Na vrchole Brunejskej ríše ovládal sultán Bolkiah (vládol v rokoch 1485 až 1528) väčšinu Bornea, vrátane moderných štátov Sarawak a Sabah, súostrovia Sulu severovýchodne od Bornea, Seludongu (moderná Manila) a ostrovov v r. Severozápadný roh Bornea. Španielska Magellanova expedícia navštívila pobrežné kráľovstvo v roku 1521 a bojovala so Španielskom v kastílskej vojne v roku 1578.
Brunejská ríša začala chátrať v devätnástom storočí. Sultanát udelil Jamesovi Brookeovi Sarawakovi (Kuching) a ustanovil ho ako bieleho Raja, zatiaľ čo Sabah bol udelený Severobritskej chatovacej spoločnosti Borneo. Brunej sa stal britským protektorátom v roku 1888 a v roku 1906 bol britský rezident vymenovaný za koloniálneho riaditeľa. V roku 1959, po japonskej okupácii počas druhej svetovej vojny, bola vypracovaná nová ústava. V roku 1962 bola s pomocou Britov porazená malá povstalecká armáda proti monarchii.
1. januára 1984 Brunej získal nezávislosť od Spojeného kráľovstva. Brunej sa stal industrializovanou krajinou počas 1990. a 2000. storočia, pričom medzi rokmi 56 a 1999 vzrástol HDP o 2008 percent. Nazhromaždil obrovské zásoby ropy a zemného plynu. Brunej je po Singapure na druhom mieste v indexe ľudského rozvoja v juhovýchodnej Ázii a je klasifikovaný ako „rozvinutá krajina“. Podľa Medzinárodného menového fondu (MMF) je Brunej na šiestom mieste na svete, pokiaľ ide o hrubý domáci produkt na obyvateľa v parite kúpnej sily. Brunej bol v roku 2011 jedným z dvoch národov (druhým bola Líbya) s verejným dlhom rovným 0 % HDP. Brunej je tiež šiestou najbohatšou krajinou v roku 182 podľa Forbes, vďaka svojim zásobám ropy a plynu.