljub njegovemu izpovedal predanost demokraciji. Alpha Condéja, vodjo opozicije, so septembra 2001 zaprli zaradi ogrožanja nacionalne varnosti, a so ga osem mesecev pozneje izpustili. Po tem je odšel v izgnanstvo v Francijo.
Conté je načrtoval in zmagal na referendumu za podaljšanje predsedniškega mandata leta 2001, svoj tretji mandat pa je začel leta 2003, ko je opozicija bojkotirala volitve. Conté je januarja 2005 pobegnil domnevnemu poskusu umora, ko se je redko pojavil v javnosti v Conakryju, glavnem mestu Gvineje. Njegovi nasprotniki so ga označili za "utrujenega tirana", katerega propad je bil neizogiben, medtem ko so njegovi podporniki mislili, da zmaguje v vojni proti disidentom. Gvineja se še naprej sooča s pomembnimi izzivi in je po poročanju Foreign Policy tik pred tem, da postane propadla država.
Ko so uporniki leta 2000 prestopili meje z Liberijo in Sierro Leone, se je Gvineja zapletla v nestabilnost, ki je dolgo pestila preostalo Zahodno Afriko, in nekaj časa se je zdelo, da je država na robu državljanske vojne. Conté je trdil, da sosednji voditelji zavidajo naravno bogastvo Gvineje, vendar so bile te obtožbe ostro zavrnjene. Gvineja je leta 2003 privolila v sporazume s svojimi sosedami za boj proti upornikom. Leta 2007 so izbruhnili protesti proti vladi, ki so dosegli vrhunec z imenovanjem novega premierja.
